Detalles de la búsqueda
1.
PhysiBoSS: a multi-scale agent-based modelling framework integrating physical dimension and cell signalling.
Bioinformatics
; 35(7): 1188-1196, 2019 04 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30169736
2.
PhysiCell: An open source physics-based cell simulator for 3-D multicellular systems.
PLoS Comput Biol
; 14(2): e1005991, 2018 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29474446
3.
High-throughput cancer hypothesis testing with an integrated PhysiCell-EMEWS workflow.
BMC Bioinformatics
; 19(Suppl 18): 483, 2018 Dec 21.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30577742
4.
The cell behavior ontology: describing the intrinsic biological behaviors of real and model cells seen as active agents.
Bioinformatics
; 30(16): 2367-74, 2014 Aug 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24755304
5.
Drug-loaded nanoparticles for cancer therapy: a high-throughput multicellular agent-based modeling study.
bioRxiv
; 2024 Apr 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38645004
6.
PhysiCell Studio: a graphical tool to make agent-based modeling more accessible.
bioRxiv
; 2023 Dec 14.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37961612
7.
Digitize your Biology! Modeling multicellular systems through interpretable cell behavior.
bioRxiv
; 2023 Nov 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37745323
8.
Supporting Computational Apprenticeship Through Educational and Software Infrastructure: A Case Study in a Mathematical Oncology Research Lab.
PRIMUS (Terre Ht)
; 32(3 Pt 2): 446-467, 2022.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35197716
9.
Iterative community-driven development of a SARS-CoV-2 tissue simulator.
bioRxiv
; 2021 Nov 10.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32511322
10.
MutDB: update on development of tools for the biochemical analysis of genetic variation.
Nucleic Acids Res
; 36(Database issue): D815-9, 2008 Jan.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-17827212
11.
Multicell simulations of development and disease using the CompuCell3D simulation environment.
Methods Mol Biol
; 500: 361-428, 2009.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-19399437
12.
Learning-accelerated discovery of immune-tumour interactions.
Mol Syst Des Eng
; 4(4): 747-760, 2019 Aug 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31497314
13.
A Review of Cell-Based Computational Modeling in Cancer Biology.
JCO Clin Cancer Inform
; 3: 1-13, 2019 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30715927
14.
xml2jupyter: Mapping parameters between XML and Jupyter widgets.
J Open Source Softw
; 4(39)2019.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31342010
15.
MutDB services: interactive structural analysis of mutation data.
Nucleic Acids Res
; 33(Web Server issue): W311-4, 2005 Jul 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-15980479
16.
Identification of similar regions of protein structures using integrated sequence and structure analysis tools.
BMC Struct Biol
; 6: 4, 2006 Mar 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-16526955
17.
kltool: A tool to analyze spatiotemporal complexity.
Chaos
; 4(2): 421-424, 1994 Jun.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-12780117
18.
Extending transfer entropy improves identification of effective connectivity in a spiking cortical network model.
PLoS One
; 6(11): e27431, 2011.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-22102894
19.
Visual methods for interpreting optical nonlinearity at the molecular level.
Acc Chem Res
; 40(10): 953-60, 2007 Oct.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-17713964
20.
Web service infrastructure for chemoinformatics.
J Chem Inf Model
; 47(4): 1303-7, 2007.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-17602467