Detalhe da pesquisa
1.
Novel machine learning approaches revolutionize protein knowledge.
Trends Biochem Sci
; 48(4): 345-359, 2023 04.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36504138
2.
Three-dimensional structures of membrane proteins from genomic sequencing.
Cell
; 149(7): 1607-21, 2012 Jun 22.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-22579045
3.
CATHe: detection of remote homologues for CATH superfamilies using embeddings from protein language models.
Bioinformatics
; 39(1)2023 01 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36648327
4.
ProteomicsDB: toward a FAIR open-source resource for life-science research.
Nucleic Acids Res
; 50(D1): D1541-D1552, 2022 01 07.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34791421
5.
Prevalent bee venom genes evolved before the aculeate stinger and eusociality.
BMC Biol
; 21(1): 229, 2023 10 23.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37867198
6.
Rendering protein mutation movies with MutAmore.
BMC Bioinformatics
; 24(1): 469, 2023 Dec 12.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38087198
7.
Mutations in transmembrane proteins: diseases, evolutionary insights, prediction and comparison with globular proteins.
Brief Bioinform
; 22(3)2021 05 20.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-32672331
8.
Engineering indel and substitution variants of diverse and ancient enzymes using Graphical Representation of Ancestral Sequence Predictions (GRASP).
PLoS Comput Biol
; 18(10): e1010633, 2022 10.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36279274
9.
PredictProtein - Predicting Protein Structure and Function for 29 Years.
Nucleic Acids Res
; 49(W1): W535-W540, 2021 07 02.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33999203
10.
TMbed: transmembrane proteins predicted through language model embeddings.
BMC Bioinformatics
; 23(1): 326, 2022 Aug 08.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-35941534
11.
Embeddings from protein language models predict conservation and variant effects.
Hum Genet
; 141(10): 1629-1647, 2022 Oct.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34967936
12.
Clustering FunFams using sequence embeddings improves EC purity.
Bioinformatics
; 37(20): 3449-3455, 2021 Oct 25.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33978744
13.
SARS-CoV-2 structural coverage map reveals viral protein assembly, mimicry, and hijacking mechanisms.
Mol Syst Biol
; 17(9): e10079, 2021 09.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34519429
14.
Spectrum of Protein Location in Proteomes Captures Evolutionary Relationship Between Species.
J Mol Evol
; 89(8): 544-553, 2021 10.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34328525
15.
funtrp: identifying protein positions for variation driven functional tuning.
Nucleic Acids Res
; 47(21): e142, 2019 12 02.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31584091
16.
Protein-protein and protein-nucleic acid binding residues important for common and rare sequence variants in human.
BMC Bioinformatics
; 21(1): 452, 2020 Oct 13.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33050876
17.
Variant effect predictions capture some aspects of deep mutational scanning experiments.
BMC Bioinformatics
; 21(1): 107, 2020 Mar 17.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-32183714
18.
Evolutionary model of protein secondary structure capable of revealing new biological relationships.
Proteins
; 88(9): 1251-1259, 2020 09.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-32394426
19.
NLSdb-major update for database of nuclear localization signals and nuclear export signals.
Nucleic Acids Res
; 46(D1): D503-D508, 2018 01 04.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-29106588
20.
Detailed prediction of protein sub-nuclear localization.
BMC Bioinformatics
; 20(1): 205, 2019 Apr 23.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31014229