Comparison of two MALDI-TOF MS systems for theidentification of clinically relevant anaerobic bacteriain Argentina

Abstract The aim of this study was to compare the performance of two MALDI-TOF MS systems in the identification of clinically relevant strict anaerobic bacteria. The 16S rRNA gene sequencing was the gold standard method when discrepancies or inconsistencies were observed between platforms. A total of 333 isolates were recovered from clinical samples of different centers in Buenos Aires City between 2016 and 2021. The isolates were identified in duplicate using two MALDI-TOF MS systems, BD Bruker Biotyper (Bruker Daltonics, Bremen, Germany) and Vitek MS (bioMèrieux, Marcy-l'Etoile, France). Using the Vitek MS system, the identification of anaerobic isolates yielded the following percentages: 65.5% (n: 218) at the species or species-complex level, 71.2% (n: 237) at the genus level, 29.4% (n: 98) with no identification and 5.1% (n: 17) with misidentification. Using the Bruker Biotyper system, the identification rates were as follows: 85.3% (n: 284) at the species or species-complex level, 89.7% (n: 299) at the genus level, 14.1% (n: 47) with no identification and 0.6% (n: 2) with misidentification. Differences in the performance of both methods were statistically significant (p-values <0.0001). In conclusion, MALDI-TOF MS systems speed up microbial identification and are particularly effective for slow-growing microorganisms, such as anaerobic bacteria, which are difficult to identify by traditional methods. In this study, the Bruker system showed greater accuracy than the Vitek system. In order to be truly effective, it is essential to update the databases of both systems by increasing the number of each main spectrum profile within the platforms.

Resumen El objetivo de este estudio fue comparar el desempeño de dos sistemas MALDI-TOF MS en la identificación de bacterias anaerobias estrictas de interés clínico. La secuenciación del gen 16S ARNr fue el método de referencia utilizado cuando se observaron discrepancias o inconsistencias entre plataformas. Se recuperaron 333 aislados de muestras clínicas de diferentes centros de la Ciudad Autónoma de Buenos Aires entre 2016 y 2021. Los aislados se identificaron por duplicado mediante dos sistemas MALDI-TOF MS: el BD Bruker Biotyper (Bruker Daltonics, Bremen, Alemania) y el Vitek MS (bioMèrieux, Marcy-l'Etoile, Francia). A través del sistema Vitek MS, los mismos fueron identificados a nivel de especie o complejo de especies en un 65,5% (n: 218) y de género en un 71,2% (n: 237), mientras que no se identificaron en un 29,4% (n: 98) y fue incorrecta en el 5,1% (n: 17). Mediante el sistema Bruker Biotyper, dichos valores fueron del 85,3% (n: 284), del 89,7% (n: 299), del 14,1% (n: 47) y del 0,6% (n: 2), respectivamente. La diferencia entre ambos métodos fue estadísticamente significativa (p<0,0001). En conclusión, los sistemas MALDI-TOF MS aceleran la identificación microbiana. Son especialmente útiles para los microorganismos de crecimiento lento, como las bacterias anaerobias, que son difíciles de identificar con los métodos tradicionales. El sistema Bruker demostró ser más preciso que el Vitek MS. Para que estos métodos sean realmente efectivos es fundamental actualizar las bases de datos de ambos sistemas e incrementar el número de espectros de referencia dentro de las plataformas.

Impact of the multiplex molecular FilmArray Respiratory Panel on antibiotic prescription and clinical management of immunocompromised adults with suspected acute respiratory tract infections: A retrospective before-after study / Impacto del panel respiratorio molecular multiplex FilmArray ¿ en la prescripción de antibióticos y el manejo clínico de pacientes adultos inmunocomprometidos con sospecha de infección respiratoria aguda: un estudio retrospectivo antes/después

Abstract This study aimed to assess the impact of the implementation of a rapid multiplex molecular FilmArray Respiratory Panel (FRP) on the medical management of immunocompromised patients from a community general hospital. We conducted a single-center, retrospective, and before-after study. Two periods were evaluated: before the implementation of the FRP (pre-FRP) from April 2017 to May 2018 and after the implementation of the FRP (post-FRP) from January to July 2019. The inclusion criteria were immunocompromised patients over 18 years of age with suspected acute respiratory illness tested by conventional diagnostic meth-ods (pre-FRP) or the FilmArray™ Respiratory Panel v1.7 (post-FRP). A total of 142 patients were included, 64 patients in the pre-FRP and 78 patients in the post-FRP. The positive detec-tion rate was significantly higher in the post-FRP (63% vs. 10%, p <0.01). There were more patients receiving antimicrobial treatment in the pre-FRP compared with the post-FRP period (94% vs. 68%, p <0.01). A decrease in beta-lactam (89% vs. 61%, p <0.01) and macrolide (44% vs. 13%, p < 0.01) prescriptions were observed in the post-FRP. No differences were observed in oseltamivir use (22% vs. 13%, p = 0.14), changes in antimicrobial treatment, hospital admission rate, days-reduction in droplet isolation precautions, hospital length of stay (LOS), admission to intensive care unit (ICU), LOS in ICU, treatment failure and 30-day mortality. The implementa-tion of the FRP impacted patient care by improving diagnostic yield and optimizing antimicrobial treatment in immunocompromised adult patients.

Resumen El objetivo de este estudio fue evaluar el impacto de la implementación del panel respiratorio FilmArray® (FRP), un sistema automatizado de PCR multiplex, en el estándar de cuidado de pacientes adultos inmunocomprometidos en un hospital general. Es un estudio retrospectivo de un único centro con diseno antes/después. Los periodos evaluados fueron abril 2017-mayo 2018, previo a la implementación del FRP (pre-FRP), y enero 2019-julio 2019, luego de la implementación (post-FRP). Los criterios de inclusión fueron pacientes mayores de 18 años inmunocomprometidos con sospecha de infección respiratoria aguda a los que se les realizó, en pre-FRP, diagnóstico por métodos convencionales, y en post-FRP, el panel respiratorio FRP versión 1.7. Se incluyeron un total de 142 pacientes, 64 en pre-FRP y 78 en post-FRP. La tasa de positividad fue significativamente mayor en post-FRP frente a pre-FRP (63 vs. 10%, p<0,01). Hubo más pacientes con tratamiento antimicrobiano en pre-FRP que en post-FRP (94 vs. 68%, p <0,01). En pre-FRP hubo más pacientes tratados con betalactámicos (89 vs. 61%, p <0,01) y macrólidos (44 vs. 13%, p < 0,01). No se observaron diferencias significativas en el uso de oseltamivir (22 vs. 13%, p = 0,14), cambios en los tratamientos, número de hospitalizaciones, uso de aislamientos, duración de la estadía hospitalaria, ingreso a la unidad de cuidados intensivos, estadía en dicha unidad, falla de tratamiento y mortalidad a 30 días. El uso de FRP contribuyó a la atención del paciente mejorando el rendimiento diagnóstico y optimizando la terapia antimicrobiana en pacientes adultos inmunocomprometidos.

Trichophyton benhamiae, un dermatofito zoofílico emergente en Argentina con reservorio en cobayos: descripción de 7 casos en un hospital de la Ciudad Autónoma de Buenos Aires / Trichophyton benhamiae, an emergent zoonotic pathogen in Argentina associated with Guinea pigs: Description of 7 cases in Buenos Aires

Resumen Trichophyton benhamiae es un dermatofito zoofílico. Puede causar tinea corporis, tinea faciei y tinea capitis. Se caracteriza por producir lesiones inflamatorias, sobre todo en niños. El objetivo de esta publicación es describir 7 casos clínicos de pacientes pediátricos atendidos entre julio del 2019 y enero del 2020 en nuestra institución. A los pacientes se les solicitó estudio micológico convencional, con posterior confirmación con MALDI-TOF MS y secuencia-ción del ADN ribosomal. Se aisló e identificó T. benhamiae como agente etiológico; el nexo epidemiológico fue el contacto con cobayos. Estas son las primeras descripciones de infecciones causadas por T. benhamiae en Argentina. Al realizar estudios micológicos convencionales, este agente puede confundirse con otros dermatofitos, por lo tanto, se requieren herramientas como MALDI-TOF MS o la secuenciación para llegar a un diagnóstico definitivo. Es importante contar con datos epidemiológicos, como el contacto con mascotas no tradicionales, para una presunción diagnóstica adecuada.

Trichophyton benhamiae is a zoonotic dermatophyte that can cause tinea corporis, tinea faciei and tinea capitis, producing inflammatory lesions, especially in children. In this publication, we describe 7clinical cases of pediatric patients that occurred in our institution between July 2019 and January 2020. All patients underwent a conventional mycological study. The identification of fungi isolates was confirmed by MALDI-TOF MS and sequencing of the ribosomal DNA. T. benhamiae was identified as the etiological agent, whose epidemiological link in all cases was the contact with Guinea pigs. This is the first description of infections caused by T. benhamiae in Argentina. This dermatophyte can be misidentified as other more frequent dermatophytes when performing conventional studies. Molecular technology should be used to reach a definitive diagnosis. It is important to have epidemiological data from patients such as contact with non-traditional pets, especially Guinea pigs, for an adequate presumptive diagnosis of this dermatophytosis.

Rapid syndromic molecular testing and human parechovirus infection in children: A report of three cases in Argentina / Diagnóstico molecular sindrómico rápido e infección por parechovirus humano en ninos: reporte de 3 casos en Argentina

Abstract Human parechovirus (HPeV) is one of the members of the family Picornaviridae that has been associated with fever of unknown origin, gastroenteritis, clinical sepsis, meningitis, orencephalitis in very young infants. HPeV detection is not routinely performed in most clinical microbiology laboratories in Argentina and, therefore, its real prevalence is unknown. We here report three cases of HPeV CNS infection that presented to our hospital with different clinical features after the implementation of a multiplex PCR meningitis/encephalitis panel. Molecular diagnostic techniques could help improve patient care and understand the real prevalence of this infection in Argentina.

Resumen Los parechovirus humanos (HPeV) son virus de la familia Picornaviridae, que se han asociado a diferentes cuadros clínicos, como fiebre de origen desconocido, gastroenteritis, sepsis, meningitis o encefalitis en ninos pequeños. Su detección no está disponible de rutina en la mayoría de los laboratorios de nuestro país, por lo que su prevalencia es desconocida. Reportamos 3 casos de infección del sistema nervioso central por HPeV con diferentes características clínicas, que se presentaron luego de la implementación de un panel molecular para el diagnóstico sindrómico de meningitis/encefalitis. Las técnicas de diagnóstico molecular podrían ayudar a mejorar el abordaje y el cuidado de estos pacientes, así como también a conocer la prevalencia de esta infección en Argentina.

Estudio multicéntrico argentino sobre la utilidad del panel BCID2 del Sistema FilmArrayTM en la detección de bacteriemias / Argentine multicenter study on the usefulness of the BCID2 panel of the FilmArray™ System in the detection of bacteremia

Resumen El panel BCID2 de BioFire® (BioFire, Salt Lake City, EE.UU.) utiliza un análisis de PCR múltiple a partir de hemocultivos positivos con resultados en una hora. El objetivo de este estudio fue determinar el desempeño del método a partir de hemocultivos positivos de pacientes sépticos en 5 hospitales de la Argentina. Se incluyeron 121 pacientes y 124 episodios. Con respecto a la identificación microbiana, la sensibilidad global y la correspondiente a los microorganismos incluidos en la base de datos fue del 94% y 97% respectivamente. La sensibilidad del BCID2 para detectar CTX-M, KPC, NDM, VIM, IMP, mecA/C, vanA/B fue del 100% y la especificidad fue del 99% para NDM y VIM y del 100% para el resto. Esto llevó a cambios en el tratamiento antimicrobiano en 57/98 episodios (58%). El panel BCID2 es una herramienta importante para la adecuación del tratamiento antimicrobiano de pacientes con sepsis.

Abstract The BioFire® BCID2 panel (BioFire, Salt Lake City, UT) uses multiplex PCR analysis from positive blood cultures with results within one hour. The objective of this study was to determine the performance of the method from positive blood cultures of septic patients in 5 hospitals in Argentina. A total of 121 patients and 124 episodes were included. With regard to microbial identification, the global sensitivity and that corresponding to the microorganisms included in the database was 94% and 97%, respectively. The sensitivity of BCID2 to detect CTX-M, KPC, NDM, VIM, IMP, mecA/C, vanA/B was 100% and the specificity was 99% for NDM and VIM and 100% for the rest. This led to changes in antimicrobial treatment in 57/98 episodes (58%). The BCID2 panel is an important tool for the adequacy of antimicrobial treatment of patients with sepsis.

Resumo Estudo multicêntrico argentino sobre a utilidade do painel BCID2 do Sistema FilmArray™ na detecção de bacteremia O painel BCID2 de BioFire® B (BioFire, Salt Lake City, EUA) utiliza uma análise de PCR múltipla de hemoculturas positivas com resultados em uma hora. O objetivo deste estudo foi determinar o desempenho do método a partir de hemoculturas positivas de pacientes sépticos em 5 hospitais da Argentina. Cento e vinte e um pacientes e 124 episódios foram incluídos. No que se refere à identificação microbiana, a sensibilidade global e correspondente aos microrganismos incluídos na base de dados foi de 94% e 97%, respectivamente. A sensibilidade do BCID2 para detectar CTX-M, KPC, NDM, VIM, IMP, mecA/C, vanA/B foi de 100% e a especificidade foi de 99% para NDM e VIM e 100% para o resto. Isso levou a mudanças no tratamento antimicrobiano em 57/98 episódios (58%). O painel BCID2 é uma ferramenta importante para a adequação do tratamento antimicrobiano de pacientes com sepse.