RESUMEN
Variant interpretation is the key issue in molecular diagnosis. Spliceogenic variants exemplify this issue as each nucleotide variant can be deleterious via disruption or creation of splice site consensus sequences. Consequently, reliable in silico prediction of variant spliceogenicity would be a major improvement. Thanks to an international effort, a set of 395 variants studied at the mRNA level and occurring in 5' and 3' consensus regions (defined as the 11 and 14 bases surrounding the exon/intron junction, respectively) was collected for 11 different genes, including BRCA1, BRCA2, CFTR and RHD, and used to train and validate a new prediction protocol named Splicing Prediction in Consensus Elements (SPiCE). SPiCE combines in silico predictions from SpliceSiteFinder-like and MaxEntScan and uses logistic regression to define optimal decision thresholds. It revealed an unprecedented sensitivity and specificity of 99.5 and 95.2%, respectively, and the impact on splicing was correctly predicted for 98.8% of variants. We therefore propose SPiCE as the new tool for predicting variant spliceogenicity. It could be easily implemented in any diagnostic laboratory as a routine decision making tool to help geneticists to face the deluge of variants in the next-generation sequencing era. SPiCE is accessible at (https://sourceforge.net/projects/spicev2-1/).
Asunto(s)
Biología Computacional/métodos , Simulación por Computador , Variación Genética , Sitios de Empalme de ARN/genética , Empalme del ARN , Proteína BRCA1/genética , Proteína BRCA2/genética , Neoplasias de la Mama/diagnóstico , Neoplasias de la Mama/genética , Femenino , Humanos , Cooperación Internacional , Internet , Neoplasias Ováricas/diagnóstico , Neoplasias Ováricas/genética , Reproducibilidad de los Resultados , Sensibilidad y EspecificidadRESUMEN
Background: Screening first-degree relatives (FDRs) of patients with premature coronary artery disease (CAD) is recommended but not routinely performed. Objectives: To assess the diagnostic yield and impact on clinical management of a clinical and imaging-based screening program of FDRs delivered in the setting of routine clinical care. Methods: We recruited FDRs of patients with premature CAD with no personal history of CAD and prospectively assessed for: 1) cardiovascular risk and presence of significant subclinical atherosclerosis (SA) defined as plaque on carotid ultrasound, stenosis >50% or extensive atherosclerosis on coronary computed tomography angiography, or coronary artery calcium scores >100 Agatston units or >75% percentile for age and sex; 2) utilization of preventive medications and lipid levels prior enrolment and after completion of the assessment. Results: We assessed 132 FDRs (60.6% females), mean (SD) age 47(17) years old. Cardiovascular risk was high in 38.2%, moderate in 12.2%, and low in 49.6% of FDRs. SA was present in 34.1% of FDRs, including 12.5% in low, 51.9% in moderate, and 55.0% in high calculated risk groups. After assessment, LLT was initiated in 32.6% of FDRs and intensified in 16.0% leading to mean (SD) LDL-C decrease of 1.07(1.10) mmol/L in patients with high calculated risk or SA. LLT was recommended to all patients with high calculated risk, but those with SA were more likely to receive the medications from pharmacies (93.3% vs 60.0%, p = 0.006). Conclusion: Screening the FDRs of patients with premature CAD is feasible, may have high diagnostic yield and impact risk factor management.
RESUMEN
Background: Lipid-lowering therapy (LLT) is a central aspect of the treatment of patients with coronary artery disease (CAD), and the benefits of LLT accrue over time. However, there are limited real-world data on longitudinal lipid control in patients with premature CAD. Objectives: The purpose of this study was to assess longitudinal attainment of guideline-recommended lipid goals and outcomes in a contemporary cohort of patients with premature CAD. Methods: We enrolled males younger than 50 years and females younger than 55 years with coronary stenosis of >50% and examined achievement of lipid goals, LLT characteristics, and cardiovascular outcomes (major adverse cardiovascular event [MACE]). Results: Of 476 patients who presented with acute coronary syndrome (ST-elevation myocardial infarction, non-ST-segment elevation myocardial infarction, unstable angina) (68%), stable angina (28%), or other symptoms, 73.2% achieved low-density lipoprotein cholesterol (LDL-C) <1.8 mmol/L on at least 1 occasion, but only 27.3% consistently stayed in the target range for 3 years after diagnosis. Although 73.9% of patients received high-intensity LLT at the time of diagnosis, only 43.5% had good adherence over the following 3 years. In multivariable analysis, 1 mmol/L increase in time-weighted average exposure to LDL-C, but not the lowest achieved LDL-C, was associated with a higher risk of MACE, hazard ratio 2.02 (95% CI: 1.48-2.76), when adjusted for sex, age, hypertension, diabetes, and smoking. Conclusions: We found low rates of longitudinal lipid target achievement in patients with premature CAD. Cumulative LDL-C exposure, but not lowest achieved LDL-C, was associated with risk of MACE. This highlights the critical importance of longitudinal control of lipids levels and identifies opportunities to improve LLT and maximize the time-dependent benefits of lipid-lowering.
RESUMEN
Assessing the impact of variants of unknown significance (VUS) on splicing is a key issue in molecular diagnosis. This impact can be predicted by in silico tools, but proper evaluation and user guidelines are lacking. To fill this gap, we embarked upon the largest BRCA1 and BRCA2 splice study to date by testing 272 VUSs (327 analyses) within the BRCA splice network of Unicancer. All these VUSs were analyzed by using six tools (splice site prediction by neural network, splice site finder (SSF), MaxEntScan (MES), ESE finder, relative enhancer and silencer classification by unanimous enrichment, and human splicing finder) and the predictions obtained were compared with transcript analysis results. Combining MES and SSF gave 96% sensitivity and 83% specificity for VUSs occurring in the vicinity of consensus splice sites, that is, the surrounding 11 and 14 bases for the 5' and 3' sites, respectively. This study was also an opportunity to define guidelines for transcript analysis along with a tentative classification of splice variants. The guidelines drawn from this large series should be useful for the whole community, particularly in the context of growing sequencing capacities that require robust pipelines for variant interpretation.
Asunto(s)
Proteína BRCA1/genética , Proteína BRCA2/genética , Patología Molecular/métodos , Patología Molecular/normas , Empalme del ARN/genética , Exones/genética , Femenino , HumanosRESUMEN
Estudo sobre o panorama epidemiológico das hepatites virais no Rio Grande do Sul. (AU)
Asunto(s)
Humanos , Masculino , Femenino , Lactante , Preescolar , Niño , Adolescente , Adulto , Persona de Mediana Edad , Anciano , Anciano de 80 o más Años , Adulto Joven , Hepatitis C/epidemiología , Hepatitis A/epidemiología , Hepatitis B/epidemiología , IncidenciaRESUMEN
Estudo do perfil epidemiológico da hepatite C no Rio Grande do Sul no período de 2013 a 2014. (AU)
Asunto(s)
Humanos , Masculino , Femenino , Lactante , Preescolar , Niño , Adolescente , Adulto , Persona de Mediana Edad , Anciano , Anciano de 80 o más Años , Perfil de Salud , Hepatitis C/transmisión , Hepatitis C/epidemiología , Notificación de EnfermedadesRESUMEN
Estudo sobre o perfil epidemiológico da hepatite B no Rio Grande do Sul no período de 2007 a 2014. (AU)
Asunto(s)
Humanos , Masculino , Femenino , Lactante , Preescolar , Niño , Adolescente , Adulto , Persona de Mediana Edad , Anciano , Anciano de 80 o más Años , Perfil de Salud , Hepatitis B/transmisión , Hepatitis B/epidemiología , Notificación de EnfermedadesRESUMEN
Estudo sobre o perfil epidemiológico da hepatite A no Rio Grande do Sul no período de 2007 a 2014. (AU)
Asunto(s)
Humanos , Masculino , Femenino , Lactante , Preescolar , Niño , Adolescente , Adulto , Persona de Mediana Edad , Anciano , Anciano de 80 o más Años , Perfil de Salud , Hepatitis A/epidemiología , Notificación de EnfermedadesRESUMEN
Estudo sobre o êxito da implementação da testagem rápida das hepatites visando o aumento de acesso à população nos diagnósticos, possibilitando inclusive testagens fora das unidades de Saúde. (AU)
Asunto(s)
Humanos , Hepatitis Viral Humana/diagnóstico , Juego de Reactivos para Diagnóstico , Efectividad , Capacitación de Recursos Humanos en SaludRESUMEN
Panorama das hepatites virais no RS, principalmente do ano de 2013, mostra como está atualmente a situação dos transplantes hepáticos no Estado, bem como os dados referentes à introdução da vacinação em crianças contra a hepatite A. (AU)
Asunto(s)
Humanos , Monitoreo Epidemiológico , Hepatitis Viral Humana/diagnóstico , Hepatitis Viral Humana/prevención & control , Hepatitis Viral Humana/transmisión , Hepatitis Viral Humana/epidemiología , Hepatitis Viral Humana/virología , Notificación de EnfermedadesRESUMEN
O objetivo deste trabalho foi analisar a evolução do estado nutricional das crianças de uma vila popular da periferia de Porto Alegre, RS, durante sua participação no Programa do Leite, instituido pela Secretaria Municipal de Saúde e Serviço Social (SMSSS). O programa prevê o atendimento de crianças desnutridas, que receberão atendimento, orientação e suprimento alimentar na forma de leite em pó até serem consideradas em boas condições...
Asunto(s)
Humanos , Niño , Evaluación Nutricional , Programas de Nutrición , Trastornos de la Nutrición del Niño/epidemiología , Trastornos de la Nutrición del Niño/rehabilitaciónRESUMEN
O primeiro ano de vida é peeríodo de grande desenvolvimento da criança e merece atençäo especial do pediatra, que deve orientar adequadamente a introduçäo de alimentos para o lactente, respeitando sua digestibilidade e desenvolvimento. Os autores reforoam a importância do aleitamento materno exclusivo nos primeiros seis meses e as introduçöes de outros alimentos nos meses seguintes, assim como orientam a alimentaçäo de crianças que näo recebem leite materno. O leite materno é o principal alimento para o lactente no primeiro ano de vida e este deve ser seu alimento exclusivo atéseis meses. Assim permitirá adequado desenvolvimento e prevençäo de doenças. Quando for impossível a amamentaçäo, deve ser dada preferência para as fórmulas lácteas especiais para lactentes e as introduçöes dos alimentos devem respeitar o amadurecimento da criança. Assim podemos propiciar um desenvolvimento harmônico da doença nesta importante fase de sua vida.(au)
Asunto(s)
Humanos , Recién Nacido , Leche Humana , Nutrición del Lactante , Necesidades NutricionalesRESUMEN
Os autores apresentam uma revisão da literatura sobre as vacinas da hepatite A atualmente disponíveis, enfocando indicações, esquemas de utilização, efeitos adversos e resultados obtidos em vários estudos. Além disso, fazem breve descrição da fisiopatogenia da doença e suas possíveis complicações. Cabe salientar que esta revisão teve como objetivo estabelecer, através de evidências científicas, as adequadas indicações para a utilização da vacina da hepatite A, bem como sugerir futuras pesquisas e discussões sobre a ampliaçã o de seu uso
Asunto(s)
Humanos , Hepatitis A/prevención & control , Inmunización , VacunaciónRESUMEN
Os autores estabelecem uma rotina para a alimentação infantil, demonstrando a importância do aleitamento materno e orientando a introdução correta de alimentos sólidos à crianças que estão recebendo leite materno ou seu substitutos
Asunto(s)
Humanos , Lactante , Nutrición del Lactante , Lactancia MaternaRESUMEN
Anticoncepção é um assunto muito importante especialmente, durante a adolescência. Os pediatras devem estar adequadamente preparados para orientar e esclarecer dúvidas a esse respeito, devido ao fato da iniciação sexual estar ocorrendo cada vez mais cedo. O trabalho foi realizado através de aplicação de questionários sobre conhecimento e uso de métodos contraceptivos em meninas entre 14 a 21 anos de idade, alunas de escolas públicas de Porto Alegre. Obtivemos 575 questionários evidenciando que os métodos anticoncepcionais mais usados são a pílula (31,5 por cento) e a camisinha masculina (21,4 por cento). Os métodos mais conhecidos são aqueles mais utilizados, acrescidos do diafragma e do DIU. As dúvidas mais mencionadas foram sobre diafragma, DIU e pílula