Detalhe da pesquisa
1.
A single-cell time-lapse of mouse prenatal development from gastrula to birth.
Nature
; 626(8001): 1084-1093, 2024 Feb.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38355799
2.
A learned embedding for efficient joint analysis of millions of mass spectra.
Nat Methods
; 19(6): 675-678, 2022 06.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-35637305
3.
Target-decoy false discovery rate estimation using Crema.
Proteomics
; 24(8): e2300084, 2024 Apr.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38380501
4.
Reinvestigating the Correctness of Decoy-Based False Discovery Rate Control in Proteomics Tandem Mass Spectrometry.
J Proteome Res
; 2024 Apr 30.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38687997
5.
A High-Throughput PIXUL-Matrix-Based Toolbox to Profile Frozen and Formalin-Fixed Paraffin-Embedded Tissues Multiomes.
Lab Invest
; 104(1): 100282, 2024 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37924947
6.
Comprehensive characterization of tissue-specific chromatin accessibility in L2 Caenorhabditis elegans nematodes.
Genome Res
; 31(10): 1952-1969, 2021 10.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33888511
7.
MS1Connect: a mass spectrometry run similarity measure.
Bioinformatics
; 39(2)2023 02 03.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36702456
8.
LSMMD-MA: scaling multimodal data integration for single-cell genomics data analysis.
Bioinformatics
; 39(7)2023 07 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37421399
9.
Matrix prior for data transfer between single cell data types in latent Dirichlet allocation.
PLoS Comput Biol
; 19(5): e1011049, 2023 05.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37146053
10.
Efficient Indexing of Peptides for Database Search Using Tide.
J Proteome Res
; 22(2): 577-584, 2023 02 03.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36633229
11.
The Crux Toolkit for Analysis of Bottom-Up Tandem Mass Spectrometry Proteomics Data.
J Proteome Res
; 22(2): 561-569, 2023 02 03.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36598107
12.
Group-walk: a rigorous approach to group-wise false discovery rate analysis by target-decoy competition.
Bioinformatics
; 38(Suppl_2): ii82-ii88, 2022 09 16.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36124786
13.
Linking cells across single-cell modalities by synergistic matching of neighborhood structure.
Bioinformatics
; 38(Suppl_2): ii148-ii154, 2022 09 16.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36124797
14.
Competition-based control of the false discovery proportion.
Biometrics
; 79(4): 3472-3484, 2023 12.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36652258
15.
Reducing Peptide Sequence Bias in Quantitative Mass Spectrometry Data with Machine Learning.
J Proteome Res
; 21(7): 1771-1782, 2022 07 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-35696663
16.
Improving Peptide-Level Mass Spectrometry Analysis via Double Competition.
J Proteome Res
; 21(10): 2412-2420, 2022 Oct 07.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36166314
17.
Interpretation of the DOME Recommendations for Machine Learning in Proteomics and Metabolomics.
J Proteome Res
; 21(4): 1204-1207, 2022 04 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-35119864
18.
Prioritizing transcriptomic and epigenomic experiments using an optimization strategy that leverages imputed data.
Bioinformatics
; 37(4): 439-447, 2021 05 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-32966546
19.
HiCRep.py: fast comparison of Hi-C contact matrices in Python.
Bioinformatics
; 37(18): 2996-2997, 2021 09 29.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33576390
20.
DIAmeter: matching peptides to data-independent acquisition mass spectrometry data.
Bioinformatics
; 37(Suppl_1): i434-i442, 2021 07 12.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34252924