[Molecular identification of Aspergillus fumigatus isolated from patients with invasive aspergillosis]. / Identificación molecular de Aspergillus fumigatus aislados de pacientes con aspergilosis invasiva.

The objective of the study was to identify molecularly-isolated strains of Aspergillus from patients with invasive aspergillosis (IA); these strains were primarily typed as Aspergillus fumigatus sensu lato by conventional phenotypic methods. We worked with 20 strains from the mycology section of the Institute of Tropical Medicine "Daniel A. Carrión." To obtain the fungal DNA, thermal shock, enzymatic treatment, and silica gel column techniques were used; and it was stored at -20°C to preserve it. The real-time polymerase chain reaction (qPCR) procedure included fluorochrome-labeled primers, which amplified the specific sequences of A. fumigatus. Fluorescence was measured with the thermocycler at the end of the hybridization phase of each cycle. It was molecularly-identified that only 50% of the strains studied belong to the species Aspergillus fumigatus sensu stricto.

El objetivo del estudio fue identificar molecularmente cepas de aspergillus aislados de pacientes con aspergilosis invasiva (AI), que fueron tipificadas primariamente como Aspergillus fumigatus sensu lato por métodos fenotípicos convencionales. Se trabajó con 20 cepas de la micoteca de la sección de micología del Instituto de Medicina Tropical "Daniel A. Carrión". Para obtener el ADN fúngico se emplearon las técnicas de choque térmico, tratamiento enzimático y columnas de silica-gel; y se almacenó a -20 0C para conservarlo. En el procedimiento de la reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (qPCR) se incluyeron primers marcados con fluorocromo, los cuales amplificaron las secuencias específicas de A. fumigatus. La fluorescencia se midió con el termociclador al final de la fase de hibridación de cada ciclo. Se identificó molecularmente que sólo el 50% de las cepas estudiadas pertenecen a la especie Aspergillus fumigatus sensu stricto.

Detección de indicadores de transgenicidad y de soya transgénica en alimentos industrializados expendidos en Lima Metropolitana / Detection of indicators of transgenicity and transgenic soybean in industrialized foods sold in Metropolitan Lima

RESUMEN Introducción. El consumo de alimentos industrializados que contienen organismos genéticamente modificados (OGM) se ha incrementado notablemente. Desde su inicio ha generado crecientes controversias debido a que se considera de riesgo para la salud. En Perú se carece de información científica sobre los OGM en alimentos industrializados. Objetivo. Detectar y cuantificar molecularmente los indicadores de transgenicidad P35S y TNOS, y la soya transgénica Roundup Ready en alimentos industrializados de soya; y verificar su mención en la etiqueta. Métodos. Analizamos 30 muestras, para extraer el ADN utilizamos los kits Dneasy Mericon Food y Dneasy Power Soil. Para la detección y cuantificación de las secuencias transgénicas usamos la técnica PCR en tiempo real con los kits Mericon. Resultados. Detectamos transgenicidad en el 100% de las muestras y soya Roundup Ready en el 66,7%. El número de copias/mL o g de muestra osciló entre 1,21E+0 y 8,88E+7. En el etiquetado del 93,3% de las muestras no hubo referencia a componentes transgénicos. Conclusión. Los hallazgos evidencian la urgente necesidad de que la legislación vigente se actualice de acuerdo con los conocimientos científicos y el desarrollo socioeconómico del país, protegiendo la salud y el derecho a la información de la población.

ABSTRACT Introduction. The consumption of industrialized foods that contain genetically modified organisms (GMOs) has increased significantly. Since its inception, it has generated growing controversies because it is considered a health risk. In Peru there is a lack of scientific information on GMOs in industrialized foods. Objetive. Molecularly detect and quantify transgenicity indicators P35S and TNOS, and of Roundup Ready transgenic soybeans in industrialized soy foods and verify their mention on the label. Methods. 30 samples were analyzed; To extract the DNA, the Dneasy Mericon Food and Dneasy Power Soil Kits were used, and for the detection and quantification of the transgenic sequences, the real-time PCR technique with the Mericon kits. In addition, the labeling was reviewed. Results. Transgenicity was detected in 100% of the samples and Soy RR in 66,67%; The number of copies/mL or g of sample ranged between 1,21E+0 and 8,88E+7 and in the labeling of 93,3% of the samples there was no reference to transgenic components. Conclusion. The findings show the urgent need for current legislation to be updated in accordance with the scientific knowledge and the socioeconomic development of the country, protecting health and the right to population information.

Determinación de transgenicidad y verificación en el etiquetado de alimentos industrializados de maíz en centros de expendio de Lima metropolitana

Introducción. El consumo de alimentos transgénicos constituye un riesgo potencial para la salud. Sin embargo, en el Perú se carece de información actualizada y confiable sobre la presencia de transgénicos en los alimentos y sobre los datos pertinentes en su etiquetado; de igual manera sobre los alimentos que consumen los animales de abasto, cuyos productos van a ser ingeridos por el humano. Objetivo. Determinar la transgenicidad, mediante la detección del promotor 35S, en productos alimenticios industrializados de maíz para consumo humano y animal, que se comercializan en Lima y verificar sí en el etiquetado se menciona si contiene o no secuencias transgénicas. Métodos. Se analizaron 30 muestras de alimentos para consumo humano y 10 para consumo de animales de abasto; y se revisó el etiquetado. Para la extracción del ADN se utilizó el kit Dneasy Mericon Food, para la detección del P35S el método Real Time-PCR empleando el kit Mericon Screen 35S y para determinar la concentración de copias el kit Mericon Quant Mon 810. Resultados. Se detectó el P35S en el 66,66% de las muestras para consumo humano, y en el 90,00% de las muestras para consumo animal. En el etiquetado del 100% de las muestras para consumo humano y animal no se menciona si contiene o no componentes transgénicos. Conclusiones. La detección de contenido transgénico en la mayoría de los alimentos industrializados de maíz para humanos y animales evidencian la necesidad de su mención en el etiquetado y de la implementación de una política exigente en bioseguridad alimentaria.

Introduction. Consumption of transgenic foods constitutes a potential health risk. However, in Peru there is a lack of updated and reliable information on the presence of transgenics in food and on the relevant data on their labeling; in the same way about the food consumed by animals for supply, whose products are going to be ingested by humans. Objetive. To determine the transgenicity, through the detection of the 35S promoter, in industrialized corn food products for human and animal consumption, which are marketed in Lima and to verify if the labeling mentions whether or not it contains transgenic sequences. Methods. 30 food samples for human consumption and 10 for consumption by animals for production were analyzed; and the labeling was revised. The Dneasy Mericon Food kit was used for DNA extraction, the Real Time-PCR method for P35S detection using the Mericon Screen 35S kit, and the Mericon Quant Mon 810 kit to determine the copy concentration. Results. P35S was detected in 66,66% of the samples for human consumption, and in 90.00% of the samples for animal consumption. The labeling of 100% of the samples for human and animal consumption does not mention whether or not it contains transgenic components. Conclusions. The detection of transgenic content in the majority of industrialized corn foods for humans and animals demonstrates the need to mention them on the label and the implementation of a demanding policy on food biosafety.

Molecular characterization and antifungal susceptibility of Cryptococcus neoformans strains collected from a single institution in Lima, Peru.

BACKGROUND: Cryptococcosis is a fungal infection with a worldwide distribution, mainly caused by Cryptococcus neoformans and Cryptococcus gattii. AIMS: To molecularly characterize the mating-types, serotypes, genotypes and antifungal susceptibility profiles of a set of retrospectively isolated C. neoformans strains from Lima, Peru. METHODS: A set of 32 Cryptococcus spp. strains from the Institute of Tropical Medicine of the National University of San Marcos, Lima, Peru, were included in this retrospective study. Twenty-four strains were isolated from patients, while the remaining 8 were isolated from the environment. RESULTS: Using conventional PCR, 27 (84.4%) of the isolates were identified as C. neoformans var. grubii mating-type alpha and serotype A. Using the AFLP fingerprinting, it was shown that 16 (50%) of the C. neoformans strains were genotype AFLP1, 13 (40.6%) were genotype AFLP1B, 2 (6.3%) were genotype AFLP2, and 1 (3.1%) was found to be a hybrid between both C. neoformans varieties (genotype AFLP3). The antifungal susceptibility profiles for amphotericin B, fluconazole and voriconazole showed that all the 32 C. neoformans are sensitive to these antifungal compounds. CONCLUSIONS: In this study we observed that C. neoformans var. grubii (AFLP1 and AFLP1B) and C. neoformans var. neoformans (AFLP2) were the only cryptococcal varieties involved. All strains were found to be sensitive to the antifungals tested, results that are consistent with those found in the international literature.

Identificación molecular de Aspergillus fumigatus aislados de pacientes con aspergilosis invasiva / Molecular identification of Aspergillus fumigatus isolated from patients with invasive aspergillosis

RESUMEN El objetivo del estudio fue identificar molecularmente cepas de aspergillus aislados de pacientes con aspergilosis invasiva (AI), que fueron tipificadas primariamente como Aspergillus fumigatus sensu lato por métodos fenotípicos convencionales. Se trabajó con 20 cepas de la micoteca de la sección de micología del Instituto de Medicina Tropical "Daniel A. Carrión". Para obtener el ADN fúngico se emplearon las técnicas de choque térmico, tratamiento enzimático y columnas de silica-gel; y se almacenó a -20 0C para conservarlo. En el procedimiento de la reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (qPCR) se incluyeron primers marcados con fluorocromo, los cuales amplificaron las secuencias específicas de A. fumigatus. La fluorescencia se midió con el termociclador al final de la fase de hibridación de cada ciclo. Se identificó molecularmente que sólo el 50% de las cepas estudiadas pertenecen a la especie Aspergillus fumigatus sensu stricto.

ABSTRACT The objective of the study was to identify molecularly-isolated strains of Aspergillus from patients with invasive aspergillosis (IA); these strains were primarily typed as Aspergillus fumigatus sensu lato by conventional phenotypic methods. We worked with 20 strains from the mycology section of the Institute of Tropical Medicine "Daniel A. Carrión." To obtain the fungal DNA, thermal shock, enzymatic treatment, and silica gel column techniques were used; and it was stored at -20°C to preserve it. The real-time polymerase chain reaction (qPCR) procedure included fluorochrome-labeled primers, which amplified the specific sequences of A. fumigatus. Fluorescence was measured with the thermocycler at the end of the hybridization phase of each cycle. It was molecularly-identified that only 50% of the strains studied belong to the species Aspergillus fumigatus sensu stricto.

Molecular characterization and antifungal susceptibility of Cryptococcus neoformans strains collected from a single institution in Lima, Peru / Caracterización molecular y sensibilidad antifúngica de cepas de Cryptococcus neoformans provenientes de una institución de Lima, Perú

Background: Cryptococcosis is a fungal infection with a worldwide distribution, mainly caused by Cryptococcus neoformans and Cryptococcus gattii. Aims: To molecularly characterize the mating-types, serotypes, genotypes and antifungal susceptibility profiles of a set of retrospectively isolated C. neoformans strains from Lima, Peru. Methods: A set of 32 Cryptococcus spp. strains from the Institute of Tropical Medicine of the National University of San Marcos, Lima, Peru, were included in this retrospective study. Twenty-four strains were isolated from patients, while the remaining 8 were isolated from the environment. Results: Using conventional PCR, 27 (84.4%) of the isolates were identified as C. neoformans var. grubii mating-type alpha and serotype A. Using the AFLP fingerprinting, it was shown that 16 (50%) of the C. neoformans strains were genotype AFLP1, 13 (40.6%) were genotype AFLP1B, 2 (6.3%) were genotype AFLP2, and 1 (3.1%) was found to be a hybrid between both C. neoformans varieties (genotype AFLP3). The antifungal susceptibility profiles for amphotericin B, fluconazole and voriconazole showed that all the 32 C. neoformans are sensitive to these antifungal compounds. Conclusions: In this study we observed that C. neoformans var. grubii (AFLP1 and AFLP1B) and C. neoformans var.neoformans (AFLP2) were the only cryptococcal varieties involved. All strains were found to be sensitive to the antifungals tested, results that are consistent with those found in the international literature (AU)

Antecedentes: La criptococosis es una infección fúngica de distribución mundial, causada principalmente porCryptococcus neoformans y Cryptococcus gattii. Objetivos: Determinar el tipo de apareamiento, los serotipos, los genotipos y la sensibilidad antifúngica de las cepas de C. neoformans provenientes de Lima Perú. Métodos: Se analizaron 32 cepas de Cryptococcus spp. del Instituto de Medicina Tropical de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos de Lima, Perú. Veinticuatro cepas provenían de pacientes y 8 cepas fueron obtenidas de muestras ambientales. Resultados: Mediante la técnica de reacción en cadena de la polimerasa se determinó que 27 (84,4%) aislamientos eran C. neoformans var. grubii, serotipo A, con el tipo de apareamiento alfa. Asimismo, empleando la técnica AFLP, se determinó que 16 (50%) cepas de C. neoformans eran del genotipo AFLP1 y 13 (40,6%) del genotipo AFLP1B; además, 2 (6,3%) eran del genotipo AFLP2 (C. neoformans var.neoformans) y 1 (3,1%) resultó ser un híbrido entre ambas variedades (AFLP3). Los perfiles de sensibilidad antifúngica para anfotericina B, fluconazol y voriconazol mostraron que las 32 cepas de C. neoformans eran sensibles al panel de antifúngicos. Conclusiones: En el presente estudio observamos que C. neoformans var. grubii (AFLP1 y AFLP1B) y C. neoformansvar. neoformans (AFLP2) fueron las variedades encontradas. Además, todas las cepas resultaron sensibles al panel de antifúngicos, en concordancia con la literatura internacional (AU)

Epidemiología de las dermatomicosis en 30 años de estudio en el Instituto de Medicina Tropical Daniel A. Carrión, Universidad Nacional Mayor de San Marcos, Lima, Perú / Epidemiology of dermatomycoses in 30 years of study at Daniel A. Carrion Institute of Tropical Medicine, Universidad Nacional Mayor de San Marcos, Lima, Peru

Objetivos: Determinar la evolución epidemiológica de las dermatomicosis en pacientes de consultorio externo durante el periodo 1976-2005. Diseño: Estudio descriptivo, retrospectivo y analítico. Lugar: Instituto de Medicina Tropical æDaniel Alcides CarriónÆ, Universidad Nacional Mayor de San Marcos, Lima, Perú. Participantes: Pacientes positivos a dermatomicosis. Intervenciones: Se revisó las historias clínicas de 7 185 (55,3 por ciento) casos positivos a dermatomicosis. El instrumento de investigación empleado fue la ficha de levantamiento de información. Principales medidas de resultados: Agente etiológico, estación del año, sexo, edad y forma clínica. Resultados: El estudio demostró que los más afectados fueron del grupo etario de 16 a 30 años (42,7 por ciento) y sexo femenino (52,1 por ciento). La dermatomicosis más frecuente fue la onicomicosis (43,6 por ciento). Los agentes patógenos de mayor prevalencia fueron Trichophyton rubrum (33,2 por ciento), Cándida albicans (15,3 por ciento), Cándida no albicans (11,8 por ciento), Trichophyton mentagrophytes (9,4 por ciento), Malassezia spp (9,1 por ciento) y las infecciones mixtas (7,2 por ciento). Las micosis de cuero cabelludo muestran continuo aumento durante todo el estudio. El dermatofito Epidermophyton floccosum fue aislado por última vez en la década del 90. A partir de 1995 ha aumentado la prevalencia de Cándida no albicans y se encontró como especie re-emergente a la levadura Cándida tropicalis. Conclusiones: Entre los años 1976 y 2005 hubo importantes variaciones epidemiológicas en relación a las formas clínicas y a la etiología de las dermatomicosis...

Objectives: To determine dermatomycoses epidemiological evolution in outpatients during the period 1976-2005. Design: Descriptive, retrospective, and analytical study. Setting: Daniel Alcides Carrion Institute of Tropical Medicine, Universidad Nacional Mayor de San Marcos, Lima, Peru. Participants: Patients positive to dermatomycoses. Interventions: Medical records of 7 185 (55.3 per cent) dermatomycoses-positive patients were reviewed. Main outcome measures: Etiologic agent, season, gender, age, and clinical forms. Results: Females (52.1 per cent) and the 16 to 30 year-old group (42.7 per cent) were the most affected. Most frequent dermatomycoses was onychomycosis (43.6 per cent). Most prevalent pathogens were Trichophyton rubrum (33.2 per cent), Candida albicans (15.3 per cent), Candida non albicans (11.8 per cent), Trichophyton mentagrophytes (9.4 per cent), Malassezia spp. (9.1 per cent), and mixed infections (7.2 per cent). The fungal scalp infection showed steady increase during the period studied. Epidermophyton floccosum dermatophyte was isolated for the last time in the 1990s. Since 1995 prevalence of Candida non albicans has increased and Candida tropicalis yeast species are re-emerging. Conclusions: Epidemiological changes in dermatomycoses clinical forms and etiology were found between 1976 and 2005...

Eficacia de un programa para proteger la calidad del agua proveniente de plantas de tratamiento / Efficacy of a programme for protection the quality of water coming of plants treatment

Entre Enero y Junio de 1992 se aplicó un programa que tenía por objetivo disminuir la contaminación microbiológica del agua que consume la población del Distrito de Lima Cercado y que proviene de la planta de Tratamiento de la Atarjea. El programa incluyó la Inspección Higiénico-Sanitaria del sistema de almacenamiento y distribución de agua de 228 inmuebles de 3 ó más pisos, la determinación de la concentración de cloro libre residual y de la calidad microbiológica del agua tanto de la red pública como de los grifos de los inmuebles, y la corrección de los factores específicos que favorecían la contaminación del agua. Entre Enero y Junio de 1993 se hizo una evaluación del programa aplicado comprobándose que había disminuído la contaminación microbiológica del agua de 33.33 por ciento (1992) a 12.28 por ciento (1993).