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1.
Neoantigen quality predicts immunoediting in survivors of pancreatic cancer.
Nature
; 606(7913): 389-395, 2022 06.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35589842
2.
TULIP: A transformer-based unsupervised language model for interacting peptides and T cell receptors that generalizes to unseen epitopes.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 121(24): e2316401121, 2024 Jun 11.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38838016
3.
Innate-like T cell subset commitment in the murine thymus is independent of TCR characteristics and occurs during proliferation.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 121(14): e2311348121, 2024 Apr 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38530897
4.
Towards a quantitative theory of tolerance.
Trends Immunol
; 44(7): 512-518, 2023 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37263823
5.
Evolutionary stability of antigenically escaping viruses.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 120(44): e2307712120, 2023 Oct 31.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37871216
6.
Modeling and predicting the overlap of B- and T-cell receptor repertoires in healthy and SARS-CoV-2 infected individuals.
PLoS Genet
; 19(2): e1010652, 2023 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36827454
7.
Inferring the T cell repertoire dynamics of healthy individuals.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 120(4): e2207516120, 2023 Jan 24.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36669107
8.
Affinity maturation for an optimal balance between long-term immune coverage and short-term resource constraints.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 119(8)2022 02 22.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35177475
9.
Evolution and folding of repeat proteins.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 119(31): e2204131119, 2022 08 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35905321
10.
Deep generative selection models of T and B cell receptor repertoires with soNNia.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 118(14)2021 04 06.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33795515
11.
Antigenic waves of virus-immune coevolution.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 118(27)2021 07 06.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34183397
12.
Immune fingerprinting through repertoire similarity.
PLoS Genet
; 17(1): e1009301, 2021 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33395405
13.
Dynamical Information Synergy in Biochemical Signaling Networks.
Phys Rev Lett
; 131(12): 128401, 2023 Sep 22.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37802943
14.
Learning the statistics and landscape of somatic mutation-induced insertions and deletions in antibodies.
PLoS Comput Biol
; 18(6): e1010167, 2022 06.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35653375
15.
Detecting T cell receptors involved in immune responses from single repertoire snapshots.
PLoS Biol
; 17(6): e3000314, 2019 06.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31194732
16.
Optimal prediction with resource constraints using the information bottleneck.
PLoS Comput Biol
; 17(3): e1008743, 2021 03.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33684112
17.
Probing T-cell response by sequence-based probabilistic modeling.
PLoS Comput Biol
; 17(9): e1009297, 2021 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34473697
18.
NoisET: Noise Learning and Expansion Detection of T-Cell Receptors.
J Phys Chem A
; 126(40): 7407-7414, 2022 Oct 13.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36178325
19.
Learning the heterogeneous hypermutation landscape of immunoglobulins from high-throughput repertoire data.
Nucleic Acids Res
; 48(19): 10702-10712, 2020 11 04.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33035336
20.
How a well-adapting immune system remembers.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 116(18): 8815-8823, 2019 04 30.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-30988203