Novas variantes de KPC em isolados do Complexo Klebsiella pneumoniae resistentes à ceftazidima-avibactam / New KPC variants in ceftazidime-avibactam-resistant K. pneumoniae Complex isolates

O Complexo K. pneumoniae (C-Kp) é o principal grupo de bacilos Gram-negativos responsáveis por infecções nosocomiais graves em todo o mundo e o tratamento empírico dessas infecções usualmente inclui os carbapenêmicos. O principal mecanismo de resistência a essa classe de antimicrobianos é a expressão de carbapenemases, e no Brasil, mais frequentemente as do tipo KPC. Em março de 2019 a ceftazidima-avibactam foi disponibilizada para uso clínico no Brasil, sendo amplamente utilizada no tratamento infecções causadas por bacilos gram-negativos produtores de KPC. Diversos países já relataram a presença de K. pneumoniae produtores de KPC resistentes à ceftazidima-avibactam. No entanto, há poucos relatos dessa ocorrência no Brasil. O objetivo deste trabalho foi caracterizar genotipicamente e fenotipicamente isolados do C-Kp produtores de KPC, resistentes à ceftazidima-avibactam. No período de julho/2019 a julho/2021, 46 isolados do C-Kp, um por paciente, foram detectados em diferentes sítios de infecção ou culturas de vigilância de pacientes internados em hospitais privados de seis estados brasileiros. Os isolados tiveram seu genoma completo sequenciado nas plataformas MiSeq e MinION para determinação da variante alélica de blaKPC e avaliação do seu contexto genético. As taxas de resistência ao ertapenem e à ceftazidima-avibactam foram calculadas a partir de banco de dados. A clonalidade dos isolados foi avaliada por PFGE e MLST. A localização plasmidial do gene blaKPC foi confirmada por conjugação e/ou transformação. A concentração inibitória mínima (CIM) para betalactâmicos foi determinada por microdiluição em caldo segundo o BrCAST. Ensaios imunocromatográficos, NG-Test CARBA-5 e O.K.N.V.I. RESIST-5, foram avaliados quanto à sua performance na detecção de variantes KPC. A taxa de resistência ao ertapenem entre isolados do C-Kp aumentou 15,6% em 2019 para 27,3% em 2021. A taxa de resistência à ceftazidima-avibactam entre isolados do C-Kp resistentes ao ertapenem aumentou de 4,2% em 2019 para 17,2% em 2021. Onze isolados apresentaram novas variantes de KPC designadas KPC-103 a KPC-108 e KPC-139 a KPC-143. Os demais isolados apresentavam variantes de KPC já descritas, sendo a KPC-33 a variante mais frequente (36%). Quinze grupos clonais foram identificados, sendo que a maioria dos isolados pertencia ao ST11. O grupo clonal A foi o mais numeroso e pertencia ao ST258. A principal variante detectada nesse grupo foi a KPC-33. Diferentes grupos de incompatibilidade foram identificados em plasmídeos alberguando blaKPC, sendo os grupos IncN (n=12) e IncF, com replicons FII(K)-FIB (n=11), os grupos mais frequentes, seguido de InX3-IncU (n=9) e IncQ1 (n=1). Dos 46 isolados resistentes à ceftazidima-avibactam, 36 foram capazes de transferir o gene blaKPC para cepas receptoras. A maioria dos isolados foi sensível dose padrão ou sensível aumentabdo exposição ao meropenem e apresentaram redução significativa da CIM quando o avibactam foi adicionado ao aztreonam. O NG-Test CARBA-5 detectou 12 das 24 variantes testadas enquanto que o O.K.N.V.I. RESIST-5 detectou apenas nove variantes. A grande diversidade de variantes KPC, e a predominância do grupo clonal ST11, e da KPC- 33 retratam um cenário preocupante no Brasil

The K. pneumoniae Complex (C-Kp) is the main group of gram-negative bacilli responsible for serious nosocomial infections worldwide and the empirical treatment of these infections usually includes carbapenems. The main mechanism of resistance to this class of antimicrobials is the expression of carbapenemases, and in Brazil, more frequently the KPC type. In March 2019, ceftazidime-avibactam was available for clinical use in Brazil, being widely used to treat infections caused by KPC-producing gram-negative bacilli. Several countries have already reported the presence of KPC-producing K. pneumoniae resistant to ceftazidime-avibactam; however, there are few reports of this occurrence in Brazil. This work aimed to genotypically and phenotypically characterize KPC-producing C-Kp isolates resistant to ceftazidimeavibactam. From July 2019 to July 2021, 46 C-Kp isolates, one per patient, were detected in different sites of infection or surveillance cultures from patients admitted to private hospitals in six Brazilian states. The isolates had their complete genome sequenced on the MiSeq and MinION platforms to determine the allelic variant of blaKPC and evaluate its genetic context. Resistance rates to ertapenem and ceftazidime-avibactam were calculated from a database. The clonality of the isolates was evaluated by PFGE and MLST. The plasmid location of the blaKPC gene was confirmed by conjugation and/or transformation. The minimal inhibitory concentrations for beta-lactams were determined by broth microdilution according to BrCAST. Immunochromatographic assays, NG-Test CARBA-5 and O.K.N.V.I. RESIST-5, were evaluated for its performance in detecting KPC variants. The resistance rate to ertapenem among C-Kp isolates increased from 15.6% in 2019 to 27.3% in 2021. The resistance rate to ceftazidime-avibactam among ertapenem-resistant C-Kp isolates increased from 4.2% in 2019 to 17.2% in 2021. Eleven isolates showed new KPC variants designated KPC-103 to KPC-108 and KPC-139 to KPC-143. The remaining isolates presented previously described KPC variants, with KPC-33 being the most common variant (36%). Fifteen clonal groups were identified, with most isolates belonging to ST11. Different incompatibility groups were identified in plasmids harboring blaKPC, with the IncN (n=12) and IncF groups, with FII(K)-FIB(n=11) replicons, being the most frequent groups, followed by InX3-IncU (n= 9) and IncQ1 (n=1). All IncX3-IncU plasmids were approximately 46 kb in size and were identified among isolates belonging to the largest identified clonal group (A) and ST258. The main variant detected in this group was KPC-33. Of the 46 ceftazidime-avibactam-resistant isolates, 36 were able to transfer the blaKPC gene to recipient strains. Most isolates were susceptible standard dose or susceptible increased exposure to meropenem and showed a significant decrease in MIC when avibactam was added to aztreonam. The NG-Test CARBA-5 was able to detect 12 of the 24 variants evaluated while the O.K.N.V.I. RESIST-5 detected only nine variants. The great diversity of KPC variants, the predominance of the ST11 clonal group, and KPC-33 portray a worrying scenario in Brazil

Caracterização molecular e fenotípica de Klebsiella spp. produtoras de NDM / Molecular and phenotypic characterization of Klebsiella spp. NDM producers

O perfil de resistência, que algumas das espécies do complexo Klebsiella pneumoniae podem expressar, representa uma grande ameaça à saúde humana, particularmente quando resistentes aos carbapenêmicos, que são amplamente utilizados no tratamento de infecções graves em pacientes hospitalizados. O principal mecanismo de resistência aos carbapenêmicos é a produção de carbapenemases, particularmente dos tipos KPC e NDM. Um dos compostos desenvolvidos para o tratamento de infecções causadas por cepas produtoras de KPC é a combinação ceftazidimaavibactam (CAZ-AVI), mas que não tem atividade inibitória sobre metalo-betalactamases, a exemplo das NDMs. Os objetivos deste trabalho foram determinar a frequência das espécies do complexo K. pneumoniae e da coprodução de KPC, avaliar a clonalidade dos isolados, a sensibilidade ao aztreonam-avibactam (ATM-AVI), o desempenho do disco de meropenem (MEM) com inibidores para detecção de coprodução de NDM e KPC e desenvolver um teste de triagem para prever a sensibilidade ao ATM-AVI. Um total de 113 isolados do complexo K. pneumoniae produtoras de NDM ou coprodutoras de NDM e KPC, provenientes da coleção de bactérias do Grupo Fleury, coletadas períodos pré e pós início do uso de CAZ-AVI no Brasil, foram utilizadas neste estudo. A identificação da espécie e a presença dos genes blaNDM e blaKPC foi confirmada por PCR multiplex. A clonalidade dos isolados foi avaliada por eletroforese em campos pulsados (PFGE) após clivagem com XbaI. A produção de carbapenemases foi confirmada utilizando-se o teste Blue Carba. O desempenho dos discos de meropenem e CAZ-AVI contendo um ou mais inibidores de carbapenemases foi comparado com o teste molecular. A pré-difusão combinada foi realizada pré-incubando-se o ágar não inoculado com disco de CAZ-AVI, e a seguir aplicando-se o inóculo bacteriano e um disco de ATM após remover o disco de CAZ-AVI. Após incubação, os halos foram aferidos e correlacionados com a concentração inibitória mínima para ATM-AVI. As CIMs para ATM e ATM-AVI foram determinadas segundo o EUCAST. A identificação das espécies por PCR evidenciou as seguintes frequências: K. pneumoniae 75,2% (n=85); K. quasipneumoniae 16,8% (n=19), e K. variicola 8% (n=9). Uma fração de 12,4% (n=14) dos isolados apresentaram os genes blaNDM e blaKPC e 87,6% (n=99) apenas blaNDM. A análise dos perfis de PFGE de K. pneumoniae evidenciou a presença de cinco grupos clonais predominantes. Isolados do principal grupo clonal Ap (n=15) foram detectados nas cidades de São Paulo e Porto Alegre durante todo o período analisado. O grupo clonal Lp foi detectado nas cidades de São Paulo e Recife em 2019. Os dois principais grupos clonais no período pré-CAZ-AVI continham maior número de isolados do que aqueles no período de uso do CAZ-AVI. Os perfis de PFGE de K. quasipneumoniae evidenciaram quatro grupos clonais predominantes, e presentes apenas no estado de São Paulo, com persistência do grupo clonal Aq desde 2017. Quanto à K. variicola, foram observados dois grupos clonais predominantes Av e Bv, o primeiro presente apenas em São Paulo desde 2018 e o segundo em Porto Alegre apenas em 2019. Calculando-se a diferença entre os diâmetros de halo do disco MEM contendo EDTA e ácido fenilborônico (AFB) e o maior dos halos obtidos para MEM com EDTA ou AFB, observou-se que todos os isolados com coexpressão de KPC e NDM apresentaram diferença ≥ 5 mm. Uma fração de 42,3% dos isolados positivos apenas para blaNDM apresentaram sensibilidade para ATM (CIM ≤ 4 mg/L). Todos os isolados testados apresentaram CIM para ATM-AVI ≤ 1/4 mg/L, sendo a CIM90 0,125/4 mg/l. No teste de pré-difusão combinada, o menor diâmetro de halo obtido foi de 23 mm. A espécie predominante na amostragem foi K. pneumoniae. A disseminação clonal, observada neste estudo, contrasta com a diversidade clonal descrita em outros locais do mundo para produtores de NDM, exceto Grécia e China. Considerando os pontos de corte atuais para ATM, é provável que haja resposta clínica adequada no uso de ATM-AVI no tratamento de infecções causadas por isolados produtores de NDM e coprodutores de KPC e NDM. Utilizando-se o valor de corte de ≤ 5 mm para a diferença entre halos de inibição, de MEM com AFB e EDTA e o segundo maior halo com inibidor, a sensibilidade foi de 100% e a especificidade foi de 96,1,0%. O método de pré-difusão com CAZ-AVI e ATM é um método simples e o diâmetro ≥ 23 mm tem excelente correlação com a CIM para ATM-AVI ≤ 1/4 mg/L

The resistance profile, which some species of the Klebsiella pneumoniae complex may express, represent a great threat to human health, particularly when resistant to carbapenems, which are widely used in the treatment of severe infections in hospitalized patients. The main mechanism of resistance to carbapenems is the production of carbapenemases, particularly KPCs and NDMs. One of the compounds developed for the treatment of infections caused by KPC-producing strains is the combination ceftazidime-avibactam (CAZ-AVI), but which has no inhibitory activity on metallobetalactamases, as is the case for NDMs. The objectives of this work were to determine the frequency of K. pneumoniae complex species and KPC co-production, evaluate the clonality of isolates, the susceptibility to aztreonam-avibactam (ATM-AVI), the performance of meropenem (MEM) disks with inhibitors for detecting NDM co-production and KPC and develop a screening test to predict sensitivity to ATM-AVI. A total of 113 NDM-producing or NDM and KPC co-producing K. pneumoniae complexes, from the Fleury Group's bacteria collection, collected in the pre- and post-starting periods of CAZ-AVI use in Brazil, were used in this study. Species identification and the presence of the blaNDM and blaKPC genes were confirmed by multiplex PCR. The clonality of the isolates was evaluated by pulsed field electrophoresis (PFGE) after cleavage with XbaI. Carbapenemase production was confirmed using the Blue Carba test. The performance of MEM and CAZ-AVI disks containing one or more carbapenemase inhibitors was compared with the molecular test. Combined pre-diffusion was performed by preincubating the uninoculated agar with a CAZ-AVI disk, and then applying the bacterial inoculum and na ATM disk after removal of the CAZ-AVI disk. After incubation, halos were measured and correlated with the minimum inhibitory concentration (MIC) for ATM-AVI. ATM and ATM-AVI MICs were determined according to EUCAST. The identification of species by PCR evidenced the following frequencies: K. pneumoniae 75.2% (n=85); K. quasipneumoniae 16.8% (n=19), and K. variicola 8% (n=9). A fraction of 12.4% (n=14) of the isolates had the blaNDM and blaKPC genes and 87.6% (n=99) had only blaNDM. The analysis of the PFGE profiles of K. pneumoniae evidenced the presence of five predominant clonal groups. Isolates from the main clonal group Ap (n=16) were detected in the cities of São Paulo and Porto Alegre throughout the analyzed period. The clonal group Lp was detected in the cities of São Paulo and Recife 2019. The PFGE profiles of K. quasipneumoniae showed four predominant clonal groups, present only in the state of São Paulo, with persistence of the clonal group Aq since 2017. As for K. variicola, two predominant clonal groups Av and Bv were observed, the first present only in São Paulo since 2018 and the second in Porto Alegre only in 2019. Calculating the difference between the inhibition zone diameters of the MEM disk containing EDTA and phenylboronic acid (AFB) and the largest of the inhibition zone diameters obtained for MEM with EDTA or AFB, it was observed that all isolates with co-expression of KPC and NDM showed a difference 5 ≥mm. A fraction of 42.3% of isolates positive only for blaNDM showed sensitivity to ATM (MIC ≤ 4 mg/L). All tested isolates presented MIC for ATM-AVI ≤ 1/4 mg/L, being the MIC90 0.125/4 mg/l. In the combined pre-diffusion test, the smallest inhibition zone diameter obtained was 23 mm. The predominant species in the sample was K. pneumoniae, but a significant fraction of the other species in the complex was also observed in the sample. The clonal spread observed in this study contrasts with the clonal diversity described elsewhere in the world for NDM-producing isolates, except Greece and China. Considering the current cut-off points for ATM, it is likely that there is an adequate clinical response in the use of ATM-AVI in infections caused by NDM-producing and KPC-NDM co-producing isolates in Brazil. Using the cutoff value of 5 mm for the difference between inhibition zones, of MEM with AFB and EDTA and the second largest zone of MEM with inhibitor, the sensitivity was 100% and the specificity was 96.1%. The pre-diffusion method with CAZ-AVI and ATM is a simple method and the diameter ≥ 23 mm has excellent correlation with the MIC for ATM-AVI ≤ 1/4 mg/L