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Exploiting Free-Energy Minima to Design Novel EphA2 Protein-Protein Antagonists: From Simulation to Experiment and Return.
Russo, Simonetta; Callegari, Donatella; Incerti, Matteo; Pala, Daniele; Giorgio, Carmine; Brunetti, Jlenia; Bracci, Luisa; Vicini, Paola; Barocelli, Elisabetta; Capoferri, Luigi; Rivara, Silvia; Tognolini, Massimiliano; Mor, Marco; Lodola, Alessio.
Afiliação
  • Russo S; Dipartimento di Farmacia, Università degli Studi di Parma, Viale delle Scienze 27A, 43124, Parma, Italy.
  • Callegari D; Dipartimento di Farmacia, Università degli Studi di Parma, Viale delle Scienze 27A, 43124, Parma, Italy.
  • Incerti M; Dipartimento di Farmacia, Università degli Studi di Parma, Viale delle Scienze 27A, 43124, Parma, Italy.
  • Pala D; Dipartimento di Farmacia, Università degli Studi di Parma, Viale delle Scienze 27A, 43124, Parma, Italy.
  • Giorgio C; Dipartimento di Farmacia, Università degli Studi di Parma, Viale delle Scienze 27A, 43124, Parma, Italy.
  • Brunetti J; Dipartimento di Biotecnologie Mediche, Università degli Studi di Siena, Via Fiorentina 1, 53100, Siena, Italy.
  • Bracci L; Dipartimento di Biotecnologie Mediche, Università degli Studi di Siena, Via Fiorentina 1, 53100, Siena, Italy.
  • Vicini P; Dipartimento di Farmacia, Università degli Studi di Parma, Viale delle Scienze 27A, 43124, Parma, Italy.
  • Barocelli E; Dipartimento di Farmacia, Università degli Studi di Parma, Viale delle Scienze 27A, 43124, Parma, Italy.
  • Capoferri L; Department of Chemistry and Pharmaceutical Sciences, VU University, De Boelelaan 1083, 1081 HV, Amsterdam, the Netherlands.
  • Rivara S; Dipartimento di Farmacia, Università degli Studi di Parma, Viale delle Scienze 27A, 43124, Parma, Italy.
  • Tognolini M; Dipartimento di Farmacia, Università degli Studi di Parma, Viale delle Scienze 27A, 43124, Parma, Italy.
  • Mor M; Dipartimento di Farmacia, Università degli Studi di Parma, Viale delle Scienze 27A, 43124, Parma, Italy.
  • Lodola A; Dipartimento di Farmacia, Università degli Studi di Parma, Viale delle Scienze 27A, 43124, Parma, Italy. alessio.lodola@unipr.it.
Chemistry ; 22(24): 8048-52, 2016 Jun 06.
Article em En | MEDLINE | ID: mdl-27139720
The free-energy surface (FES) of protein-ligand binding contains information useful for drug design. Here we show how to exploit a free-energy minimum of a protein-ligand complex identified by metadynamics simulations to design a new EphA2 antagonist with improved inhibitory potency.
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Texto completo: 1 Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Desenho de Fármacos / Receptor EphA2 Limite: Humans Idioma: En Ano de publicação: 2016 Tipo de documento: Article
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