Detalhe da pesquisa
1.
The SARS-CoV-2 subgenome landscape and its novel regulatory features.
Mol Cell
; 81(10): 2135-2147.e5, 2021 05 20.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33713597
2.
IndelsRNAmute: predicting deleterious multiple point substitutions and indels mutations.
BMC Bioinformatics
; 23(Suppl 8): 424, 2022 Oct 14.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36241988
3.
RNAxplorer: harnessing the power of guiding potentials to sample RNA landscapes.
Bioinformatics
; 37(15): 2126-2133, 2021 Aug 09.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33538792
4.
IPANEMAP: integrative probing analysis of nucleic acids empowered by multiple accessibility profiles.
Nucleic Acids Res
; 48(15): 8276-8289, 2020 09 04.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-32735675
5.
incaRNAfbinv 2.0: a webserver and software with motif control for fragment-based design of RNAs.
Bioinformatics
; 36(9): 2920-2922, 2020 05 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31971575
6.
Reference-free transcriptome signatures for prostate cancer prognosis.
BMC Cancer
; 21(1): 394, 2021 Apr 12.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33845808
7.
Design of RNAs: comparing programs for inverse RNA folding.
Brief Bioinform
; 19(2): 350-358, 2018 03 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-28049135
8.
Counting and sampling gene family evolutionary histories in the duplication-loss and duplication-loss-transfer models.
J Math Biol
; 80(5): 1353-1388, 2020 04.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-32060618
9.
Fixed-parameter tractable sampling for RNA design with multiple target structures.
BMC Bioinformatics
; 20(1): 209, 2019 Apr 25.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31023239
10.
The BRaliBase dent-a tale of benchmark design and interpretation.
Brief Bioinform
; 18(2): 306-311, 2017 03 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-26984616
11.
ISMB/ECCB 2023 proceedings.
Bioinformatics
; 39(Supplement_1): i1-i2, 2023 Jun 30.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37387153
12.
Meet-U: Educating through research immersion.
PLoS Comput Biol
; 14(3): e1005992, 2018 03.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-29543809
13.
Two ribosome recruitment sites direct multiple translation events within HIV1 Gag open reading frame.
Nucleic Acids Res
; 45(12): 7382-7400, 2017 Jul 07.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-28449096
14.
Efficient approximations of RNA kinetics landscape using non-redundant sampling.
Bioinformatics
; 33(14): i283-i292, 2017 Jul 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-28882001
15.
Combining structure probing data on RNA mutants with evolutionary information reveals RNA-binding interfaces.
Nucleic Acids Res
; 44(11): e104, 2016 06 20.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-27095200
16.
incaRNAfbinv: a web server for the fragment-based design of RNA sequences.
Nucleic Acids Res
; 44(W1): W308-14, 2016 07 08.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-27185893
17.
ecceTERA: comprehensive gene tree-species tree reconciliation using parsimony.
Bioinformatics
; 32(13): 2056-8, 2016 07 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-27153713
18.
Evolution of genes neighborhood within reconciled phylogenies: an ensemble approach.
BMC Bioinformatics
; 16 Suppl 19: S6, 2015.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-26696141
19.
SPARCS: a web server to analyze (un)structured regions in coding RNA sequences.
Nucleic Acids Res
; 41(Web Server issue): W480-5, 2013 Jul.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-23748952
20.
A weighted sampling algorithm for the design of RNA sequences with targeted secondary structure and nucleotide distribution.
Bioinformatics
; 29(13): i308-15, 2013 Jul 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-23812999