Detalhe da pesquisa
1.
An inference model gives insights into innate immune adaptation and repertoire diversity.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 120(38): e2305859120, 2023 09 19.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37695895
2.
Correlated Allele Frequency Changes Reveal Clonal Structure and Selection in Temporal Genetic Data.
Mol Biol Evol
; 41(4)2024 Apr 02.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38507665
3.
Adenovirus-vectored vaccine containing multidimensionally conserved parts of the HIV proteome is immunogenic in rhesus macaques.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 118(5)2021 02 02.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33514660
4.
Inferring Epistasis from Genetic Time-series Data.
Mol Biol Evol
; 39(10)2022 10 07.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36130322
5.
Predominance of positive epistasis among drug resistance-associated mutations in HIV-1 protease.
PLoS Genet
; 16(10): e1009009, 2020 10.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33085662
6.
MPF-BML: a standalone GUI-based package for maximum entropy model inference.
Bioinformatics
; 36(7): 2278-2279, 2020 04 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31851308
7.
Fitness landscape of the human immunodeficiency virus envelope protein that is targeted by antibodies.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 115(4): E564-E573, 2018 01 23.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-29311326
8.
Characterization of Intact Proviruses in Blood and Lymph Node from HIV-Infected Individuals Undergoing Analytical Treatment Interruption.
J Virol
; 93(8)2019 04 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-30700598
9.
Paired quantitative and qualitative assessment of the replication-competent HIV-1 reservoir and comparison with integrated proviral DNA.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 113(49): E7908-E7916, 2016 12 06.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-27872306
10.
Scaling laws describe memories of host-pathogen riposte in the HIV population.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 112(7): 1965-70, 2015 Feb 17.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-25646424
11.
Rational design of vaccine targets and strategies for HIV: a crossroad of statistical physics, biology, and medicine.
Rep Prog Phys
; 80(3): 032601, 2017 03.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-28059778
12.
The fitness landscape of HIV-1 gag: advanced modeling approaches and validation of model predictions by in vitro testing.
PLoS Comput Biol
; 10(8): e1003776, 2014 Aug.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-25102049
13.
A binary trait model reveals the fitness effects of HIV-1 escape from T cell responses.
bioRxiv
; 2024 Mar 03.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38464239
14.
popDMS infers mutation effects from deep mutational scanning data.
bioRxiv
; 2024 Jan 31.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38352383
15.
The energy costs of insulators in biochemical networks.
Biophys J
; 104(6): 1380-90, 2013 Mar 19.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-23528097
16.
Estimating linkage disequilibrium and selection from allele frequency trajectories.
Genetics
; 223(3)2023 03 02.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36610715
17.
Bézier interpolation improves the inference of dynamical models from data.
Phys Rev E
; 107(2-1): 024116, 2023 Feb.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36932614
18.
Small RNA sequencing of field Culex mosquitoes identifies patterns of viral infection and the mosquito immune response.
Sci Rep
; 13(1): 10598, 2023 06 30.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37391513
19.
MPL resolves genetic linkage in fitness inference from complex evolutionary histories.
Nat Biotechnol
; 39(4): 472-479, 2021 04.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33257862
20.
Pathogenesis, Symptomatology, and Transmission of SARS-CoV-2 through Analysis of Viral Genomics and Structure.
mSystems
; 6(5): e0009521, 2021 10 26.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34698547