Assessment of Genetic Diversity, Runs of Homozygosity, and Signatures of Selection in Tropical Milking Criollo Cattle Using Pedigree and Genomic Data.

The objective of this study was to evaluate the genetic diversity of the Tropical Milking Criollo cattle (TMC) breed in Mexico through parameters derived from pedigree and genomic information assessment. The pedigree file consisted of 3780 animals. Seventy-nine bovines were genotyped with the medium-density single nucleotide polymorphism chip and considered a reference population for pedigree analysis. The effective population size and the probability of gene origin used to assess the evolution of genetic diversity were calculated with pedigree information. Inbreeding coefficients were evaluated based on pedigree (FPed), the genomic relationship matrix (FGRM), and runs of homozygosity (FROH) of different length classes. The average inbreeding was 2.82 ± 2.66%, −0.7 ± 3.8%, and 10.9 ± 3.0% for FPED, FGRM, and FROH, respectively. Correlation between FPED and FROH was significant only for runs of homozygosity > 4 Mb, indicating the FPED of a population with an average equivalent complete generation of five only recovers the most recent inbreeding. The parameters of the probability of gene origin indicated the existence of genetic bottlenecks and the loss of genetic diversity in the history of the TMC cattle population; however, pedigree and genomic information revealed the existence of current sufficient genetic diversity to design a sustainable breeding program.

Variables relacionadas con la producción de leche de ganado Holstein en agroempresas familiares con diferente nivel tecnológico / Variables associated with milk yield Holstein cattle in family dairy farms with different technology level

Se evaluó el efecto de factores ambientales en la producción de leche ajustada a 305 días (PLT), la producción (PP) y los días al pico (DPP) de lactancia, y la persistencia (PER) en vacas Holstein de agroempresas familiares con diferente nivel tecnológico (NT) en el estado de Jalisco, México. La información analizada (n= 4323 mediciones de producción diaria de leche de 537 lactancias) provino de 16 hatos. Las agroempresas se tipificaron como de bajo, medio o alto NT. El modelo mixto incluyó los efectos fijos de NT, número, año y estación de parto. La PLT en el NT bajo fue similar (P>0,05) entre épocas; sin embargo, en el NT medio la PLT en lluvias fue 11 por ciento mayor que en secas; mientras que en el NT alto la situación se invirtió, observándose una interacción similar para PP. Las vacas en bajo o alto NT presentaron más tarde (P<0,01) los DPP que aquellas en NT medio (68,7 y 77,2 vs 47,7 días). La PER en NT medio o alto fue similar entre épocas; sin embargo, en NT bajo fue más alta (P<0,01) en secas (60 por ciento) que en lluvias (44 por ciento). La producción de leche difiere por NT entre agroempresas familiares, lo cual debe ser considerado por los programas de desarrollo rural.