Detalhe da pesquisa
1.
Polishing De Novo Nanopore Assemblies of Bacteria and Eukaryotes With FMLRC2.
Mol Biol Evol
; 40(3)2023 03 04.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36869750
2.
Assembling the perfect bacterial genome using Oxford Nanopore and Illumina sequencing.
PLoS Comput Biol
; 19(3): e1010905, 2023 03.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36862631
3.
Polypolish: Short-read polishing of long-read bacterial genome assemblies.
PLoS Comput Biol
; 18(1): e1009802, 2022 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-35073327
4.
Distinct evolutionary dynamics of horizontal gene transfer in drug resistant and virulent clones of Klebsiella pneumoniae.
PLoS Genet
; 15(4): e1008114, 2019 04.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-30986243
5.
Genomic surveillance of antimicrobial resistant bacterial colonisation and infection in intensive care patients.
BMC Infect Dis
; 21(1): 683, 2021 Jul 14.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34261450
6.
GeneMates: an R package for detecting horizontal gene co-transfer between bacteria using gene-gene associations controlled for population structure.
BMC Genomics
; 21(1): 658, 2020 Sep 24.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-32972363
7.
Convergence of virulence and MDR in a single plasmid vector in MDR Klebsiella pneumoniae ST15.
J Antimicrob Chemother
; 74(5): 1218-1222, 2019 05 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-30770708
8.
Emergence and rapid global dissemination of CTX-M-15-associated Klebsiella pneumoniae strain ST307.
J Antimicrob Chemother
; 74(3): 577-581, 2019 03 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-30517666
9.
Deepbinner: Demultiplexing barcoded Oxford Nanopore reads with deep convolutional neural networks.
PLoS Comput Biol
; 14(11): e1006583, 2018 11.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-30458005
10.
Antimicrobial-Resistant Klebsiella pneumoniae Carriage and Infection in Specialized Geriatric Care Wards Linked to Acquisition in the Referring Hospital.
Clin Infect Dis
; 67(2): 161-170, 2018 07 02.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-29340588
11.
Kaptive Web: User-Friendly Capsule and Lipopolysaccharide Serotype Prediction for Klebsiella Genomes.
J Clin Microbiol
; 56(6)2018 06.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-29618504
12.
Unicycler: Resolving bacterial genome assemblies from short and long sequencing reads.
PLoS Comput Biol
; 13(6): e1005595, 2017 Jun.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-28594827
13.
Gastrointestinal Carriage Is a Major Reservoir of Klebsiella pneumoniae Infection in Intensive Care Patients.
Clin Infect Dis
; 65(2): 208-215, 2017 Jul 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-28369261
14.
Inducible colistin resistance via a disrupted plasmid-borne mcr-1 gene in a 2008 Vietnamese Shigella sonnei isolate.
J Antimicrob Chemother
; 71(8): 2314-7, 2016 08.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-27246235
15.
Bandage: interactive visualization of de novo genome assemblies.
Bioinformatics
; 31(20): 3350-2, 2015 Oct 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-26099265
16.
ISMapper: identifying transposase insertion sites in bacterial genomes from short read sequence data.
BMC Genomics
; 16: 667, 2015 Sep 03.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-26336060
17.
Small IncQ1 and Col-Like Plasmids Harboring blaKPC-2 and Non-Tn4401 Elements (NTEKPC-IId) in High-Risk Lineages of Klebsiella pneumoniae CG258.
Antimicrob Agents Chemother
; 63(3)2019 03.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-30602517
18.
Hybracter: enabling scalable, automated, complete and accurate bacterial genome assemblies.
Microb Genom
; 10(5)2024 May.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38717808
19.
Hybracter: Enabling Scalable, Automated, Complete and Accurate Bacterial Genome Assemblies.
bioRxiv
; 2024 Apr 11.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38168369
20.
Improved Genome Sequence of Australian Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus Strain JKD6159.
Microbiol Resour Announc
; 12(2): e0112922, 2023 Feb 16.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36651736