Detalhe da pesquisa
1.
DNA-binding specificities of human transcription factors.
Cell
; 152(1-2): 327-39, 2013 Jan 17.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-23332764
2.
MODER2: first-order Markov modeling and discovery of monomeric and dimeric binding motifs.
Bioinformatics
; 36(9): 2690-2696, 2020 05 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31999322
3.
Modular discovery of monomeric and dimeric transcription factor binding motifs for large data sets.
Nucleic Acids Res
; 46(8): e44, 2018 05 04.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-29385521
4.
Accurate self-correction of errors in long reads using de Bruijn graphs.
Bioinformatics
; 33(6): 799-806, 2017 03 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-27273673
5.
Fast motif matching revisited: high-order PWMs, SNPs and indels.
Bioinformatics
; 33(4): 514-521, 2017 02 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-28011774
6.
Genome-wide analysis of ETS-family DNA-binding in vitro and in vivo.
EMBO J
; 29(13): 2147-60, 2010 Jul 07.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-20517297
7.
Multiplexed massively parallel SELEX for characterization of human transcription factor binding specificities.
Genome Res
; 20(6): 861-73, 2010 Jun.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-20378718
8.
Fast scaffolding with small independent mixed integer programs.
Bioinformatics
; 27(23): 3259-65, 2011 Dec 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-21998153
9.
The BREW workshop series: a stimulating experience in PhD education.
Brief Bioinform
; 9(3): 250-3, 2008 May.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-18216087
10.
MOODS: fast search for position weight matrix matches in DNA sequences.
Bioinformatics
; 25(23): 3181-2, 2009 Dec 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-19773334
11.
An analytic and systematic framework for estimating metabolic flux ratios from 13C tracer experiments.
BMC Bioinformatics
; 9: 266, 2008 Jun 06.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-18534038
12.
The Glanville fritillary genome retains an ancient karyotype and reveals selective chromosomal fusions in Lepidoptera.
Nat Commun
; 5: 4737, 2014 Sep 05.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-25189940
13.
Fast matching of transcription factor motifs using generalized position weight matrix models.
J Comput Biol
; 20(9): 621-30, 2013 Sep.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-23919388
14.
Finding significant matches of position weight matrices in linear time.
IEEE/ACM Trans Comput Biol Bioinform
; 8(1): 69-79, 2011.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-21071798
15.
Efficient algorithms for the discovery of gapped factors.
Algorithms Mol Biol
; 6: 5, 2011 Mar 23.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-21429203
16.
Computational methods for metabolic reconstruction.
Curr Opin Biotechnol
; 21(1): 70-7, 2010 Feb.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-20171871
17.
Integrating sequence, evolution and functional genomics in regulatory genomics.
Genome Biol
; 10(1): 202, 2009.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-19226437
18.
The common colorectal cancer predisposition SNP rs6983267 at chromosome 8q24 confers potential to enhanced Wnt signaling.
Nat Genet
; 41(8): 885-90, 2009 Aug.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-19561604
19.
ReMatch: a web-based tool to construct, store and share stoichiometric metabolic models with carbon maps for metabolic flux analysis.
J Integr Bioinform
; 5(2)2008 Aug 25.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-20134058
20.
Locating potential enhancer elements by comparative genomics using the EEL software.
Nat Protoc
; 1(1): 368-74, 2006.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-17406258