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1.
An unexpected role for leucyl aminopeptidase in UV tolerance revealed by a genome-wide fitness assessment in a model cyanobacterium.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 119(45): e2211789119, 2022 Nov 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36322730
2.
Machine learning from Pseudomonas aeruginosa transcriptomes identifies independently modulated sets of genes associated with known transcriptional regulators.
Nucleic Acids Res
; 50(7): 3658-3672, 2022 04 22.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35357493
3.
Advanced transcriptomic analysis reveals the role of efflux pumps and media composition in antibiotic responses of Pseudomonas aeruginosa.
Nucleic Acids Res
; 50(17): 9675-9688, 2022 09 23.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-36095122
4.
RiboRid: A low cost, advanced, and ultra-efficient method to remove ribosomal RNA for bacterial transcriptomics.
PLoS Genet
; 17(9): e1009821, 2021 09.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-34570751
5.
Unraveling the functions of uncharacterized transcription factors in Escherichia coli using ChIP-exo.
Nucleic Acids Res
; 49(17): 9696-9710, 2021 09 27.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34428301
6.
Revealing 29 sets of independently modulated genes in Staphylococcus aureus, their regulators, and role in key physiological response.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 117(29): 17228-17239, 2020 07 21.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32616573
7.
Adaptive evolution reveals a tradeoff between growth rate and oxidative stress during naphthoquinone-based aerobic respiration.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 116(50): 25287-25292, 2019 12 10.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31767748
8.
Cellular responses to reactive oxygen species are predicted from molecular mechanisms.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 116(28): 14368-14373, 2019 07 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31270234
9.
OxyR Is a Convergent Target for Mutations Acquired during Adaptation to Oxidative Stress-Prone Metabolic States.
Mol Biol Evol
; 37(3): 660-667, 2020 03 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31651953
10.
Distinct Subpopulations of Intravalvular Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus with Variable Susceptibility to Daptomycin in Tricuspid Valve Endocarditis.
Antimicrob Agents Chemother
; 64(3)2020 02 21.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31932377
11.
Adaptive laboratory evolution of Escherichia coli under acid stress.
Microbiology (Reading)
; 166(2): 141-148, 2020 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31625833
12.
Adaptation to the coupling of glycolysis to toxic methylglyoxal production in tpiA deletion strains of Escherichia coli requires synchronized and counterintuitive genetic changes.
Metab Eng
; 48: 82-93, 2018 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29842925
13.
Adaptive laboratory evolution resolves energy depletion to maintain high aromatic metabolite phenotypes in Escherichia coli strains lacking the Phosphotransferase System.
Metab Eng
; 48: 233-242, 2018 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29906504
14.
Multiple Optimal Phenotypes Overcome Redox and Glycolytic Intermediate Metabolite Imbalances in Escherichia coli pgi Knockout Evolutions.
Appl Environ Microbiol
; 84(19)2018 10 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30054360
15.
Use of adaptive laboratory evolution to discover key mutations enabling rapid growth of Escherichia coli K-12 MG1655 on glucose minimal medium.
Appl Environ Microbiol
; 81(1): 17-30, 2015 Jan.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25304508
16.
Advancing the scale of synthetic biology via cross-species transfer of cellular functions enabled by iModulon engraftment.
Nat Commun
; 15(1): 2356, 2024 Mar 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38490991
17.
The hallmarks of a tradeoff in transcriptomes that balances stress and growth functions.
mSystems
; : e0030524, 2024 Jun 03.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38829048
18.
Reconstructing the transcriptional regulatory network of probiotic L. reuteri is enabled by transcriptomics and machine learning.
mSystems
; 9(3): e0125723, 2024 Mar 19.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38349131
19.
Independent component analysis reveals 49 independently modulated gene sets within the global transcriptional regulatory architecture of multidrug-resistant Acinetobacter baumannii.
mSystems
; 9(2): e0060623, 2024 Feb 20.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38189271
20.
Comprehensive whole genome sequencing with hybrid assembly of multi-drug resistant Candida albicans isolate causing cerebral abscess.
Curr Res Microb Sci
; 4: 100180, 2023.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-36685102