Detalhe da pesquisa
1.
Beyond isotropic repulsion: Classical anisotropic repulsion by inclusion of p orbitals.
J Chem Phys
; 160(17)2024 May 07.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38748037
2.
Accurate Host-Guest Binding Free Energies Using the AMOEBA Polarizable Force Field.
J Chem Inf Model
; 63(9): 2769-2782, 2023 05 08.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37075788
3.
A generalized Kirkwood implicit solvent for the polarizable AMOEBA protein model.
J Chem Phys
; 159(5)2023 Aug 07.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37526158
4.
A structural basis for lithium and substrate binding of an inositide phosphatase.
J Biol Chem
; 296: 100059, 2021.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33172890
5.
AMOEBA binding free energies for the SAMPL7 TrimerTrip host-guest challenge.
J Comput Aided Mol Des
; 35(1): 79-93, 2021 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33140208
6.
Classical Pauli repulsion: An anisotropic, atomic multipole model.
J Chem Phys
; 150(8): 084104, 2019 Feb 28.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-30823770
7.
Absolute binding free energies for the SAMPL6 cucurbit[8]uril host-guest challenge via the AMOEBA polarizable force field.
J Comput Aided Mol Des
; 32(10): 1087-1095, 2018 10.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-30324303
8.
A physically grounded damped dispersion model with particle mesh Ewald summation.
J Chem Phys
; 149(8): 084115, 2018 Aug 28.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-30193468
9.
Scalable improvement of SPME multipolar electrostatics in anisotropic polarizable molecular mechanics using a general short-range penetration correction up to quadrupoles.
J Comput Chem
; 37(5): 494-506, 2016 Feb 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-26814845
10.
Blind prediction of distribution in the SAMPL5 challenge with QM based protomer and pK a corrections.
J Comput Aided Mol Des
; 30(11): 1087-1100, 2016 11.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-27646286
11.
An optimized charge penetration model for use with the AMOEBA force field.
Phys Chem Chem Phys
; 19(1): 276-291, 2016 Dec 21.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-27901142
12.
Calculating binding free energies of host-guest systems using the AMOEBA polarizable force field.
Phys Chem Chem Phys
; 18(44): 30261-30269, 2016 Nov 09.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-27254477
13.
An empirical extrapolation scheme for efficient treatment of induced dipoles.
J Chem Phys
; 145(16): 164101, 2016 Oct 28.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-27802661
14.
Helix stability of oligoglycine, oligoalanine, and oligo-ß-alanine dodecamers reflected by hydrogen-bond persistence.
Proteins
; 82(11): 3043-61, 2014 Nov.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-25116421
15.
Constant-pH Simulations with the Polarizable Atomic Multipole AMOEBA Force Field.
J Chem Theory Comput
; 20(7): 2921-2933, 2024 Apr 09.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38507252
16.
A valence bond model for aqueous Cu(II) and Zn(II) ions in the AMOEBA polarizable force field.
J Comput Chem
; 34(9): 739-49, 2013 Apr 05.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-23212979
17.
Molecular dynamics of ß-hairpin models of epigenetic recognition motifs.
J Am Chem Soc
; 134(38): 15970-8, 2012 Sep 26.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-22934656
18.
Classical Exchange Polarization: An Anisotropic Variable Polarizability Model.
J Phys Chem B
; 126(39): 7579-7594, 2022 10 06.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36166814
19.
Computationally driven discovery of SARS-CoV-2 Mpro inhibitors: from design to experimental validation.
Chem Sci
; 13(13): 3674-3687, 2022 Mar 30.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-35432906
20.
Multipole electrostatics in hydration free energy calculations.
J Comput Chem
; 32(5): 967-77, 2011 Apr 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-20925089