Haplotypes in CCR5-CCR2 , CCL3 and CCL5 are associated with natural resistance to HIV-1 infection in a Colombian cohort / Los haplotipos en CCR5-CCR2 , CCL3 y CCL5 se asocian con resistencia natural a la infección por el HIV-1 en una cohorte colombiana

RESUMEN Introduction: Variants in genes encoding for HIV-1 co-receptors and their natural ligands have been individually associated to natural resistance to HIV-1 infection. However, the simultaneous presence of these variants has been poorly studied. Objective: To evaluate the association of single and multilocus haplotypes in genes coding for the viral co-receptors CCR5 and CCR2, and their ligands CCL3 and CCL5, with resistance or susceptibility to HIV-1 infection. Materials and methods: Nine variants in CCR5-CCR2, two SNPs in CCL3 and two in CCL5 were genotyped by PCR-RFLP in 35 seropositive (cases) and 49 HIV-1-exposed seronegative Colombian individuals (controls). Haplotypes were inferred using the Arlequin software, and their frequency in individual or combined loci was compared between cases and controls by the chi-square test. A p' value <0.05 after Bonferroni correction was considered significant. Results: Homozygosis of the human haplogroup (HH) E was absent in controls and frequent in cases, showing a tendency to susceptibility. The haplotypes C-C and T-T in CCL3 were associated with susceptibility (p'=0.016) and resistance (p'<0.0001) to HIV-1 infection, respectively. Finally, in multilocus analysis, the haplotype combinations formed by HHC in CCR5-CCR2, T-T in CCL3 and G-C in CCL5 were associated with resistance (p'=0.006). Conclusion: Our results suggest that specific combinations of variants in genes from the same signaling pathway can define an HIV-1 resistant phenotype. Despite our small sample size, our statistically significant associations suggest strong effects; however, these results should be further validated in larger cohorts.

ABSTRACT Introducción. Algunas variantes en genes que codifican los correceptores del HIV-1 y sus ligandos se han asociado individualmente a la resistencia natural frente a dicha infección. Sin embargo, su presencia simultánea ha sido poco estudiada. Objetivo. Evaluar la asociación de haplotipos individuales y multilocus en genes que codifican los correceptores virales CCR5 y CCR2 y sus ligandos CCL3 y CCL5 con la resistencia o la propensión a la infección por el HIV-1. Materiales y métodos. Nueve variantes en CCR5-CCR2, dos en CCL3 y dos en CCL5 fueron genotipificadas mediante reacción en cadena de la polimerasa de polimorfismos de longitud de fragmentos de restricción (Restriction Fragment Length Polymorphism-PCR-RFLP) en 35 individuos seropositivos (casos) y 49 seronegativos expuestos (controles) de Colombia. Los haplotipos se infirieron utilizando el programa Arlequín, y su frecuencia individual o combinada se comparó en los casos y los controles mediante la prueba de ji al cuadrado. Se consideró significativo un valor de p'<0,05 después de la corrección de Bonferroni. Resultados. La homocigosis del haplogrupo humano (HH) E estaba ausente en los controles y era frecuente en los casos, es decir, con tendencia hacia la propensión. Los haplotipos C-C y T-T en CCL3 se asociaron con la propensión (p'=0,016) y la resistencia (p'<0,0001), respectivamente. Por último, en el análisis multilocus, el haplotipo combinado formado por HHC en CCR5-CCR2, T-T en CCL3 y G-C en CCL5 se asoció con la resistencia (p'=0,006). Conclusión. Los resultados de este estudio sugieren que ciertas combinaciones específicas de variantes en los genes de una misma vía de señalización pueden definir un fenotipo resistente al HIV-1. Aunque el tamaño de la muestra era pequeño, las asociaciones estadísticamente significativas sugieren un efecto considerable; sin embargo, estos resultados deben validarse en cohortes de mayor tamaño.

Frecuencia de mutaciones en el correceptor CCR5 del virus de la inmunodeficiencia humana (VIH) en diferentes grupos en Medellín, Colombia / Mutation frequency in CCR5 HIV virus Co-receptor, in different groups in Medellín

Introducción: la exposición repetida al virus de la inmunodeficiencia humana (VIH) no siempre llevan la infección, multiples factores de resistencia han sido propuestos, pero sólo una mutación, la delección de 32 pares de base (delta 32)en el gen que codifica por la molécula CCR5, confiere un alto grado de protección; esta molécula es el principal correceptor del virus: Objetivos: determinar la frecuencia de delta 32 en Medellín, Colombia y buscar otros polimorfismos en el gen ccr5 en individuos expuestos al VIH y seronegativos (ESNs). Materiales y métodos: la mutación delta 32 se determinó por la técnica de reacción en cadena de la polimerasa en 218 individuos: 29 seropositivos (SP), 39 ESN y 150 individuos de la población general (PG). Por medio de la técnica de polimorfismos conformacionales de cadena simple (SSCP) se buscaron otras mutaciones en el gen ccr5 en la población de ESNs. Resultados: la frecuencia del alelo delta 32 fué de 3.8 por ciento para ESN, 2.7 por ciento para PG y 1.7 por ciento para SP. Entre los ESNs se encontró el único genotipo homocigótico mutado (ccr5/ delta 32/delta 32), se encontro en el 5.3 por ciento de la PG y en 2.6 por ciento de SP y de ESNs. Las diferencias en las frecuencias alélicas y genotipicas entre los grupos no fueron estadísticamente significativas. La comparación entre las frecuencias genotípicas esperadas y observadas mostró que estas frecuencias eran significativamente diferentes en el grupo de ESNs. Lo que sugirió en forma indirecta, un efecto protector del geneotipo gemocigótico mutado en delta 32/delta 32. No se encontró ninguna otra mutación en el gen ccr5. Conclusión: la baja frecuencia del genotipo homocigótico mutado delta 32/delta 32y la ausencia de otras mutaciones en ccr5 en los ESNs sugierén la presencia de otros mecanismos de resitencia a la infección por VIH en nuestra población

Frequency of CCR5 delta-32 mutation in human immunodeficiency virus (HIV)-seropositive and HIV-exposed seronegative individuals and in general population of Medellin, Colombia

Repeated exposure to human immunodeficiency virus (HIV) does not always result in seroconversion. Modifications in coreceptors for HIV entrance to target cells are one of the factors that block the infection. We studied the frequency of Delta-32 mutation in ccr5 gene in Medellin, Colombia. Two hundred and eighteen individuals distributed in three different groups were analyzed for Delta-32 mutation in ccr5 gene by polymerase chain reaction (PCR): 29 HIV seropositive (SP), 39 exposed seronegative (ESN) and 150 individuals as a general population sample (GPS). The frequency of the Delta-32 mutant allele was 3.8 for ESN, 2.7 for GPS and 1.7 for SP. Only one homozygous mutant genotype (Delta-32/Delta-32) was found among the ESN (2.6). The heterozygous genotype (ccr5/Delta-32) was found in eight GPS (5.3), in one SP (3.4) and in one ESN (2.6). The differences in the allelic and genotypic frequencies among the three groups were not statistically significant. A comparison between the expected and the observed genotypic frequencies showed that these frequencies were significantly different for the ESN group, which indirectly suggests a protective effect of the mutant genotype (Delta-32/Delta-32). Since this mutant genotype explained the resistance of infection in only one of our ESN persons, different mechanisms of protection must be playing a more important role in this population.