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1.

Mechanics of two filaments in tight orthogonal contact.

Grandgeorge, Paul; Baek, Changyeob; Singh, Harmeet; Johanns, Paul; Sano, Tomohiko G; Flynn, Alastair; Maddocks, John H; Reis, Pedro M.

Proc Natl Acad Sci U S A ; 118(15)2021 04 13.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-33876761

2.

The static and dynamic structural heterogeneities of B-DNA: extending Calladine-Dickerson rules.

Dans, Pablo D; Balaceanu, Alexandra; Pasi, Marco; Patelli, Alessandro S; Petkeviciute, Daiva; Walther, Jürgen; Hospital, Adam; Bayarri, Genís; Lavery, Richard; Maddocks, John H; Orozco, Modesto.

Nucleic Acids Res ; 47(21): 11090-11102, 2019 12 02.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-31624840

3.

cgDNAweb: a web interface to the cgDNA sequence-dependent coarse-grain model of double-stranded DNA.

De Bruin, Lennart; Maddocks, John H.

Nucleic Acids Res ; 46(W1): W5-W10, 2018 07 02.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-29905876

4.

Analyzing DNA curvature and its impact on the ionic environment: application to molecular dynamics simulations of minicircles.

Pasi, Marco; Zakrzewska, Krystyna; Maddocks, John H; Lavery, Richard.

Nucleic Acids Res ; 45(7): 4269-4277, 2017 04 20.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-28180333

5.

Analyzing ion distributions around DNA: sequence-dependence of potassium ion distributions from microsecond molecular dynamics.

Pasi, Marco; Maddocks, John H; Lavery, Richard.

Nucleic Acids Res ; 43(4): 2412-23, 2015 Feb 27.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-25662221

6.

Analyzing ion distributions around DNA.

Lavery, Richard; Maddocks, John H; Pasi, Marco; Zakrzewska, Krystyna.

Nucleic Acids Res ; 42(12): 8138-49, 2014 Jul.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-24906882

7.

µABC: a systematic microsecond molecular dynamics study of tetranucleotide sequence effects in B-DNA.

Pasi, Marco; Maddocks, John H; Beveridge, David; Bishop, Thomas C; Case, David A; Cheatham, Thomas; Dans, Pablo D; Jayaram, B; Lankas, Filip; Laughton, Charles; Mitchell, Jonathan; Osman, Roman; Orozco, Modesto; Pérez, Alberto; Petkeviciute, Daiva; Spackova, Nada; Sponer, Jiri; Zakrzewska, Krystyna; Lavery, Richard.

Nucleic Acids Res ; 42(19): 12272-83, 2014 Oct 29.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-25260586

8.

Twist and stretch of helices explained via the Kirchhoff-Love rod model of elastic filaments.

Ðurickovic, Bojan; Goriely, Alain; Maddocks, John H.

Phys Rev Lett ; 111(10): 108103, 2013 Sep 06.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-25166713

9.

cgNA+web : A Visual Interface to the cgNA+ Sequence-dependent Statistical Mechanics Model of Double-stranded Nucleic Acids.

Sharma, Rahul; Patelli, Alessandro S; De Bruin, Lennart; Maddocks, John H.

J Mol Biol ; 435(14): 167978, 2023 07 15.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-37356908

10.

A systematic molecular dynamics study of nearest-neighbor effects on base pair and base pair step conformations and fluctuations in B-DNA.

Lavery, Richard; Zakrzewska, Krystyna; Beveridge, David; Bishop, Thomas C; Case, David A; Cheatham, Thomas; Dixit, Surjit; Jayaram, B; Lankas, Filip; Laughton, Charles; Maddocks, John H; Michon, Alexis; Osman, Roman; Orozco, Modesto; Perez, Alberto; Singh, Tanya; Spackova, Nada; Sponer, Jiri.

Nucleic Acids Res ; 38(1): 299-313, 2010 Jan.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-19850719

11.

Bending modes of DNA directly addressed by cryo-electron microscopy of DNA minicircles.

Demurtas, Davide; Amzallag, Arnaud; Rawdon, Eric J; Maddocks, John H; Dubochet, Jacques; Stasiak, Andrzej.

Nucleic Acids Res ; 37(9): 2882-93, 2009 May.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-19282451

12.

Sequence-dependent structural properties of B-DNA: what have we learned in 40 years?

da Rosa, Gabriela; Grille, Leandro; Calzada, Victoria; Ahmad, Katya; Arcon, Juan Pablo; Battistini, Federica; Bayarri, Genís; Bishop, Thomas; Carloni, Paolo; Cheatham Iii, Thomas; Collepardo-Guevara, Rosana; Czub, Jacek; Espinosa, Jorge R; Galindo-Murillo, Rodrigo; Harris, Sarah A; Hospital, Adam; Laughton, Charles; Maddocks, John H; Noy, Agnes; Orozco, Modesto; Pasi, Marco; Pérez, Alberto; Petkeviciute-Gerlach, Daiva; Sharma, Rahul; Sun, Ran; Dans, Pablo D.

Biophys Rev ; 13(6): 995-1005, 2021 Dec.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-35059023

13.

3D reconstruction and comparison of shapes of DNA minicircles observed by cryo-electron microscopy.

Amzallag, Arnaud; Vaillant, Cédric; Jacob, Mathews; Unser, Michael; Bednar, Jan; Kahn, Jason D; Dubochet, Jacques; Stasiak, Andrzej; Maddocks, John H.

Nucleic Acids Res ; 34(18): e125, 2006.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-17012274

14.

Kinking occurs during molecular dynamics simulations of small DNA minicircles.

Lankas, Filip; Lavery, Richard; Maddocks, John H.

Structure ; 14(10): 1527-34, 2006 Oct.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-17027501

15.

An open call for contributions to a special issue of Biophysical Reviews focused on multiscale simulations of DNA from electrons to nucleosomes.

Olson, Wilma K; Maddocks, John H; Dans, Pablo D; Cheatham, Thomas H; Harris, Sarah; Laughton, Charlie; Orozco, Modesto; Pollack, Lois.

Biophys Rev ; 15(6): 1901-1902, 2023 Dec.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-38192348

16.

Sequence-Dependent Persistence Lengths of DNA.

Mitchell, Jonathan S; Glowacki, Jaroslaw; Grandchamp, Alexandre E; Manning, Robert S; Maddocks, John H.

J Chem Theory Comput ; 13(4): 1539-1555, 2017 Apr 11.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-28029797

17.

3-D shape estimation of DNA molecules from stereo cryo-electron micro-graphs using a projection-steerable snake.

Jacob, Mathews; Blu, Thierry; Vaillant, Cedric; Maddocks, John H; Unser, Michael.

IEEE Trans Image Process ; 15(1): 214-27, 2006 Jan.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-16435551

18.

Looping probabilities of elastic chains: a path integral approach.

Cotta-Ramusino, Ludovica; Maddocks, John H.

Phys Rev E Stat Nonlin Soft Matter Phys ; 82(5 Pt 1): 051924, 2010 Nov.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-21230517

19.

Structural motifs of biomolecules.

Banavar, Jayanth R; Hoang, Trinh Xuan; Maddocks, John H; Maritan, Amos; Poletto, Chiara; Stasiak, Andrzej; Trovato, Antonio.

Proc Natl Acad Sci U S A ; 104(44): 17283-6, 2007 Oct 30.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-17959779

20.

Helices.

Chouaieb, Nadia; Goriely, Alain; Maddocks, John H.

Proc Natl Acad Sci U S A ; 103(25): 9398-403, 2006 Jun 20.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-16769895

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