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Clustering Protein Binding Pockets and Identifying Potential Drug Interactions: A Novel Ligand-Based Featurization Method.
J Chem Inf Model
; 63(21): 6655-6666, 2023 11 13.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37847557
2.
Improved Protein-Ligand Binding Affinity Prediction with Structure-Based Deep Fusion Inference.
J Chem Inf Model
; 61(4): 1583-1592, 2021 04 26.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33754707
3.
Predicting Small Molecule Transfer Free Energies by Combining Molecular Dynamics Simulations and Deep Learning.
J Chem Inf Model
; 60(11): 5375-5381, 2020 11 23.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-32794768
4.
Molecular Mechanism for Gramicidin Dimerization and Dissociation in Bilayers of Different Thickness.
Biophys J
; 117(10): 1831-1844, 2019 11 19.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31676135
5.
Phospholipid Chain Interactions with Cholesterol Drive Domain Formation in Lipid Membranes.
Biophys J
; 114(11): 2595-2605, 2018 06 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29874610
6.
The importance of membrane defects-lessons from simulations.
Acc Chem Res
; 47(8): 2244-51, 2014 Aug 19.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-24892900
7.
Folding and insertion thermodynamics of the transmembrane WALP peptide.
J Chem Phys
; 143(24): 243127, 2015 Dec 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26723612
8.
Atomistic simulations of pore formation and closure in lipid bilayers.
Biophys J
; 106(1): 210-9, 2014 Jan 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24411253
9.
Computer simulations of lipid membrane domains.
Biochim Biophys Acta
; 1828(8): 1765-76, 2013 Aug.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-23500617
10.
Oleic acid phase behavior from molecular dynamics simulations.
Langmuir
; 30(35): 10661-7, 2014 Sep 09.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-25133680
11.
Simulating T Cell Receptor Evolution: Sequence-Structure-Dynamics-Function Relationships.
Biophys J
; 114(5): 1005-1006, 2018 03 13.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-29539387
12.
Conical lipids in flat bilayers induce packing defects similar to that induced by positive curvature.
Biophys J
; 104(3): 585-93, 2013 Feb 05.
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| MEDLINE | ID: mdl-23442909
13.
Advances in Computational Approaches for Estimating Passive Permeability in Drug Discovery.
Membranes (Basel)
; 13(11)2023 Oct 25.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-37999336
14.
Molecular simulation of rapid translocation of cholesterol, diacylglycerol, and ceramide in model raft and nonraft membranes.
J Lipid Res
; 53(3): 421-429, 2012 Mar.
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| MEDLINE | ID: mdl-22246847
15.
Structural arrangement of the transmission interface in the antigen ABC transport complex TAP.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 106(14): 5551-6, 2009 Apr 07.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-19297616
16.
Transfer of arginine into lipid bilayers is nonadditive.
Biophys J
; 101(1): 110-7, 2011 Jul 06.
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| MEDLINE | ID: mdl-21723820
17.
Curvature Energetics Determined by Alchemical Simulation on Four Topologically Distinct Lipid Phases.
J Phys Chem B
; 125(7): 1815-1824, 2021 02 25.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-33570958
18.
Atomistic Characterization of Gramicidin Channel Formation.
J Chem Theory Comput
; 17(1): 7-12, 2021 Jan 12.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-33378617
19.
Discovery of Small-Molecule Inhibitors of SARS-CoV-2 Proteins Using a Computational and Experimental Pipeline.
Front Mol Biosci
; 8: 678701, 2021.
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| MEDLINE | ID: mdl-34327214
20.
Molecular simulations of lipid flip-flop in the presence of model transmembrane helices.
Biochemistry
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| MEDLINE | ID: mdl-20666375