Detection of salivirus in raw sewage samples in Rio de Janeiro, Brazil

Gastroenteric viruses are important pathogens related to cases of acute gastroenteritis, affecting millions of people worldwide with a major impact on children under five in developing countries. The introduction of metagenomic approach techniques in the 2000s has allowed the description of new viruses, among them Salivirus, which has been associated worldwide with cases of diarrhea. This study aimed to detect salivirus in raw sewage samples from a wastewater treatment plant (WWTP) collected between June 2013 and May 2014 in Rio de Janeiro, Brazil. Fifty-two samples collected weekly were tested by using a real-time quantitative PCR (qPCR). Salivirus genome was detected in 71.1% (37/52) of the samples, with viral concentration ranging from 7.56 x 104 to 7.20 x 106 genomic copies per liter. Higher viral loads were detected in the summer and fall of 2014, although these data were not sufficient to infer seasonality for this virus. The high prevalence of salivirus in sewage samples highlights the importance of viral research in wastewater to generate data on salivirus circulation, increasing understanding regarding its dissemination in the population.

Molecular characterization of feline calicivirus variants from multicat household and public animal shelter in Rio de Janeiro, Brazil

ABSTRACT The aim of this study was to perform the molecular characterization of conserved and variable regions of feline calicivirus capsid genome in order to investigate the molecular diversity of variants in Brazilian cat population. Twenty-six conjunctival samples from cats living in five public short-term animal shelters and three multicat life-long households were analyzed. Fifteen cats had conjunctivitis, three had oral ulceration, eight had respiratory signs (cough, sneeze and nasal discharge) and nine were asymptomatic. Feline calicivirus were isolated in CRFK cells and characterized by reverse transcription PCR target to both conserved and variable regions of open reading frame 2. The amplicons obtained were sequenced. A phylogenetic analysis along with most of the prototypes available in GenBank database and an amino acid analysis were performed. Phylogenetic analysis based on both conserved and variable region revealed two clusters with an aLTR value of 1.00 and 0.98 respectively and the variants from this study belong to feline calicivirus genogroup I. No association between geographical distribution and/or clinical signs and clustering in phylogenetic tree was observed. The variants circulating in public short-term animal shelter demonstrated a high variability because of the relatively rapid turnover of carrier cats constantly introduced of multiple viruses into this location over time.

Norovirus: genotipagem e caracterização molecular de variantes GII.4 no Brasil, 2005-2010 / Norovirus: genotyping and molecular characterization of GII.4 variants in Brazil, 2005-2010

O gênero Norovirus pertence à família Caliciviridae e está dividido em cinco genogrupos (G), os quais GI, GII e GIV são descritos infectando humanos. O GII é o mais prevalente, contendo 21 genótipos, sendo o GII.4 o responsável pela grande maioria dos surtos mundialmente. Os norovirus (NoV) são vírus não envelopados, de simetria icosaédrica e seu genoma é composto por ssRNA de aproximadamente 7,5 kb, dividido em 3 regiões abertas de leitura (ORF). A ORF1 codifica para proteínas não estruturais, incluindo a RNA polimerase RNA dependente, a ORF2 codifica para proteína estrutural VP1, que compõe o capsídeo viral e a ORF3 para a proteína estrutural VP2. A VP1, utilizada para a classificação em genótipos, é dividida em três domínios denominados S, P1 e P2, estando este último localizado na região mais exposta do capsídeo viral e considerado hipervariável, acumulando maior número de mutações não-sinônimas. O objetivo deste estudo foi caracterizar os diferentes genótipos de NoV e variantes de NoV GII.4 circulantes em diferentes estados das cinco regiões brasileiras no período de 2005-2010. Com este propósito foram selecionadas 337 amostras de fezes provenientes de casos de gasrenterite aguda recebidos no Laboratório de Virologia Comparada e Ambiental, por demanda espontânea, e previamente diagnosticados como NoV pela reação em cadeia da polimerase precedida de transcrição reversa (RT-PCR). Para a caracterização molecular dos NoV foi realizado o sequenciamento parcial de duas regiões diferentes do gene que codifica para a VP1: a região D, para genotipagem, e a região do domínio P2, para caracterização das variantes de GII.4. Com o sequenciamento da região D de 265 amostras, 80,4(por cento) (213/265) foram caracterizadas como GII e 1,5(por cento) (4/265) como GI. Não foi possível a caracterização de 18,1(por cento) (48/265) das amostras. Os genótipos GI.2, GI.5, GI.8, GII.4, GII.6, GII.7, GII.12, GII.16, GII.17 e GII.20 foram detectados, sendo o mais prevalente o GII.4 (79(por cento)), encontrado em 13 dos 15 estados avaliados, seguido do GII.6 (13(por cento)). Esta foi a primeira descrição da circulação dos genótipos GI.5, GII.12, GII.16, GII.17 e GII.20 no Brasil. Com o sequenciamento da região P2 de 114 amostras GII.4 foram caracterizadas cinco variantes denominadas 2003, 2004, 2006a, 2006b e 2010, sendo a variante 2006b a mais prevalente (54,4(por cento)), seguida da 2010 (21,9(por cento)) e 2006a (17,5(por cento)). A caracterização de um subclado formado por 22 amostras dentro da variante 2006b sugere a emergência de uma nova variante a partir desta. A grande diversidade genética dos NoV circulando no Brasil, assim como a possibilidade da emergência de novas variantes demonstra a necessidade do estabelecimento de uma rede nacional de vigilância que disponibilizaria informações referentes à dispersão geográfica e temporal destes vírus como ocorre outros países.

Genetic diversity of noroviruses in Brazil

Norovirus (NoV) infections are a major cause of acute gastroenteritis outbreaks around the world. In Brazil, the surveillance system for acute diarrhoea does not include the diagnosis of NoV, precluding the ability to assess its impact on public health. The present study assessed the circulation of NoV genotypes in different Brazilian states by partial nucleotide sequencing analysis of the genomic region coding for the major capsid viral protein. NoV genogroup II genotype 4 (GII.4) was the prevalent (78 percent) followed by GII.6, GII.7, GII.12, GII.16 and GII.17, demonstrating the great diversity of NoV genotypes circulating in Brazil. Thus, this paper highlights the importance of a virological surveillance system to detect and characterize emerging strains of NoV and their spreading potential.