Detalles de la búsqueda
1.
Benchmarking enrichment analysis methods with the disease pathway network.
Brief Bioinform
; 25(2)2024 Jan 22.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38436561
2.
GRNbenchmark - a web server for benchmarking directed gene regulatory network inference methods.
Nucleic Acids Res
; 50(W1): W398-W404, 2022 07 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35609981
3.
InParanoid-DIAMOND: faster orthology analysis with the InParanoid algorithm.
Bioinformatics
; 38(10): 2918-2919, 2022 05 13.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35561192
4.
Fast and accurate gene regulatory network inference by normalized least squares regression.
Bioinformatics
; 38(8): 2263-2268, 2022 04 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35176145
5.
PathwAX II: network-based pathway analysis with interactive visualization of network crosstalk.
Bioinformatics
; 38(9): 2659-2660, 2022 04 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35266519
6.
Pfam: The protein families database in 2021.
Nucleic Acids Res
; 49(D1): D412-D419, 2021 01 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33125078
7.
Genome-wide functional association networks: background, data & state-of-the-art resources.
Brief Bioinform
; 21(4): 1224-1237, 2020 07 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31281921
8.
Inferring the experimental design for accurate gene regulatory network inference.
Bioinformatics
; 37(20): 3553-3559, 2021 Oct 25.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33978748
9.
The Pfam protein families database in 2019.
Nucleic Acids Res
; 47(D1): D427-D432, 2019 01 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30357350
10.
A generalized framework for controlling FDR in gene regulatory network inference.
Bioinformatics
; 35(6): 1026-1032, 2019 03 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30169550
11.
FunCoup 4: new species, data, and visualization.
Nucleic Acids Res
; 46(D1): D601-D607, 2018 01 04.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29165593
12.
Domainoid: domain-oriented orthology inference.
BMC Bioinformatics
; 20(1): 523, 2019 Oct 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31660857
13.
HieranoiDB: a database of orthologs inferred by Hieranoid.
Nucleic Acids Res
; 45(D1): D687-D690, 2017 01 04.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27742821
14.
A novel method for crosstalk analysis of biological networks: improving accuracy of pathway annotation.
Nucleic Acids Res
; 45(2): e8, 2017 01 25.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27664219
15.
PathwAX: a web server for network crosstalk based pathway annotation.
Nucleic Acids Res
; 44(W1): W105-9, 2016 07 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27151197
16.
Benchmarking the next generation of homology inference tools.
Bioinformatics
; 32(17): 2636-41, 2016 09 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27256311
17.
TreeDom: a graphical web tool for analysing domain architecture evolution.
Bioinformatics
; 32(15): 2384-5, 2016 08 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27153675
18.
InParanoid 8: orthology analysis between 273 proteomes, mostly eukaryotic.
Nucleic Acids Res
; 43(Database issue): D234-9, 2015 Jan.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25429972
19.
FunCoup 3.0: database of genome-wide functional coupling networks.
Nucleic Acids Res
; 42(Database issue): D380-8, 2014 Jan.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-24185702
20.
Pfam: the protein families database.
Nucleic Acids Res
; 42(Database issue): D222-30, 2014 Jan.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-24288371