The strong influence of management factors on coccidian infections in smallholder pig farms and the first molecular identification of Cystoisospora suis in Myanmar.

TITLE: Forte influence des facteurs de gestion sur les infections à coccidies dans les petites exploitations porcines et première identification moléculaire de Cystoisospora suis au Myanmar. ABSTRACT: Une étude transversale a été menée pour étudier l'infection coccidienne et les facteurs associés chez les porcs dans des petites exploitations, et pour identifier les oocystes de Cystoisospora par PCR. Au total, 500 échantillons de matières fécales de porcs provenant de 330 petites exploitations agricoles ont été collectés dans la région de Nay Pyi Taw, au Myanmar. La méthode de flottation fécale a été utilisée pour identifier les espèces d'Eimeria et de Cystoisospora, et le nombre d'oocystes par gramme (OPG) de matières fécales a été déterminé. Les oocystes ont été différenciés après sporulation. L'ADN des oocystes a été soumis à une PCR spécifique à Cystoisospora, ciblée sur ITS1. Le taux global de détection d'oocystes de coccidies au microscope était de 89,0 % (445/500). Parmi les échantillons étudiés, respectivement 74,0 % (370/500) et 70,6 % (353/500) ont été trouvés positifs pour Eimeria spp. et les oocystes de Cystoisospora suis. Les séquences de C. suis détectées étaient identiques à 100 % à celles de C. suis signalées au Japon, et avaient 99,5 % de ressemblance avec des séquences d'Australie et de Chine. Les porcs sevrés ont montré un OPG significativement plus élevé (p < 0,05) par rapport aux autres groupes d'âge. L'intensité la plus élevée de l'infection coccidienne (p < 0,05) a été observée chez les porcs nourris avec des aliments locaux, les porcs élevés sur des sols en terre battue et les porcs dans de mauvaises conditions d'hygiène. Des facteurs tels que l'âge, la race, le type d'alimentation et les étages se sont avérés être significativement (p < 0,05) associés à l'infection coccidienne. L'âge, ainsi que les facteurs de gestion, notamment le type de sol, le type d'alimentation et les pratiques d'hygiène dans la ferme, ont eu une forte influence sur la survenue d'une infection coccidienne chez les porcs. Il s'agit de la première étude au Myanmar sur l'infection coccidienne chez le porc et la détection moléculaire de C. suis.