Detección de SARS-CoV-2 en contactos estrechos asintomáticos de casos confirmados por diagnóstico molecular, provincia de Buenos Aires, Argentina / Detection of SARS-CoV-2 in asymptomatic close contacts of cases confirmed by molecular diagnosis, Buenos Aires province, Argentina

Resumen La detección de SARS-CoV-2 y su implicancia en el diagnóstico de COVID-19 han sido muy debatidas en la pandemia. El objetivo de este estudio fue evaluar el costo/beneficio de la detección de SARS-CoV-2 en contactos estrechos asintomáticos (CE) mediante el uso de distintas pruebas de diagnóstico molecular. Se estudiaron 51 CE de personas con diagnóstico de SARS-CoV-2 confirmado por RTqPCR, clasificadas por el umbral de ciclos (Ct) (<20, entre 20 y 30 y >30) en hospitales públicos de la provincia de Buenos Aires. Del total de contactos estudiados el 15,7% resultó confirmado para SARS-CoV-2; no hubo contactos positivos de casos con Ct>30. La cantidad de contactos positivos de casos con Ct<20 fue significativamente mayor que la de casos con Ct>20. Las muestras con Ct<20 se asociaron a una carga viral estimada de entre uno a cuatro órdenes de magnitud de diferencia con los rangos de Ct>20. Un 13,7% de contactos positivos fueron casos con Ct<20. De las muestras positivas confirmadas por PCR, correspondientes a la semana epidemiológica 1 de 2021 (SE1), sólo un 19,35% correspondían a muestras con Ct<20 y un 50,7% con Ct entre 20 y 30. Estos datos muestran un incremento de sólo un 3,7% de casos detectados. El esfuerzo por parte del sistema de salud pública para esta estrategia, con bajo poder predictivo, puede tener un efecto negativo para el cumplimiento del aislamiento de los contactos y podría generar una demora en los resultados de los casos sospechosos, sin aportar significativamente en el control de la pandemia.

Abstract The detection of SARS-CoV-2 and its implication in the diagnosis of COVID-19 have been highly debated in the pandemic. The objective of this study was to evaluate the cost/benefit of detecting SARS-CoV-2 in asymptomatic close contacts (CC) using different molecular diagnostic tests. A total of 51 CC of people with a diagnosis of SARS-CoV-2 confirmed by RTqPCR, classified by the cycle threshold (Ct) (<20, between 20 and 30 and >30), were studied in public hospitals in the Province of Buenos Aires. Of the total contacts studied, 15.7% were confirmed for SARS-CoV-2; there were no positive contacts of cases with Ct>30 positive. The number of positive contacts of cases with Ct<20 was significantly higher than that of cases with Ct>20. Samples with Ct<20 were associated with an estimated viral load of one to four orders of magnitude difference with Ct ranges >20. A total of 13.7% of positive close contacts were from cases with Ct<20. When studying positive samples with confirmed diagnosis by PCR, corresponding to 1 epidemiological week of 2021 (EW1), only 19.35% corresponded to samples with Ct<20 and 50.7% with Ct between 20 and 30. From these data it is shown that with the CC test only 3.7% of the cases were detected. The effort by the public health system for this strategy, with low predictive power, may have a negative effect on the fulfillment of the isolation of contacts and could generate a delay in the results of suspected cases, without contributing significantly to controlling the pandemic.

Resumo A detecção do SARS-CoV-2 e seu envolvimento no diagnóstico da COVID-19 têm sido muito discutidos durante a pandemia. O objetivo desse estudo foi avaliar a relação custo/benefício na detecção de SARSCoV- 2 em casos de contatos próximos assintomático (CP), por meio do uso de diferentes testes de diagnóstico molecular. Foram estudados 51 casos de CP de pessoas com diagnóstico de SARS-CoV-2 confirmado pelo RTqPCR, sendo classificados pelo limiar de ciclos (Ct) (<20, entre 20 e 30 e >30), em hospitais públicos da província de Buenos Aires. Do total de contatos estudados, 15,7% foram confirmados para SARS-CoV-2, não houve contatos positivos de casos com Ct>30. O número de contatos positivos de casos com Ct<20, foi significativamente maior que os casos com Ct>20. As amostras com Ct<20 foram associadas a uma carga viral estimada de uma a quatro ordens de magnitude de diferença com os intervalos de Ct>20. Dos casos positivos, 13,7% foram com Ct<20. Das amostras positivas confirmadas por PCR, correspondentes à semana epidemiológica 1 de 2021 (SE1), apenas 19,35% correspondiam a amostras com Ct>20 e 50,7% com Ct entre 20 e 30. Esses dados mostram incremento de apenas 3,7% de casos detectados. O esforço por parte do sistema de saúde pública para essa estratégia, com baixo poder preditivo, pode ter um efeito negativo no cumprimento do isolamento dos contatos e poderia gerar uma demora nos resultados dos casos suspeitos, sem contribuir significativamente para o controle da pandemia.

Eficacia de Enjuagues Naso-oro-faríngeos como prevención y tratamiento de COVID-19 / Efficacy of Naso-oro-pharyngeal Remedies as a Prevention and Treatment of COVID-19

ANTECEDENTES: La enfermedad por coronavirus 2019 (COVID-19), causada por el virus SARS-CoV-2 fue inicialmente reportada en Wuhan, China en diciembre de 2019, produciendo millones de casos y muertes a nivel global hasta la fecha. Si bien ya existen vacunas eficaces para prevenir dicha enfermedad, y algunos medicamentos han mostrado tener un rol terapéutico; su disponibilidad en países en desarrollo aún es baja; por lo que es necesario estar al tanto de alternativas que sean de bajo costo y alta disponibilidad. Entre ellas, se ha propuesto el uso de gárgaras faríngeas, enjuagues orales, y/o lavados nasales. Por esta razón, se elaboró la presente Revisión Rápida con el fin de identificar y evaluar la evidencia disponible sobre este tema. OBJETIVO: El objetivo de esta revisión es identificar y sistematizar la evidencia disponible sobre la eficacia de los enjuagues orales y/o lavados naso-oro-faríngeos reduciendo la carga viral, mejorando los desenlaces de los pacientes, y/o previniendo la enfermedad COVID-19 causada por el virus SARS-CoV-2. METODOLOGÍA: Se realizó una revisión rápida basada en tres preguntas: i) En cultivos virales ¿el uso de enjuagues naso-oro-faríngeos, comparado con no uso o sustancia control, es eficaz reduciendo la carga viral/títulos virales? ii) En pacientes con infección confirmada por SARS-CoV-2 ¿el uso de enjuagues naso-oro-faríngeos comparado con no uso o placebo, es eficaz mejorando los desenlaces clínicos y laboratoriales? iii) En personas en riesgo de exposición al SARS-CoV-2, ¿el uso de enjuagues naso-oro-faríngeos comparado con no uso o placebo, es eficaz reduciendo el desarrollo de COVID-19? Se incluyeron revisiones sistemáticas, ensayos clínicos, estudios observacionales, y estudios pre-clínicos. Para ello, se realizó una búsqueda sistemática en las bases de datos MEDLINE/PubMed, EMBASE/Ovid, LILACS, y la Biblioteca Cochrane. Luego de eliminar duplicados, los autores seleccionaron los ítems que cumplieran con alguna de las tres preguntas establecidas. No se evaluó riesgo de sesgo ni la calidad de la evidencia identificada. RESULTADOS: Se identificaron 15 estudios in vitro, 3 ensayos no controlados, 6 ensayos clínicos aleatorizados (ECA) abiertos, y 2 revisiones sistemáticas relacionadas a alguna de las tres preguntas PICO. Los estudios evaluaron diferentes preparaciones acuosas de enjuagues bucales, gárgaras faríngeas, lavados nasales, y espray nasales/orales. Los componentes incluyeron Iodo-povidona (PVP-I), Clorhexidina (CHX), Peróxido de hidrogeno (H2O2), Dióxido de Cloro, los amonios cuaternarios Cetilpiridinio (CPC) y Decualinio, Iota y Kappa-carragenina, Xylitol, Octenidina, Polihexanida, Xylometazolina, Tramazolina, Oxymetazolina, Metilcelulosa, Delmopinol, Timol, Mentol, Eucaliptol, y combinaciones comerciales que además pueden incluir Etanol, Bicarbonato, y Cloruro de Sodio. PVP-I mostró gran actividad en todos los estudios in vitro en que fue probada. La eficacia de CHX y H2O2 in vitro fue variable. Para las otras sustancias, hubo dos o menos estudios in vitro. Hubo 7 estudios clínicos que evaluaron reducción de títulos virales en pacientes COVID-19. El ECA más grande encontró que recibir 4 días de enjuagues bucales, o enjuagues más espray orofaríngeo de CHX, se asoció significativamente a un menor porcentaje de PCR positivo en orofaringe. Los otros estudios no encontraron diferencias significativas, tuvieron pocos pacientes, o no tuvieron controles. Dos ECAs, hechos en pocos pacientes, encontraron una duración menor pero no significativa, de síntomas por coronavirus en usuarios de irrigación nasal más gárgaras de salino hipertónico. Un ECA no observó hospitalizaciones en usuarios de PVP-I, pero tampoco en los controles. En cambio, hubo aumento de TSH en todos los usuarios de PVP-I. No se encontraron publicaciones que evaluaran el efecto de algún enjuague sobre admisiones a UCI o fallecimientos. Una serie pequeña de 15 trabajadores de salud que usaron enjuagues bucales y espray oro-faríngeo de CHX a diario durante 7 meses, no presentaron casos de COVID-19, pero no tuvieron controles. Las dos revisiones sistemáticas que evaluaron efectos sobre desenlaces en pacientes con COVID-19, y efectos previniendo la infección por SARS-CoV-2 en los trabajadores de salud que los atienden, no encontraron estudios concluidos a la fecha de su búsqueda (junio 1, 2020). CONCLUSIONES: El PVP-I parece ser eficaz reduciendo los títulos virales en cultivos; mientras que la evidencia para CHX y H2O2 es variable. No hubo suficiente evidencia para otras sustancias. Según un único ECA, cuatro días de enjuagues de CHX son eficaces reduciendo el porcentaje de pacientes con PCR positivo en orofaringe. La evidencia para PVP-I, dióxido de cloro, peróxido de hidrogeno fue insuficiente; y no se encontraron estudios para las otras sustancias. El único ECA que evaluó hospitalizaciones no observó diferencias ente los controles y los usuarios de enjuagues naso-oro-faríngeos de PVP-I. No hubo estudios para las otras sustancias, ni tampoco estudios evaluando ingreso a UCI o mortalidad. No hubo evidencia sobre eficacia de los enjuagues naso-oro-faríngeos previniendo COVID-19 en personas aún no infectadas, excepto por una serie pequeña de casos que no se infectaron durante los meses que usaron enjuague bucal más espray orofaríngeo de CHX.

The prevalence of diagnosed and undiagnosed hepatitis C virus infection in Navarra, Spain, 2014-2016. / Estimación de la prevalencia de infección diagnosticada y no diagnosticada por el virus de la hepatitis C en Navarra, 2014-2016.

OBJECTIVE: To estimate the prevalence of hepatitis C virus (HCV) infection in Navarra, Spain, as well as to distinguish between diagnosed and undiagnosed infections. METHODS: A study was conducted on patients scheduled for surgery unrelated to HCV infection. They were all tested for HCV antibodies, under a routine scheme, from January 2014 to September 2016. Patients with a positive result by enzyme immunoassay were confirmed using immunoblot and/or HCV-RNA. Previous laboratory results were also taken into account. The prevalence was adjusted to the sex and age structure of the Navarra population. RESULTS: The study included a total of 7,378 patients with a median age 46 years, of whom 50% women. HCV antibodies were detected in 69 patients, which is a prevalence in the population of 0.83% (95% confidence interval: 0.64-1.05), and was higher in men (1.11%) than in women (0.56%; P=.0102). Among the HCV positive patients, 67 (97%) had had another previous positive result. Population prevalence of previous positive HCV was 0.80%, and was 0.03% for a new diagnosis. Of the HCV positive patients, 78% had detectable HCV-RNA. It was estimated that 0.65% of the population had had detectable HCV-RNA, and 0.51% continued to have it when recruited into the study. CONCLUSION: Previous estimates of prevalence of HCV infection should be revised downwards. Only a small proportion of HCV positive patients remain undiagnosed, and only a small part have active infection.

HCV core-antigen assay as an alternative to HCV RNA quantification: A correlation study for the assessment of HCV viremia.

INTRODUCTION: Detection of hepatitis C virus (HCV) RNA and the HCV core antigen assay (HCV-Ag) are reliable techniques for the diagnosis of active and chronic HCV infection. Our aim was to evaluate the HCV-Ag assay as an alternative to quantification of HVC RNA. METHODS: A comparison was made of the sensitivity and specificity of an HCV-Ag assay (204 serum samples) with those of a PCR assay, and the correlation between the two techniques was determined. RESULTS: The sensitivity and specificity of HCV-Ag was 76.6% and 100%, respectively. Both assays were extremely well correlated (Pearson coefficient=0.951). The formula (LogCV=1.15*LogAg+2.26) was obtained to calculate the viral load by PCR from HCV-Ag values. HCV-Ag was unable to detect viral loads below 5000IU/mL. CONCLUSION: Although the HCV-Ag assay was less sensitive than the PCR assay, the correlation between both assays was excellent. HCV-Ag can be useful as a first step in the diagnosis of acute or chronic HCV infection and in emergency situations.

Utilidad de la cuantificación de carga viral de VIH en líquido cefalorraquídeo, a propósito de un caso / Clinical utility of HIV viral load assessment in cerebral spinal fluid, a case report

Resumen La detección de virus en el líquido cefalorraquídeo (LCR) en pacientes infectados por VIH con carga viral (CV) indetectable en el plasma se ha denominado escape viral. Estas fugas pueden ser asintomáticas o asociadas con enfermedad neurológica. La discordancia de la carga viral de VIH entre plasma y LCR evidenciaría la presencia de distintos compartimentos del virus, con la posibilidad de identificar quasiespecies con mutaciones específicas que confieran resistencia a la TARV. Presentamos el caso clínico de un paciente con infección por VIH en etapa SIDA y una tuberculosis diseminada que presentó un cuadro neurológico manifestado por cefalea y un síndrome convulsivo, en que se encontró una discordancia entre la CV para VIH en plasma y LCR. El estudio genotípico del virus obtenido del LCR identificó nuevas mutaciones que determinaron un cambio de la TARV, con evolución posterior satisfactoria.

Detection of virus in cerebrospinal fluid (CSF) in HIV-infected patients with HIV viral load (VL) undetectable in plasma has been termed viral escape. These leaks may be asymptomatic from a neurological point of view, similar to plasma blips, or associated with neurological disease, with discordant VL between plasma and CSF, and may be evidence of a compartmentalization of the virus and the possibility of identifying quasispecies with mutations that confer resistance to ART. We present the case of a man with AIDS and disseminated tuberculosis who presented neurological symptomatology evidenced by headache and convulsive syndrome, who presented a discordance between plasma and CSF HIV VL; the genotypic test of the virus, obtained by lumbar puncture, identified new mutations that determined a change in ART with subsequent satisfactory evolution.

Optimización de recursos para determinar la carga viral de HIV-1 en un país con pocos recursos / Optimizing resources to reduce costs to determine HIV viral load in limited resources settings

Resumen Introducción. Las metas globales para controlar la epidemia de HIV contemplan que la carga viral sea indetectable en 90 % de las personas en tratamiento. El costo de la medición de la carga viral en lotes de muestras puede reducirse y, así, aumentar la cobertura cuando los recursos son limitados; sin embargo, su eficacia disminuye al aumentar la prevalencia del fracaso del tratamiento antirretroviral. Objetivo. Evaluar estrategias para disminuir la proporción de pacientes con fracaso del tratamiento antirretroviral en los lotes de muestras y, de esta manera, aumentar el ahorro en las pruebas de carga viral. Materiales y métodos. Las estrategias evaluadas fueron: a) la organización de los lotes de muestras según el esquema de tratamiento antirretroviral, y b) la exclusión de aquellos pacientes con antecedente reciente de fracaso del tratamiento antirretroviral, aquellos con menos de 12 meses de tratamiento antirretroviral y aquellos sin tratamiento antirretroviral previo. Los resultados de los lotes se compararon con los resultados individuales. Resultados. El valor diagnóstico negativo fue similar para los pacientes con esquema de primera línea (100,0 %; IC95% 99,5-100,0) o de segunda línea de tratamiento (99,4 %; IC95% 96,9-99,9). La incidencia del fracaso del tratamiento antirretroviral fue menor en los pacientes con tratamiento de primera línea (p<0,01), lo cual permitió un mayor ahorro en las pruebas de laboratorio en este grupo (74,0 %; IC95% 71,0-76,7) que en los pacientes con tratamiento de segunda línea (50,9 %; IC95% 44,4-57,3) (p<0,01). Conclusión. La selección de las muestras que se incluyeron en los lotes para determinar la carga viral del HIV según el tipo de esquema de tratamiento, permitió maximizar el porcentaje de ahorro en pruebas de laboratorio.

Abstract Introduction: HIV viral load testing is a key factor to evaluate the accomplishment of the UNAIDS target of 90% of viral suppression among people receiving antiretroviral therapy. Pooled samples are a potentially accurate and economic approach in resource-constrained settings, but efficiency can be negatively affected by high prevalence rates of virological failure. Objective: Strategies were assessed to increase the relative efficiency of pooled HIV viral load testing in resource-constrained settings. Materials and methods: We evaluated two strategies: a) plasma samples were not included in pools if patients had <12 months on antiretroviral therapy, patients had previous viral load >1,000 copies/ml, or were antiretroviral therapy naïve patients, and b) plasma pools were organized separately for first and second-line antiretroviral therapy regimens. Individual viral load tests were used to compare pooled results. Results: Negative predictive values were similar for patients on first (100.0%; 95% CI 99.5 to 100.0) and second-line antiretroviral therapy regimens (99.4%; 95% CI 96.9 to 99.9). However, the incidence of virological failure among individuals on first-line antiretroviral therapy was lower than second-line antiretroviral therapypatients (p <0.01), resulting in greater savings in laboratory tests in patients on first-line antiretroviral therapy (74.0%; 95% CI 71.0 to 76.7) compared with the group of patients on second-line antiretroviral therapy (50.9%; 95% CI 44.4 to 57.3) (p<0.01). Conclusion: Selecting the samples to be included in the pools and selecting the pools according to ART regimens are criteria that could lead to decreased spending on laboratory tests for HIV viral load determination in resource-constrained settings.

Citomegalovirus en pacientes inmunocomprometidos detectados por PCR en Paraguay del 2008 a 2015

Introducción: la infección por el citomegalovirus (CMV) se adquiere por contacto directo de secreciones infectadas, frecuente en países en desarrollo, produciendo estado de latencia, cronicidad e infección activa con replicación en ausencia de enfermedad clínica. En trasplantados se relaciona a desarrollo tardío de enfermedad y en recién nacidos (RN) a infección congénita. Objetivo: identificar el ADN del CMV por PCR (Reacción en cadena de la Polimerasa) cualitativa para confirmar la infección y el desarrollo de la enfermedad con la carga viral, en pacientes de diferentes servicios de salud con algún tipo de inmunosupresión en Paraguay. Metodología: diseño descriptivo, corte transversal realizado del 2008 a 2015. Se tomaron muestras de sangre con EDTA o líquido cefalorraquídeo (LCR). La extracción del ADN se realizó con Qiagen®, seguido de una Nested PCR, que detecta un producto de 78 pb, para carga viral el CMV artus de Qiagen® en equipo Rotor Gene por PCR en tiempo real. Resultados: se incluyeron 521 muestras, 416 para PCR cualitativa: 338 de sangre, 78 de LCR y 105 para cargas virales. Hombres fueron 247, mujeres 246 y RN 28; 303 del Hospital Central Instituto Previsión Social, 129 del Ministerio de Salud y 89 de hospitales privados. La PCR detectó el ADN del CMV en 248 (60%): 63% en sangre y 45% en LCR; 124 en mujeres y 107 en hombres, 17 en RN y 60 a 62 % en el grupo de 0 a 30 años. La carga viral resultó en 81 (77%): <10 copias/ml o no detectable, en 24 muestras se observaron valores desde 30 a 221.000 copias/mL. Conclusiones: se confirmó en Paraguay infección por CMV con la PCR cualitativa y el desarrollo de enfermedad por carga viral, en inmunocomprometidos: trasplantados, dializados, con HIV; en RN a infección congénita. La mayoría fue joven (0-30 años), de servicios públicos, instaurándose la profilaxis o terapia anticipada con el antiviral.

Introduction: The infection by cytomegalovirus (CMV) is acquired by direct contact with infected secretions, is frequent in developing countries, and produces latency state, chronicity and active infection with replication in the absence of clinical disease. In transplant recipients, it is related to a late development of the disease and in newborns (NB) to congenital infection. Objective: The aim was to identify CMV DNA by qualitative PCR (polymerase chain reaction) to confirm infection and the development of the disease by viral load in patients from different health services who have some form of immunosuppression in Paraguay. Methodology: Design: descriptive cross-sectional study from 2008 to 2015. We included EDTA blood samples or cerebrospinal fluid (CSF). The DNA extraction was made with Qiagen® followed by nested PCR which detects a product of 78 bp, Artus® CMV Rotor Gene Qiagen Test in a real time PCR equipment was used for viral load. Results: In total, 521 samples were included, 416 for qualitative PCR: 338 from blood, 78 from CSF and 105 for viral loads. There were 247 men, 246 women and 28 NBs; 303 from the Central Hospital of the Social Security Institute, 129 from the Ministry of Health and 89 from private hospitals. PCR detected CMV DNA in 248 (60%) samples: 63% in blood and 45% in CSF; 124 in women and 107 in men, 17 in NBs and 60-62% in the group of 0-30 years. Viral load resulted in 81 (77%) samples: <10 copies/mL or undetectable, in 24 samples values from 30 to 221,000 copies/mL. Conclusions: CMV infection was confirmed in Paraguay using qualitative PCR and development of the disease by viral load in immunocompromised patients: transplanted, dialyzed, and with HIV; in NBs due to congenital infection. Most patients were young (0-30 years) and from public services, viral prophylaxis or early therapy was implemented.