Detalles de la búsqueda
1.
Fluidification of Entanglements by a DNA Bending Protein.
Phys Rev Lett
; 130(5): 058203, 2023 Feb 03.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36800460
2.
Integration host factor bends and bridges DNA in a multiplicity of binding modes with varying specificity.
Nucleic Acids Res
; 49(15): 8684-8698, 2021 09 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34352078
3.
The emergence of sequence-dependent structural motifs in stretched, torsionally constrained DNA.
Nucleic Acids Res
; 48(4): 1748-1763, 2020 02 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31930331
4.
SerraNA: a program to determine nucleic acids elasticity from simulation data.
Phys Chem Chem Phys
; 22(34): 19254-19266, 2020 Sep 14.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32902529
5.
Parmbsc1: a refined force field for DNA simulations.
Nat Methods
; 13(1): 55-8, 2016 Jan.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26569599
6.
Long-range correlations in the mechanics of small DNA circles under topological stress revealed by multi-scale simulation.
Nucleic Acids Res
; 44(19): 9121-9130, 2016 Nov 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27664220
7.
Interference between Triplex and Protein Binding to Distal Sites on Supercoiled DNA.
Biophys J
; 112(3): 523-531, 2017 Feb 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28108011
8.
Correlating fluorescence microscopy, optical and magnetic tweezers to study single chiral biopolymers such as DNA.
Nat Commun
; 15(1): 2748, 2024 Mar 29.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38553446
9.
Small DNA circles as probes of DNA topology.
Biochem Soc Trans
; 41(2): 565-70, 2013 Apr.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23514155
10.
Length scale dependence of DNA mechanical properties.
Phys Rev Lett
; 109(22): 228101, 2012 Nov 30.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23368161
11.
Atomistic Molecular Dynamics Simulations of DNA in Complex 3D Arrangements for Comparison with Lower Resolution Structural Experiments.
Methods Mol Biol
; 2476: 95-109, 2022.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35635699
12.
Rolling circle RNA synthesis catalyzed by RNA.
Elife
; 112022 02 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35108196
13.
Structural interplay between DNA-shape protein recognition and supercoiling: The case of IHF.
Comput Struct Biotechnol J
; 20: 5264-5274, 2022.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36212531
14.
Recent advances in the study of nucleic acid flexibility by molecular dynamics.
Curr Opin Struct Biol
; 18(2): 185-93, 2008 Apr.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-18304803
15.
Elucidating the Role of Topological Constraint on the Structure of Overstretched DNA Using Fluorescence Polarization Microscopy.
J Phys Chem B
; 125(30): 8351-8361, 2021 08 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34309392
16.
Base-pair resolution analysis of the effect of supercoiling on DNA flexibility and major groove recognition by triplex-forming oligonucleotides.
Nat Commun
; 12(1): 1053, 2021 02 16.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33594049
17.
Sequence-dependent structural properties of B-DNA: what have we learned in 40 years?
Biophys Rev
; 13(6): 995-1005, 2021 Dec.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-35059023
18.
Diversification of DNA-Binding Specificity by Permissive and Specificity-Switching Mutations in the ParB/Noc Protein Family.
Cell Rep
; 32(3): 107928, 2020 07 21.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32698006
19.
The impact of monovalent ion force field model in nucleic acids simulations.
Phys Chem Chem Phys
; 11(45): 10596-607, 2009 Dec 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-20145804
20.
Theoretical study of large conformational transitions in DNA: the B<-->A conformational change in water and ethanol/water.
Nucleic Acids Res
; 35(10): 3330-8, 2007.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-17459891