Búsqueda | Portal de Búsqueda de la BVS Enfermería

1.

Nonlinear data fusion over Entity-Relation graphs for Drug-Target Interaction prediction.

Mazzone, Eugenio; Moreau, Yves; Fariselli, Piero; Raimondi, Daniele.

Bioinformatics ; 39(6)2023 06 01.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-37255310

2.

MELLODDY: Cross-pharma Federated Learning at Unprecedented Scale Unlocks Benefits in QSAR without Compromising Proprietary Information.

Heyndrickx, Wouter; Mervin, Lewis; Morawietz, Tobias; Sturm, Noé; Friedrich, Lukas; Zalewski, Adam; Pentina, Anastasia; Humbeck, Lina; Oldenhof, Martijn; Niwayama, Ritsuya; Schmidtke, Peter; Fechner, Nikolas; Simm, Jaak; Arany, Adam; Drizard, Nicolas; Jabal, Rama; Afanasyeva, Arina; Loeb, Regis; Verma, Shlok; Harnqvist, Simon; Holmes, Matthew; Pejo, Balazs; Telenczuk, Maria; Holway, Nicholas; Dieckmann, Arne; Rieke, Nicola; Zumsande, Friederike; Clevert, Djork-Arné; Krug, Michael; Luscombe, Christopher; Green, Darren; Ertl, Peter; Antal, Peter; Marcus, David; Do Huu, Nicolas; Fuji, Hideyoshi; Pickett, Stephen; Acs, Gergely; Boniface, Eric; Beck, Bernd; Sun, Yax; Gohier, Arnaud; Rippmann, Friedrich; Engkvist, Ola; Göller, Andreas H; Moreau, Yves; Galtier, Mathieu N; Schuffenhauer, Ansgar; Ceulemans, Hugo.

J Chem Inf Model ; 64(7): 2331-2344, 2024 Apr 08.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-37642660

3.

From genotype to phenotype in Arabidopsis thaliana: in-silico genome interpretation predicts 288 phenotypes from sequencing data.

Raimondi, Daniele; Corso, Massimiliano; Fariselli, Piero; Moreau, Yves.

Nucleic Acids Res ; 50(3): e16, 2022 02 22.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-34792168

4.

Fast and accurate inference of gene regulatory networks through robust precision matrix estimation.

Passemiers, Antoine; Moreau, Yves; Raimondi, Daniele.

Bioinformatics ; 38(10): 2802-2809, 2022 05 13.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-35561176

5.

A novel method for data fusion over entity-relation graphs and its application to protein-protein interaction prediction.

Raimondi, Daniele; Simm, Jaak; Arany, Adam; Moreau, Yves.

Bioinformatics ; 37(16): 2275-2281, 2021 Aug 25.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-33560405

6.

In silico prediction of in vitro protein liquid-liquid phase separation experiments outcomes with multi-head neural attention.

Raimondi, Daniele; Orlando, Gabriele; Michiels, Emiel; Pakravan, Donya; Bratek-Skicki, Anna; Van Den Bosch, Ludo; Moreau, Yves; Rousseau, Frederic; Schymkowitz, Joost.

Bioinformatics ; 37(20): 3473-3479, 2021 Oct 25.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-33983381

7.

Predicting disease-causing variant combinations.

Papadimitriou, Sofia; Gazzo, Andrea; Versbraegen, Nassim; Nachtegael, Charlotte; Aerts, Jan; Moreau, Yves; Van Dooren, Sonia; Nowé, Ann; Smits, Guillaume; Lenaerts, Tom.

Proc Natl Acad Sci U S A ; 116(24): 11878-11887, 2019 06 11.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-31127050

8.

Current cancer driver variant predictors learn to recognize driver genes instead of functional variants.

Raimondi, Daniele; Passemiers, Antoine; Fariselli, Piero; Moreau, Yves.

BMC Biol ; 19(1): 3, 2021 01 13.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-33441128

9.

Insight into the protein solubility driving forces with neural attention.

Raimondi, Daniele; Orlando, Gabriele; Fariselli, Piero; Moreau, Yves.

PLoS Comput Biol ; 16(4): e1007722, 2020 04.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-32352965

10.

Computational identification of prion-like RNA-binding proteins that form liquid phase-separated condensates.

Orlando, Gabriele; Raimondi, Daniele; Tabaro, Francesco; Codicè, Francesco; Moreau, Yves; Vranken, Wim F.

Bioinformatics ; 35(22): 4617-4623, 2019 11 01.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-30994888

11.

GRNBoost2 and Arboreto: efficient and scalable inference of gene regulatory networks.

Moerman, Thomas; Aibar Santos, Sara; Bravo González-Blas, Carmen; Simm, Jaak; Moreau, Yves; Aerts, Jan; Aerts, Stein.

Bioinformatics ; 35(12): 2159-2161, 2019 06 01.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-30445495

12.

COVID-19 in people with multiple sclerosis: A global data sharing initiative.

Peeters, Liesbet M; Parciak, Tina; Walton, Clare; Geys, Lotte; Moreau, Yves; De Brouwer, Edward; Raimondi, Daniele; Pirmani, Ashkan; Kalincik, Tomas; Edan, Gilles; Simpson-Yap, Steve; De Raedt, Luc; Dauxais, Yann; Gautrais, Clément; Rodrigues, Paulo R; McKenna, Landon; Lazovski, Nikola; Hillert, Jan; Forsberg, Lars; Spelman, Tim; McBurney, Robert; Schmidt, Hollie; Bergmann, Arnfin; Braune, Stefan; Stahmann, Alexander; Middleton, Rodden; Salter, Amber; Bebo, Bruce F; Rojas, Juan I; van der Walt, Anneke; Butzkueven, Helmut; van der Mei, Ingrid; Ivanov, Rumen; Hellwig, Kerstin; Sciascia do Olival, Guilherme; Cohen, Jeffrey A; Van Hecke, Wim; Dobson, Ruth; Magyari, Melinda; Brum, Doralina Guimarães; Alonso, Ricardo; Nicholas, Richard; Bauer, Johana; Chertcoff, Anibal; de Sèze, Jérôme; Louapre, Céline; Comi, Giancarlo; Rijke, Nick.

Mult Scler ; 26(10): 1157-1162, 2020 09.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-32662757

13.

ChemGrapher: Optical Graph Recognition of Chemical Compounds by Deep Learning.

Oldenhof, Martijn; Arany, Adam; Moreau, Yves; Simm, Jaak.

J Chem Inf Model ; 60(10): 4506-4517, 2020 10 26.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-32924466

14.

Crack down on genomic surveillance.

Moreau, Yves.

Nature ; 576(7785): 36-38, 2019 12.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-31796907

15.

Gene prioritization using Bayesian matrix factorization with genomic and phenotypic side information.

Zakeri, Pooya; Simm, Jaak; Arany, Adam; ElShal, Sarah; Moreau, Yves.

Bioinformatics ; 34(13): i447-i456, 2018 07 01.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-29949967

16.

Ultra-fast global homology detection with Discrete Cosine Transform and Dynamic Time Warping.

Raimondi, Daniele; Orlando, Gabriele; Moreau, Yves; Vranken, Wim F.

Bioinformatics ; 34(18): 3118-3125, 2018 09 15.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-29684140

17.

pBRIT: gene prioritization by correlating functional and phenotypic annotations through integrative data fusion.

Kumar, Ajay Anand; Van Laer, Lut; Alaerts, Maaike; Ardeshirdavani, Amin; Moreau, Yves; Laukens, Kris; Loeys, Bart; Vandeweyer, Geert.

Bioinformatics ; 34(13): 2254-2262, 2018 07 01.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-29452392

18.

Understanding mutational effects in digenic diseases.

Gazzo, Andrea; Raimondi, Daniele; Daneels, Dorien; Moreau, Yves; Smits, Guillaume; Van Dooren, Sonia; Lenaerts, Tom.

Nucleic Acids Res ; 45(15): e140, 2017 Sep 06.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-28911095

19.

Towards practical privacy-preserving genome-wide association study.

Bonte, Charlotte; Makri, Eleftheria; Ardeshirdavani, Amin; Simm, Jaak; Moreau, Yves; Vercauteren, Frederik.

BMC Bioinformatics ; 19(1): 537, 2018 Dec 20.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-30572817

20.

Concurrent whole-genome haplotyping and copy-number profiling of single cells.

Zamani Esteki, Masoud; Dimitriadou, Eftychia; Mateiu, Ligia; Melotte, Cindy; Van der Aa, Niels; Kumar, Parveen; Das, Rakhi; Theunis, Koen; Cheng, Jiqiu; Legius, Eric; Moreau, Yves; Debrock, Sophie; D'Hooghe, Thomas; Verdyck, Pieter; De Rycke, Martine; Sermon, Karen; Vermeesch, Joris R; Voet, Thierry.

Am J Hum Genet ; 96(6): 894-912, 2015 Jun 04.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-25983246

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