Detalhe da pesquisa
1.
Novel machine learning approaches revolutionize protein knowledge.
Trends Biochem Sci
; 48(4): 345-359, 2023 04.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36504138
2.
ProteomicsDB: toward a FAIR open-source resource for life-science research.
Nucleic Acids Res
; 50(D1): D1541-D1552, 2022 01 07.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34791421
3.
PredictProtein - Predicting Protein Structure and Function for 29 Years.
Nucleic Acids Res
; 49(W1): W535-W540, 2021 07 02.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33999203
4.
Embeddings from protein language models predict conservation and variant effects.
Hum Genet
; 141(10): 1629-1647, 2022 Oct.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34967936
5.
Clustering FunFams using sequence embeddings improves EC purity.
Bioinformatics
; 37(20): 3449-3455, 2021 Oct 25.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33978744
6.
SARS-CoV-2 structural coverage map reveals viral protein assembly, mimicry, and hijacking mechanisms.
Mol Syst Biol
; 17(9): e10079, 2021 09.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34519429
7.
Pathway Commons 2019 Update: integration, analysis and exploration of pathway data.
Nucleic Acids Res
; 48(D1): D489-D497, 2020 01 08.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31647099
8.
The EVcouplings Python framework for coevolutionary sequence analysis.
Bioinformatics
; 35(9): 1582-1584, 2019 05 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-30304492
9.
Modeling aspects of the language of life through transfer-learning protein sequences.
BMC Bioinformatics
; 20(1): 723, 2019 Dec 17.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31847804
10.
From sequence to function through structure: Deep learning for protein design.
Comput Struct Biotechnol J
; 21: 238-250, 2023.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36544476
11.
Structural Analysis of Genomic and Proteomic Signatures Reveal Dynamic Expression of Intrinsically Disordered Regions in Breast Cancer and Tissue.
bioRxiv
; 2023 Feb 24.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36865220
12.
LambdaPP: Fast and accessible protein-specific phenotype predictions.
Protein Sci
; 32(1): e4524, 2023 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36454227
13.
ProtTrans: Toward Understanding the Language of Life Through Self-Supervised Learning.
IEEE Trans Pattern Anal Mach Intell
; 44(10): 7112-7127, 2022 10.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34232869
14.
GenSLMs: Genome-scale language models reveal SARS-CoV-2 evolutionary dynamics.
bioRxiv
; 2022 Nov 23.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36451881
15.
A roadmap for the functional annotation of protein families: a community perspective.
Database (Oxford)
; 20222022 08 12.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-35961013
16.
Light attention predicts protein location from the language of life.
Bioinform Adv
; 1(1): vbab035, 2021.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36700108
17.
Protein matchmaking through representation learning.
Cell Syst
; 12(10): 948-950, 2021 10 20.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34672956
18.
Protein embeddings and deep learning predict binding residues for various ligand classes.
Sci Rep
; 11(1): 23916, 2021 12 13.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34903827
19.
Embeddings from deep learning transfer GO annotations beyond homology.
Sci Rep
; 11(1): 1160, 2021 01 13.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33441905
20.
Learned Embeddings from Deep Learning to Visualize and Predict Protein Sets.
Curr Protoc
; 1(5): e113, 2021 May.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33961736