PCR assembly of synthetic human erythropoietin gene

Human erythropoietin (huEPO) is a glycoprotein with important physiological functions, such as erythropoiesis, angiogenesis, and wound healing. A therapeutic protein, huEPO is commonly used to treat patients suffering from renal and non-renal anemia. Recombinant human erythropoietin (rhuEPO) and endogenous huEPO are similar with respect to their biological and chemical properties. In this study, we describe the construction of synthetic huEPO gene to produce rhuEPO. The synthetic huEPO gene was constructed by overlapping oligonucleotides assembly and amplified by polymerase chain reaction (PCR). Twenty oligonucleotide sets, covering the huEPO gene sequence and two newly introduced restriction enzyme sites, were pulled together and amplified using Pfu DNA polymerase to produce the expected DNA products with sizes of ~500bp and ~600bp. The PCR products were ligated into pGEM-T plasmid vector to facilitate DNA sequencing process of the constructed huEPO gene and downstream cloning manipulation. DNA sequence analysis showed correctly assembled oligonucleotide sets, representing the huEPO gene sequence albeit with minor base mutations. Hence, oligonucleotides assembly and PCR amplification provide a convenient and speedy method for the synthesis of huEPO gene without depending on mRNA isolation and reverse transcription or the need to have a genomic library.

Development of monoclonal oligobodies and chemically synthesized oligobodies

Oligonucleotide aptamers obtained using the SELEX procedure can recognize different molecules with high affinity. However, for proteins, this recognition is limited to native conformations and the specificity has not been clearly demonstrated by methods such as Western blotting, immunohistochemistry or immunoprecipitations. Using a library of oligonucleotides and a selection strategy based on high specificity instead of high affinity, we have reported previously the preparation of polyclonal oligobodies, reagents that recognize the protein PP2A in a very specific way. Here we report a method to obtain monoclonal oligobodies. The oligobody developed specifically recognized both native and denatured states of the protein CPD1 used as a model system. We further demonstrate the specificity of the monoclonal oligobody using Western blots, immunohistochemistry, and immunoprecipitation, procedures previously limited only to antibody-based detection. In addition, a confocal microscopy is shown that was obtained using an oligobody made by chemical synthesis using an oligonucleotide synthesizer, being this the first [quot ]synthetic antibody[quot ] reported.

Caracterización de la amplificación génica de un segmento de 294 bases del genoma de mycobacterium tuberculosis / Characterization of genic amplification of a segment of 294 bases of mycobacterium tuberculosis genoma

Se presentan los resultados de una prueba diagnóstica novedosa, basada en la amplificación de una secuencia nucleótida conocida de un ADN blanco. La reacción de amplificación génica (PCR), descrita en este trabajo, permite una amplificación * 10 elevado a 6 -veces un segmento de 294 bp de un gene que codifica a un antígeno de 65 KDa- correspondiente a una proteína de respuesta al estrés térmico, presente en Mycobacterium tuberculosis y Mycobacterium bovis BCG. Esta reacción requiere grandes cantidades de ADN blanco, pero con la técnica utilizada fue posible detectar amplificación comenzando con 10 elevado a -12 g de ADN; cantidad que corresponde a 10-100 micobacterias/equivalentes ADN. Este nivel detectado representa un mejoramiento respecto a la tinción Ziehl-Neelsen, el cual necesita sobre 10.000 micobacterias para ser leído como positivo. La concentración de Mg elevado a +2 es crítica en la reacción, la cual corresponde a 3-5 mM. El análisis de la secuencia muestra que la amplificación de ésta es comparable a la secuencia localizada entre las posiciones 781-1075 del gene 65 KDa. Se realizaron pruebas específicas que demostraron que la señal de amplificación es posible de encontrar con ADN obtenido de M. tuberculosis y M. bovis BCG. Con otras micobacterias la señal de amplificación es muy baja y equivalente a aquéllas encontradas con ADN micobacterial no relacionado. La reacción fue probada con cuatro muestras clínicas, las cuales fueron positivas para la presentación de micobacterias; en tres de ellas se encontró el segmento amplificado 294 bp. Continúan desarrollándose ensayos de sensibilidad y especificidad en muestras clínicas

Síntesis química rápida de desoxioligonucleótidos por el método del triéster fosfórico en fase sólida / Rapid chemical synthesis of deoxyoligonucleotides by solid phase phosphotriester method

En este trabajo se describen modificaciones al método de síntesis de oligodeoxinucleótidos en fase sólida que permiten alcanzar rendimientos superiores al 95 por ciento en cada etapa de alargamiento de la cadena nucleotídica y acortar cada ciclo a 10 minutos

Síntesis química de oligonucleótidos por el método de fosfotriéster / Chemical synthesis of oligonucleotides by the phosphotriester approach

En este trabajo se reporta la síntesis química de los desoxioligonucleótidos siguientes: ACTTCTTAACCT, GATCACACATTT, ACACTTCTTTAT, GACAGACTACCT, CTGCTCTGACAACCT, AAATGTCT, AGCATGCT, TCTGAATGACCTGCATTAAAATAT, GTAAAACGACGGCCAGT y AAACCTCATCTGTGT. Estos fueron obtenidos mediante el método del triéster en solución, empleando distintos tipos de agentes de condensación e introduciendo modificaciones en el procedimiento de aislamiento de los productos de reacción. Todos los desoxioligonucleótidos sintetizados fueron purificados, una vez desprotegidos, por cromatografía líquida de alta eficacia en columnas de intercambio iónico y fase inversa sucesivamente y comprobada su secuencia por el método de Maxam y Gilbert