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1.
Multiscale model of the different modes of cancer cell invasion.
Bioinformatics
; 39(6)2023 06 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37289551
2.
scEvoNet: a gradient boosting-based method for prediction of cell state evolution.
BMC Bioinformatics
; 24(1): 83, 2023 Mar 06.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-36879200
3.
Hubness reduction improves clustering and trajectory inference in single-cell transcriptomic data.
Bioinformatics
; 38(4): 1045-1051, 2022 01 27.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-34871374
4.
BIODICA: a computational environment for Independent Component Analysis of omics data.
Bioinformatics
; 38(10): 2963-2964, 2022 05 13.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-35561190
5.
ClustMMRA v2: A Scalable Computational Pipeline for the Identification of MicroRNA Clusters Acting Cooperatively on Tumor Molecular Subgroups.
Adv Exp Med Biol
; 1385: 259-279, 2022.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-36352218
6.
Domain Adaptation Principal Component Analysis: Base Linear Method for Learning with Out-of-Distribution Data.
Entropy (Basel)
; 25(1)2022 Dec 24.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-36673174
7.
Conceptual and computational framework for logical modelling of biological networks deregulated in diseases.
Brief Bioinform
; 20(4): 1238-1249, 2019 07 19.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29237040
8.
Application of Atlas of Cancer Signalling Network in preclinical studies.
Brief Bioinform
; 20(2): 701-716, 2019 03 25.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-29726961
9.
Community-driven roadmap for integrated disease maps.
Brief Bioinform
; 20(2): 659-670, 2019 03 25.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-29688273
10.
cd2sbgnml: bidirectional conversion between CellDesigner and SBGN formats.
Bioinformatics
; 36(8): 2620-2622, 2020 04 15.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-31904823
11.
Collective intelligence defines biological functions in Wikipedia as communities in the hidden protein connection network.
PLoS Comput Biol
; 16(2): e1007652, 2020 02.
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| MEDLINE | ID: mdl-32069277
12.
Identification of microRNA clusters cooperatively acting on epithelial to mesenchymal transition in triple negative breast cancer.
Nucleic Acids Res
; 47(5): 2205-2215, 2019 03 18.
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| MEDLINE | ID: mdl-30657980
13.
The Virtual Metabolic Human database: integrating human and gut microbiome metabolism with nutrition and disease.
Nucleic Acids Res
; 47(D1): D614-D624, 2019 01 08.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-30371894
14.
Scikit-Dimension: A Python Package for Intrinsic Dimension Estimation.
Entropy (Basel)
; 23(10)2021 Oct 19.
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| MEDLINE | ID: mdl-34682092
15.
Exact solving and sensitivity analysis of stochastic continuous time Boolean models.
BMC Bioinformatics
; 21(1): 241, 2020 Jun 11.
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| MEDLINE | ID: mdl-32527218
16.
PhysiBoSS: a multi-scale agent-based modelling framework integrating physical dimension and cell signalling.
Bioinformatics
; 35(7): 1188-1196, 2019 04 01.
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| MEDLINE | ID: mdl-30169736
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Assessing reproducibility of matrix factorization methods in independent transcriptomes.
Bioinformatics
; 35(21): 4307-4313, 2019 11 01.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-30938767
18.
Minimum Spanning vs. Principal Trees for Structured Approximations of Multi-Dimensional Datasets.
Entropy (Basel)
; 22(11)2020 Nov 11.
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| MEDLINE | ID: mdl-33287042
19.
Robust and Scalable Learning of Complex Intrinsic Dataset Geometry via ElPiGraph.
Entropy (Basel)
; 22(3)2020 Mar 04.
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| MEDLINE | ID: mdl-33286070
20.
Metabolic and signalling network maps integration: application to cross-talk studies and omics data analysis in cancer.
BMC Bioinformatics
; 20(Suppl 4): 140, 2019 Apr 18.
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| MEDLINE | ID: mdl-30999838