Detalhe da pesquisa
1.
Docking-based long timescale simulation of cell-size protein systems at atomic resolution.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 119(41): e2210249119, 2022 10 11.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36191203
2.
Evaluation of AlphaFold-Multimer prediction on multi-chain protein complexes.
Bioinformatics
; 39(7)2023 07 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37405868
3.
Limits and potential of combined folding and docking.
Bioinformatics
; 38(4): 954-961, 2022 01 27.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34788800
4.
Scoring of protein-protein docking models utilizing predicted interface residues.
Proteins
; 90(7): 1493-1505, 2022 07.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-35246997
5.
Dockground scoring benchmarks for protein docking.
Proteins
; 90(6): 1259-1266, 2022 06.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-35072956
6.
Text mining for modeling of protein complexes enhanced by machine learning.
Bioinformatics
; 37(4): 497-505, 2021 05 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-32960948
7.
How to choose templates for modeling of protein complexes: Insights from benchmarking template-based docking.
Proteins
; 88(8): 1070-1081, 2020 08.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31994759
8.
Application of docking methodologies to modeled proteins.
Proteins
; 88(9): 1180-1188, 2020 09.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-32170770
9.
Gene ontology improves template selection in comparative protein docking.
Proteins
; 87(3): 245-253, 2019 03.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-30520123
10.
Contact Potential for Structure Prediction of Proteins and Protein Complexes from Potts Model.
Biophys J
; 115(5): 809-821, 2018 09 04.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-30122295
11.
Natural language processing in text mining for structural modeling of protein complexes.
BMC Bioinformatics
; 19(1): 84, 2018 03 05.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-29506465
12.
Modeling CAPRI targets 110-120 by template-based and free docking using contact potential and combined scoring function.
Proteins
; 86 Suppl 1: 302-310, 2018 03.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-28905425
13.
Computational Feasibility of an Exhaustive Search of Side-Chain Conformations in Protein-Protein Docking.
J Comput Chem
; 39(24): 2012-2021, 2018 09 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-30226647
14.
Inhibition of protein interactions: co-crystalized protein-protein interfaces are nearly as good as holo proteins in rigid-body ligand docking.
J Comput Aided Mol Des
; 32(7): 769-779, 2018 07.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-30003468
15.
Modeling complexes of modeled proteins.
Proteins
; 85(3): 470-478, 2017 03.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-27701777
16.
Structural quality of unrefined models in protein docking.
Proteins
; 85(1): 39-45, 2017 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-27756103
17.
Template-Based Modeling of Protein-RNA Interactions.
PLoS Comput Biol
; 12(9): e1005120, 2016 09.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-27662342
18.
Text Mining for Protein Docking.
PLoS Comput Biol
; 11(12): e1004630, 2015 Dec.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-26650466
19.
Simulated unbound structures for benchmarking of protein docking in the DOCKGROUND resource.
BMC Bioinformatics
; 16: 243, 2015 Jul 31.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-26227548
20.
Structural templates for comparative protein docking.
Proteins
; 83(9): 1563-70, 2015 Sep.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-25488330