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1.

Glycosylated queuosines in tRNAs optimize translational rate and post-embryonic growth.

Zhao, Xuewei; Ma, Ding; Ishiguro, Kensuke; Saito, Hironori; Akichika, Shinichiro; Matsuzawa, Ikuya; Mito, Mari; Irie, Toru; Ishibashi, Kota; Wakabayashi, Kimi; Sakaguchi, Yuriko; Yokoyama, Takeshi; Mishima, Yuichiro; Shirouzu, Mikako; Iwasaki, Shintaro; Suzuki, Takeo; Suzuki, Tsutomu.

Cell ; 186(25): 5517-5535.e24, 2023 12 07.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-37992713

2.

Ribosome slowdown triggers codon-mediated mRNA decay independently of ribosome quality control.

Mishima, Yuichiro; Han, Peixun; Ishibashi, Kota; Kimura, Seisuke; Iwasaki, Shintaro.

EMBO J ; 41(5): e109256, 2022 03 01.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-35040509

3.

Znf598-mediated Rps10/eS10 ubiquitination contributes to the ribosome ubiquitination dynamics during zebrafish development.

Ugajin, Nozomi; Imami, Koshi; Takada, Hiraku; Ishihama, Yasushi; Chiba, Shinobu; Mishima, Yuichiro.

RNA ; 29(12): 1910-1927, 2023 12.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-37751929

4.

Codon Usage and 3' UTR Length Determine Maternal mRNA Stability in Zebrafish.

Mishima, Yuichiro; Tomari, Yukihide.

Mol Cell ; 61(6): 874-85, 2016 Mar 17.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-26990990

5.

MicroRNAs trigger dissociation of eIF4AI and eIF4AII from target mRNAs in humans.

Fukao, Akira; Mishima, Yuichiro; Takizawa, Naoki; Oka, Shigenori; Imataka, Hiroaki; Pelletier, Jerry; Sonenberg, Nahum; Thoma, Christian; Fujiwara, Toshinobu.

Mol Cell ; 56(1): 79-89, 2014 Oct 02.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-25280105

6.

Pervasive yet nonuniform contributions of Dcp2 and Cnot7 to maternal mRNA clearance in zebrafish.

Mishima, Yuichiro; Tomari, Yukihide.

Genes Cells ; 22(7): 670-678, 2017 Jul.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-28557307

7.

Zebrafish miR-1 and miR-133 shape muscle gene expression and regulate sarcomeric actin organization.

Mishima, Yuichiro; Abreu-Goodger, Cei; Staton, Alison A; Stahlhut, Carlos; Shou, Chong; Cheng, Chao; Gerstein, Mark; Enright, Anton J; Giraldez, Antonio J.

Genes Dev ; 23(5): 619-32, 2009 Mar 01.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-19240126

8.

Roles of mRNA fate modulators Dhh1 and Pat1 in TNRC6-dependent gene silencing recapitulated in yeast.

Makino, Shiho; Mishima, Yuichiro; Inoue, Kunio; Inada, Toshifumi.

J Biol Chem ; 290(13): 8331-47, 2015 Mar 27.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-25657010

9.

Elements and machinery of non-coding RNAs: toward their taxonomy.

Hirose, Tetsuro; Mishima, Yuichiro; Tomari, Yukihide.

EMBO Rep ; 15(5): 489-507, 2014 May.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-24731943

10.

miR-1 and miR-206 regulate angiogenesis by modulating VegfA expression in zebrafish.

Stahlhut, Carlos; Suárez, Yajaira; Lu, Jun; Mishima, Yuichiro; Giraldez, Antonio J.

Development ; 139(23): 4356-64, 2012 Dec 01.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-23132244

11.

PAINTing translation.

Mishima, Yuichiro.

Nat Chem Biol ; 14(9): 832-833, 2018 09.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-29988066

12.

Translational inhibition by deadenylation-independent mechanisms is central to microRNA-mediated silencing in zebrafish.

Mishima, Yuichiro; Fukao, Akira; Kishimoto, Tomoyoshi; Sakamoto, Hiroshi; Fujiwara, Toshinobu; Inoue, Kunio.

Proc Natl Acad Sci U S A ; 109(4): 1104-9, 2012 Jan 24.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-22232654

13.

Widespread roles of microRNAs during zebrafish development and beyond.

Mishima, Yuichiro.

Dev Growth Differ ; 54(1): 55-65, 2012 Jan.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-22150108

14.

pSNAP: Proteome-wide analysis of elongating nascent polypeptide chains.

Uchiyama, Junki; Roy, Rohini; Wang, Dan Ohtan; Morikawa, Kazuya; Kawahara, Yuka; Iwasaki, Mio; Yoshino, Chiaki; Mishima, Yuichiro; Ishihama, Yasushi; Imami, Koshi.

iScience ; 25(7): 104516, 2022 Jul 15.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-35754732

15.

Tethered Function Assay to Study RNA-Regulatory Proteins in Zebrafish Embryos.

Mishima, Yuichiro; Inoue, Kunio.

Methods Mol Biol ; 2218: 347-354, 2021.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-33606244

16.

Protocol for Disome Profiling to Survey Ribosome Collision in Humans and Zebrafish.

Mito, Mari; Mishima, Yuichiro; Iwasaki, Shintaro.

STAR Protoc ; 1(3): 100168, 2020 12 18.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-33377062

17.

Genome-wide Survey of Ribosome Collision.

Han, Peixun; Shichino, Yuichi; Schneider-Poetsch, Tilman; Mito, Mari; Hashimoto, Satoshi; Udagawa, Tsuyoshi; Kohno, Kenji; Yoshida, Minoru; Mishima, Yuichiro; Inada, Toshifumi; Iwasaki, Shintaro.

Cell Rep ; 31(5): 107610, 2020 05 05.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-32375038

18.

Differential regulation of germline mRNAs in soma and germ cells by zebrafish miR-430.

Mishima, Yuichiro; Giraldez, Antonio J; Takeda, Yasuaki; Fujiwara, Toshinobu; Sakamoto, Hiroshi; Schier, Alexander F; Inoue, Kunio.

Curr Biol ; 16(21): 2135-42, 2006 Nov 07.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-17084698

19.

Deadenylation by the CCR4-NOT complex contributes to the turnover of hairy-related mRNAs in the zebrafish segmentation clock.

Fujino, Yuuri; Yamada, Kazuya; Sugaya, Chihiro; Ooka, Yuko; Ovara, Hiroki; Ban, Hiroyuki; Akama, Kagari; Otosaka, Shiori; Kinoshita, Hirofumi; Yamasu, Kyo; Mishima, Yuichiro; Kawamura, Akinori.

FEBS Lett ; 592(20): 3388-3398, 2018 10.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-30281784

20.

A novel miRNA processing pathway independent of Dicer requires Argonaute2 catalytic activity.

Cifuentes, Daniel; Xue, Huiling; Taylor, David W; Patnode, Heather; Mishima, Yuichiro; Cheloufi, Sihem; Ma, Enbo; Mane, Shrikant; Hannon, Gregory J; Lawson, Nathan D; Wolfe, Scot A; Giraldez, Antonio J.

Science ; 328(5986): 1694-8, 2010 Jun 25.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-20448148

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