Os mecanismos fisiopatológicos da dor musculoesquelética e da artrite crônica após infecção pelo vírus da chikungunya são parcialmente conhecidos. Acredita-se que esses sintomas sejam decorrentes do escape precoce do vírus da chikungunya do interior dos monócitos e consequente realocação nos macrófagos sinoviais. Essa hipótese tem sido reforçada pela observação da persistência, por tempo prolongado, do vírus da chikungunya em tecidos musculares, articulares, hepático e linfoide.