[Usefulness of the Sensititre YeastOne® panel to detect Candida species resistant to antifungal drugs]. / Utilidad del panel Sensititre YeastOne® para detectar especies de Candida resistentes a los antifúngicos.

We evaluated the interlaboratory agreement, the essential agreement, and the categorical agreement between the Sensititre YeastOneTM panel and the reference methods M27 4th Edition of the Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI), and the EDef 7.3.1 of the European Committee on Antifungal Susceptibility Testing (EUCAST). We studied 67 Candida strains isolated from different clinical samples and 9 Candida strains with resistance to fluconazole and echinocandins. The highest percentage of interlaboratory agreement was observed with amphotericin B (96.8%), and the lowest percentage with voriconazole (77.2%). Caspofungin showed 5.8% of very major errors when compared with the CLSI reference method. For EUCAST, itraconazole, posaconazole, and anidulafungin showed high percentages of major errors: 17.6%, 18.1%, and 19.6%, respectively. Sensititre YeastOneTM is a reliable alternative, and easy to perform for detecting Candida species resistant to antifungal drugs, with some limitations for echinocandins. Results are comparable to those of the reference methods.

[Identification of Candida yeasts: Conventional methods and MALDI-TOF MS]. / Identificación de levaduras del género Candida: los métodos convencionales frente a MALDI-TOF MS.

BACKGROUND: Invasive fungal infections are increasing, and Candida yeasts are the main cause. Species other than Candida albicans are becoming more frequent, and some of them may have variable patterns of susceptibility to antifungal agents, making it important to identify them correctly. Conventional identification methods used by most laboratories may present with drawbacks. Mass spectrometry (MALDI-TOF MS) has emerged as an alternative method. AIMS: The aim of this study was to evaluate the concordance of the identification, at species level, by conventional methods (API) and MALDI-TOF MS. METHODS: The following species and number of isolates were studied: Candida parapsilosis (28), Candida glabrata (34), Candida krusei (24), Candida tropicalis (45), Candida guilliermondii (30), C. albicans (28), Candida dubliniensis (6), Candida kefyr (1), and Candida lipolytica (1) from the strain collection of Autonomous City of Buenos Aires Mycology Network (RMCABA). The strains C. parapsilosis 22019, C. glabrata 90030, C. krusei 6258 and C. albicans 68548 from the American Type Culture Collection (ATCC) were also included. Discrepancies were resolved by genotyping. RESULTS AND CONCLUSIONS: The direct concordance between the conventional identification method and MALDI-TOF MS was 92.5% (186/201).

Identificación de levaduras del género Candida: los métodos convencionales frente a MALDI-TOF MS / Identification of Candida yeasts: Conventional methods and MALDI-TOF MS

Antecedentes: Las infecciones fúngicas invasivas han ido aumentando y las levaduras del género Candida son la principal causa de las mismas. Las especies distintas de Candida albicans son cada vez más frecuentes y algunas pueden presentar patrones variables de sensibilidad a los antimicóticos, por lo que es importante la correcta identificación de la especie. Los métodos de identificación convencionales con los que cuentan la mayoría de los laboratorios pueden presentar inconvenientes. La espectrometría de masas (MALDI-TOF MS) surgió como una alternativa a los mismos. Objetivos: Evaluar la concordancia de los resultados de identificación de diferentes especies de Candida mediante dostécnicas: una convencional (galerías API) y MALDI-TOF MS. Métodos: Se analizaron las siguientes especies y número de aislamientos: Candida parapsilosis (28), Candida glabrata (34), Candida krusei (24), Candida tropicalis (45), Candida guilliermondii (30), C. albicans (28), Candida dubliniensis (6), Candida kefyr (1) y Candida lipolytica (1) del cepario de RMCABA; también se utilizaron las cepas C. parapsilosis 22019, C. glabrata 90030, C. krusei 6258 y C. albicans 68548, pertenecientes a la American Type Culture Collection (ATCC). Las discrepancias en la identificación se resolvieron mediante genotipificación. Resultados y conclusiones: La concordancia directa entre la identificación convencional y MALDI-TOF MS fue del 92,5% (186/201)

Background: Invasive fungal infections are increasing, and Candida yeasts are the main cause. Species other than Candida albicans are becoming more frequent, and some of them may have variable patterns of susceptibility to antifungal agents, making it important to identify them correctly. Conventional identification methods used by most laboratories may present with drawbacks. Mass spectrometry (MALDI-TOF MS) has emerged as an alternative method. Aims: The aim of this study was to evaluate the concordance of the identification, at species level, by conventional methods (API) and MALDI-TOF MS. Methods: The following species and number of isolates were studied: Candida parapsilosis (28), Candida glabrata (34), Candida krusei (24), Candida tropicalis (45), Candida guilliermondii (30), C. albicans (28), Candida dubliniensis (6), Candida kefyr (1), and Candida lipolytica (1) from the strain collection of Autonomous City of Buenos Aires Mycology Network (RMCABA). The strains C. parapsilosis 22019, C. glabrata 90030, C. krusei 6258 and C. albicans 68548 from the American Type Culture Collection (ATCC) were also included. Discrepancies were resolved by genotyping. Results and conclusions: The direct concordance between the conventional identification method and MALDI-TOF MS was 92.5% (186/201)

Comparison of the identification results of Candida species obtained by BD PhoenixT and Maldi-TOF (Bruker Microflex LT Biotyper 3.1) / Comparación de los resultados de identificación de especies del género Candida obtenidos por BD PhoenixT y Maldi-TOF (Bruker Microflex LT Biotyper 3.1)

In patients with invasive fungal infections, the accurate and rapid identification of the genus Candida is of utmost importance since antimycotic sensitivity is closely related to the species. The aim of the present study was to compare the identification results of species of the genus Candida obtained by BD PhoenixT (Becton Dickinson -#91;BD-#93;) and Maldi-TOF MS (Bruker Microflex LT Biotyper 3.1). A total of 192 isolates from the strain collection belonging to the Mycology Network of the Autonomous City of Buenos Aires, Argentina, were analyzed. The observed concordance was 95%. Only 10 strains (5%) were not correctly identified by the BD PhoenixT system. The average identification time with the Yeast ID panels was 8h 22 min. The BD PhoenixT system proved to be a simple, reliable and effective method for identifying the main species of the genus Candida.

En pacientes con infecciones fúngicas invasoras, la identificación certera y rápida de las especies del género Candida es de suma importancia, ya que la sensibilidad a los antifúngicos está íntimamente relacionada con la especie. El objetivo del presente estudio fue comparar los resultados de identificación de especies del género Candida obtenidos con el equipo comercial BD PhoenixT (Becton Dickinson -#91;BD-#93;) y con la técnica de Maldi-TOF MS (Bruker Microflex LT Biotyper 3.1.) Se analizaron 192 aislamientos provenientes del cepario perteneciente a la Red deMicología de la Ciudad Autónoma de Buenos Aires, Argentina. La concordancia observada fue del 95%. Solo 10 cepas (5%) no fueron identificadas correctamente por el sistema BD PhoenixT. El tiempo promedio de identificación con los paneles Yeast ID fue de 8 h 22 min. El sistema BD PhoenixT demostró ser un método simple, confiable y efectivo para la identificación de las principales especies del género Candida.

[Fungemia in hospitals of the city of Buenos Aires, Argentina]. / Fungemias en hospitales de la Ciudad de Buenos Aires, Argentina.

BACKGROUND: The incidence of fungi like pathogens in hospitals varies by regions. OBJECTIVES: Our goal was not only to record the incidence and etiology of fungaemia, but also the change during the 4 years analysed, to determine the time of detection in automated blood culture and by lysis-centrifugation, and finally to assess the gender, age and underlying disease of the patients with fungaemia. METHODS: An observational multicentre study of fungaemia was conducted in hospitals in the Mycology Network of Buenos Aires. RESULTS: A total of 190,920 blood cultures were processed: 182,050 automated blood culture and 8,870 lysis-centrifugation. Fungi were recovered in 1,020 episodes. The overall incidence of fungaemia was 1.72/1,000 admissions; 683 episodes were due to Candida (68%), and 325 (32%) to other fungi: 214 Cryptococcus, 105 Histoplasma, 7 Rhodotorula, 5 Trichosporon, 2 Pichia, 2 Acremonium, one Saccharomyces and one Fusarium. The incidence of candidaemia was 1.15/1,000 admissions with a wide variation between centres (0.35 to 2.65). Most Candida isolates (97%) were detected in the first 2 days of incubation. Candida albicans was recovered in 43% of the episodes. In fungaemia other than candidaemia, the predominant fungi were Cryptococcus and Histoplasma capsulatum. CONCLUSIONS: The incidence remained stable during the study period. Fungaemia by Candida were predominant. C. albicans was involved in less than a half of the episodes. The recovery of Cryptoccocus and H. capsulatum is strongly associated with HIV patients.

Sensiblidad antimicrobiana de bacilos gramnegativos de infecciones intraabdominales de la comunidad en un hospital de la ciudad de Buenos Aires, Argentina / Antimicrobial susceptibility of Gram-negative bacilli of community acquired intra-abdominal infections in a hospital at Buenos Aires, Argentina

Introducción. Las infecciones intraabdominales complicadas (IIAC) adquiridas en la comunidad son una patología muy prevalente.Existen pocos datos disponibles en Argentina del nivel de resistencia antimicrobiana de bacilos gramnegativos aislados de IIAs adquiridas en la comunidad. Métodos. Estudio retrospectivo-prospectivo y observacional (marzo 2010 a febrero 2012). Se evaluó la sensiblidad antimicrobiana de bacilos gramnegativos aislados de IIAC de pacientes provenientes de la comunidad. Resultados. Se incluyeron 85 pacientes, de los cuales se aislaron 138 patógenos. Sexo masculino: 58%. Mediana de edad: 33. Se obtuvo aislamiento monomicrobiano en un 49% de los casos. Del total de aislamientos, se aislaron 90 (65%) bacilos gramnegativos y 48 (38%) cocos grampositivos. Las especies de bacilos gramnegativos más frecuentemente observadas fueron: Escherichia coli 76%, Klebsiella pneumoniae 8%, Pseudomona aeruginosa 7% y Enterobacter spp. 6%. E. coli y K. pneumoniae mostraron un elevado porcentaje de cepas resistentes a ciprofloxacino, 37% y 29%, respectivamente. Del mismo modo, la resistencia a ampicilina/sulbactam fue de 16% para E. coli. La frecuencia de bacilos gramnegativos multirresistentes fue de 38%. Conclusiones. Se observó un elevado nivel de resistencia a antimicrobianos en bacilos gramnegativos de IIAC de pacientes provenientes de la comunidad, principalmente a ciprofloxacino y ampicilina/sulbactam. Además se identificó una considerable proporción de bacilos gramnegativos multirresistentes (AU)

Introduction. Community acquired complicated intra-abdominal infections (cIAI) are a common condition. Few data are available about the level of antimicrobial resistance of Gram-negative bacteria isolated from community acquired cIAIs in Argentina. Methods. Retrospective-prospective observational study (March 2010 to February 2012). Gram-negative bacteria antimicrobial susceptibility of isolates from community acquired cIAIs were evaluated. Results. During this period, a total of 85 patients were included and 138 pathogens were collected. Male sex: 58%. Median age: 33. Monomicrobial cultures were obtained in 49% of the cases. Ninety (65%) corresponded to Gram-negative organisms, and 48 (38%) to Gram-positive cocci. Gram-negative organisms most frequently observed were: Escherichia coli 76%, Klebsiella pneumoniae 8%, Pseudomonas aeruginosa 7% and Enterobacter spp. 6%. E. coli and K. pneumoniae showed a high percentage of strains resistance to ciprofloxacin of 37% and 29%, respectively. Similarly, resistance to ampicillin/sulbactam was observed in a 16% of the E. coli isolates. The prevalence of multiresistant Gram-negative organisms was 38%. Conclusions. A high level of resistance to antimicrobials was observed in community acquired cIAIs, mainly to ciprofloxacin and ampicillin/sulbactam two of the most used antimicrobial for empirically treatment of cIAIs in our country. In addition a significant proportion of multiresistant Gram-negative organisms were identified (AU)

Fungemias en hospitales de la Ciudad de Buenos Aires, Argentina / Fungemia in hospitals of the City of Buenos Aires, Argentina

Antecedentes. La incidencia de las especies fúngicas como patógenos hospitalarios varía según las regiones. Objetivos. Registrar la incidencia y etiología de las fungemias en hospitales de la ciudad de Buenos Aires entre enero de 2005 y diciembre de 2008, conocer sus modificaciones en los 4 años, el tiempo de detección en hemocultivos automatizados y por lisis centrifugación, y su relación con sexo, edad y enfermedad de base. Métodos. Estudio multicéntrico observacional de fungemias en 16 hospitales de la Red de Micología de la ciudad de Buenos Aires. Resultados. Se procesaron 190.920 hemocultivos: 182.050 automatizados y 8.870 por lisis-centrifugación. En 1.020 se recuperaron elementos micóticos. La incidencia global de fungemias fue 1,72 por 1.000 ingresos. Los episodios correspondieron a 683 candidemias (68%), y los restantes 325 (32%) fueron: 214 aislamientos de Cryptococcus, 105 de Histoplasma, 7 de Rhodotorula, 5 de Trichosporon, 2 de Pichia, 2 de Acremonium, uno de Saccharomyces y uno de Fusarium. La incidencia de candidemias fue de 1,15/1.000 ingresos con amplia variación entre centros (0,35 a 2,65). El 97% de las levaduras se detectaron en los primeros 2 días de incubación. Candida albicans se recuperó en el 43% de los episodios. En fungemias diferentes a candidemias, predominaron las causadas por Cryptococcus e Histoplasma capsulatum. Conclusiones. La incidencia se mantuvo estable en el período estudiado. Predominaron las fungemias por Candida. C. albicans estuvo implicada en menos de la mitad de los episodios. La recuperación de Cryptococcus e H. capsulatum estuvo fuertemente asociada a pacientes VIH reactivos(AU)

Background. The incidence of fungi like pathogens in hospitals varies by regions. Objectives. Our goal was not only to record the incidence and etiology of fungaemia, but also the change during the 4 years analysed, to determine the time of detection in automated blood culture and by lysis-centrifugation, and finally to assess the gender, age and underlying disease of the patients with fungaemia. Methods. An observational multicentre study of fungaemia was conducted in hospitals in the Mycology Network of Buenos Aires. Results. A total of 190,920 blood cultures were processed: 182,050 automated blood culture and 8,870 lysis-centrifugation. Fungi were recovered in 1,020 episodes. The overall incidence of fungaemia was 1.72/1,000 admissions; 683 episodes were due to Candida (68%), and 325 (32%) to other fungi: 214 Cryptococcus, 105 Histoplasma, 7 Rhodotorula, 5 Trichosporon, 2 Pichia, 2 Acremonium, one Saccharomyces and one Fusarium. The incidence of candidaemia was 1.15/1,000 admissions with a wide variation between centres (0.35 to 2.65). Most Candida isolates (97%) were detected in the first 2 days of incubation. Candida albicans was recovered in 43% of the episodes. In fungaemia other than candidaemia, the predominant fungi were Cryptococcus and Histoplasma capsulatum. Conclusions. The incidence remained stable during the study period. Fungaemia by Candida were predominant. C. albicans was involved in less than a half of the episodes. The recovery of Cryptoccocus and H. capsulatum is strongly associated with HIV patients(AU)

Los manguitos del esfigmomanómetro son reservorio de bacterias potencialmente patógenas / Sphygmomanometer´s pressure cuffs are potentially pathogenical bacterial reservoirs

Este estudio se diseño para evaluar si los manguitos para la medición de la presión arterial pueden ser un reservorio de bacterias con potencial patogenicidad. Material y métodos: En condiciones asépticas, se obtuvo la cobertura de tela de 11 manguitos (seleccionados aleatoriamente) provenientes de consultorios externos o salas de internación de un hospital público. Resultados: El cultivo de los manguitos mostró en todos los casos desarrollo bacteriano, que abarcó 27 aislamientos: 12 Staphylococcus coagulasa negativo (4 de ellos meticilinorresistentes), 6 Staphylococcus aureus (2 meticilinorresistentes), 3 Acinetobacter spp (1 multirresistente), 1 Corynebacterium spp, 1 Streptococcus viridans, 1 Micrococcus spp, y 3 bacilos gramnegativos no fermentadores (diferentes de Pseudomonas aeruginosa y Acinetobacter spp). Conclusiones: Los manguitos de los esfigmomanómetros constituyen un reservorio de bacterias potencialmente patógenas.

An evaluation of the pooling culture method for the detection of Escherichia coli enterotoxins

Se estudió la eficiencia de la metodología de inoculación en "pool" de cepas que integran casos de diarrea aguda infantil, para la detección de escherichia coli enteroxigénico (ECET). Se procesaron 6989 cepas de E. coli correspondientes a 1485 casos de diarrea provenientes de 7 centros asistenciales del país. Las cepas de cada caso (3 a 5) se sembraron en "pool". Los cultivos se realizaron en medio de Evans con lincomicina (30 microng/ml) a 37-C durante 18 h con agitación y luego se trataron con sulfato de polimixina B (2200U/ml) por 30 min. Los cultivos se centrifugaron y los sobrenadantes se emplearon para la detección de la enterotoxina lábial al calor (LT) por GMI-ELISA con antisuero a toxina de cólera y la estable al calor (ST) por la prueba del ratón lactante. En aquellos casos que fueron positivos par LT, ST o LT-ST, por la metodología de "pool", se analizaron sus cepas individualmente, como así también en 1 de cada 15 caos negativod para detectar falsos negativos. Se hallaron 57 casos ECET-LT, 61 casos ECET-ST y 15 casos ECET-LT-ST. De los 89 casos negativos seleccionados al azar detectaron 2 casos (pl = 2.25%, intervalo de confianza del 95% entre 0,27% - 7,88) en los cuales una de las cepas no enterotoxigénicas inhibía a la ECET. En otros 5 casos (p2 = 5,62%, intervalo de confianza del 95% entre 1,85% - 12,63%), el falso resultado negativo se debió a la falla en la inoculación del "pool", pues el mismso resultó positivo al repetirse. A partir de los resultados obtenidos que el método de iniculación en "pool" es adecuado cuando se debe analizar un número elevado de casos de diarrea aguda y disponer de un diagnóstico en el menor tiempo posible, con la recomendación de realizar una siembra cuidadosa de las cepas que integran el caso tratando que el inóculo de cada una de ellas sea similar

Producción de enterotoxina termolábil por cepas de Escherichia coli aisladas en Argentina / Production of heat-labile enterotoxin by Escherichia coli strains isolated in Argentina

Se estudió la producción de enterotoxina termolábil (LT) por cepas de Escherichia coli. Se emplearon 4 cepas aisladas de casos de diarrea aguda infantil en nuestro país y una de referencia internacional que sintetizan distintos niveles de LT. Como método de valoración se empleó el GM1-ELISA. Se ensayaron dos medios de cultivo: Evans (Ev) y caldo tripticasa de soja (CTS) con diferentes concentraciones de lincomicina (0; 30; 45 y 90 microng/ml), con y sin glucosa. Se determinó la influencia del pH y de la concentración del inóculo. Los valores medios de producción (X = 233,1 ng/ml para Ev y X = 133,8 ng/ml para CTS) demuestran que Ev permite la síntesis de niveles de LT aunque esa diferencia no resultó significativa (P = 0,22). El agregado de lincomicina estimuló la síntesis y la liberación de la toxina en ambos medios de cultivo y el efecto aumentó al incrementarse la concentración del antibiótico (P < 0,01). El agregado de glucosa aumentó los niveles de LT en el caso de las cepas productoras de bajas concentraciones de toxina (R49045(2) y C28(b). También aumentó la velocidad de crecimiento, el rendimiento celular y los niveles de LT tanto en la cepa 40T como en la CC2e. Los niveles de LT liberados no variaron con las distintas concentraciones del inóculo inicial. Los niveles de LT disminuyeron a la mitad en CTS con pH no regulado respecto al CTS con pH no regulado. Esto no se debió a una acción sobre la liberación de la toxina, pues la LT detectada correspondió tanto a la extracelular como a la intracelular acumulada en el espacio periplásmico y liberada con el tratamiento con Sulfato de Polimixina B. Se demostró una inactivación de la toxina ya sintetizada y liberada por acción del pH

Relationship between enterotoxigenic Escherichia coli and diarrhea among children in Buenos Aires

La diarrea aguda infecciosa es el problema de salud más importante en los países en desarrollo. Diversos estudios en Latinoamérica han demonstrado que Escherichia coli enterotoxigénica (ETEC) y rotavirus son los patógenos más frecuentemente asociados con la diarrea infantil. Para causar la diarrea, ETC coloniza, se multiplica en el intestino delgado y produce la enterotoxina lábil (LT) y/o la estable (ST) al calor. La colonización está mediada por estructuras fimbriales de superficie llamadas factores de colonización (CFAs). Tres CFAs han sido descriptos y bien caracterizados: CFA/I, CFA/II y CFA/IV. Las cepas de ETEC aisladas de pacientes con diarrea pertenecen a un número reducido de serotipos y se ha sugerido que existe una relación entre el patrón de fermentación de azúcares y el serotipo. En este trabajo se estudió la incidencia de ETEC en 85 niñoscon diarrea aguda internados en el Hospital de Niños "Pedro de Elizalde" de Buenos Aires y en 38 niños sanos. La edad en ambos grupos, estuvo comprendida entre 0 y 4 años y ninguno de los niños recibió antibioticoterapia en los 7 días previos a la toma de muestra. Se aislaron cepas de ETEC en 9 de los 85(10,6%) niños con diarrea. De estos casos positivos, 6 estuvieron asociados con ETEC productores de ST, 1 con LT y 2 con ambas (LT/ST). Dentro del grupo control sólo en 1 caso (2,6%) se detectó ETEC-LT. En 5 de los 9 casos de diarrea asociados a ETEC (55,5%), se asislaron cepas que expresaron algunos de los CFAs investigados: 4 fueron CFA/I y 1 CFA/II. En 23 cepas de E. coli, aisladas de los 10 niños ETEC positivos, se estudiaron los factores de colonización, el biotipo, serotipo y antibiotipo en relación al perfil toxigénico que presentaban. De 12 cepas productoras sólo de ST, 5 (41,7%) expresaron CFA y 2 (16,7%) CFA/II (CS2 + CS3)...