Clinical Profiles at the Time of Diagnosis of SARS-CoV-2 Infection in Costa Rica During the Pre-vaccination Period Using a Machine Learning Approach.

The clinical manifestations of COVID-19, caused by the SARS-CoV-2, define a large spectrum of symptoms that are mainly dependent on the human host conditions. In Costa Rica, more than 169,000 cases and 2185 deaths were reported during the year 2020, the pre-vaccination period. To describe the clinical presentations at the time of diagnosis of SARS-CoV-2 infection in Costa Rica during the pre-vaccination period, we implemented a symptom-based clustering using machine learning to identify clusters or clinical profiles at the population level among 18,974 records of positive cases. Profiles were compared based on symptoms, risk factors, viral load, and genomic features of the SARS-CoV-2 sequence. A total of 18 symptoms at time of diagnosis of SARS-CoV-2 infection were reported with a frequency > 1%, and those were used to identify seven clinical profiles with a specific composition of clinical manifestations. In the comparison between clusters, a lower viral load was found for the asymptomatic group, while the risk factors and the SARS-CoV-2 genomic features were distributed among all the clusters. No other distribution patterns were found for age, sex, vital status, and hospitalization. In conclusion, during the pre-vaccination time in Costa Rica, the symptoms at the time of diagnosis of SARS-CoV-2 infection were described in clinical profiles. The host co-morbidities and the SARS-CoV-2 genotypes are not specific of a particular profile, rather they are present in all the groups, including asymptomatic cases. In addition, this information can be used for decision-making by the local healthcare institutions (first point of contact with health professionals, case definition, or infrastructure). In further analyses, these results will be compared against the profiles of cases during the vaccination period. Supplementary Information: The online version contains supplementary material available at 10.1007/s43657-022-00058-x.

Comportamiento epidemiológico de casos sospechosos por leptospirosis en cinco regiones de salud de Costa Rica / Epidemiological behavior of cases of suspected leptospirosis in five health regions of Costa Rica

Justificación y objetivos: la prevención y control de la leptospirosis depende del conocimiento de los factores de riesgo a las que se exponen las personas, factores que registra como parte del sistema nacional de vigilancia de este evento. Este estudio describe el comportamiento epidemiológico de los casos investigados como sospechosos por leptospirosis siguiendo el protocolo vigente en el país. Métodos: estudio transversal que describe el comportamiento epidemiológico de los casos investigados por leptospirosis mediante los datos de las fichas de investigación de caso del sistema de vigilancia de este evento. Los datos de laboratorio se obtuvieron del Centro Nacional de Referencia de Leptspirosis del INCIENSA. El periodo de estudio comprendió el a¤o 2004 a 2008 en las regiones Brunca, Central Este, Huetar Atlántica, Huetar Norte y Pacífico Central del Ministerio de Salud de Costa Rica. Resultados: se analizaron 498 fichas de investigación de caso. Las ocupaciones m s frecuente son las calificadas como "sin riesgo" (37,3 por ciento), estudiante (23,2 por ciento) y agrícolas (22,1 por ciento). Predomina la exposición a animales domésticos (67,6 por ciento) de los cuales 92 por ciento corresponden a perros. El 52,6 por ciento de los casos reporta presencia de roedores. Respectivamente, el 29,5 por ciento y el 28 por ciento presentaron contacto con pozas o piscinas y aguas estancadas; ambos con razón de prevalencia de 1,88 y 1,71 (p<0,05), respectivamente. Conclusión: la frecuencia de casos en grupos "sin riesgo" ocupacional indica que la ficha de investigación de caso debe ser restructurada, incorporando otras variables incluyendo las recreativas...

Evaluación de una prueba rápida para diagnóstico de dengue en el nivel local / Evaluation of a rapid dengue test at the local level

Justificación y objetivo: Analizar concordancia entre la prueba rápida Dengue Duo IgM & IgC de la casa comercial PanBio, aplicada en el nivel local de diferentes áreas del país y en el Centro Nacional de Referencia de Virología, CNRV, con resultados obtenidos por MAC-ELISA del CNRV. Métodos: Resultados de 828 determinaciones de IgM dengue por Dengue Duo IgM & IgG del nivel local y del CNRV se compararon por el índice kappa con los resultados del MAC-ELISA del CNRV. Para verificar el cumplimiento en procedimientos de la casa comercial, se realizó una visita de inspección a los laboratorios y se envió muestras incógnitas para evaluar el desempeño. Resultados: El índice kappa de la prueba rápida en el nivel local contra el MAC-ELISA fue 0,62, IC 95 por ciento 0,55-0,69, y la concordancia de los positivos del 75 por ciento, IC 95 por ciento 71-79. El índice kappa de la prueba rápida en el CNRV fue 0,81, IC 95 por ciento 0,88-1,74, y la concordancia de los positivos del 93 por ciento, IC 95 por ciento 90-95. El 100 por ciento de los laboratorios mostraron condiciones adecuadas para aplicar esta prueba; su personal fue capacitado, pero la atención de otros análisis dificultó la lectura en el tiempo establecido. La concordancia de las incógnitas fue del 100 por ciento. Conclusión: Se evidenció una diferencia significativa en el índice kappa y la concordancia de los positivos, al aplicar la prueba rápida en los laboratorios y en el CNRV, hallazgos que documentan que la descentralización de esta metodología requerirá un acompañamiento que identifique factores causales de discordancia para subsanarlos y promover la generación de resultados consistentes que orienten la toma de decisiones acertadas.