System for storing, recovering, and comparing gene expressioninformation from patients with endometriosis / Sistema para armazenamento, recuperação e comparação de informações sobre expressão gênica empacientes com endometriose / Sistema de almacenamiento, recuperación y comparación de Informaciones sobre expresión génica en pacientes con endometriosis

Objective: To develop a web-based system to store, recover, compare, and associate information obtained using high-throughput molecular genetic techniques regarding differentially expressed genes in patients with endometriosis. Methods: A web-based tool was developed using the Java programming and XHTML markup languages. Professionals and researchers in the contributed to the database by uploading research data from scientific articles in which screening techniques had been performed to determine differential gene expression in women with and without endometriosis. Results: a web-based system with the main functionalities of article registration and gene searching was developed. These functions allow the user to identify coincidences between the results reported in the registered articles regarding differential gene expression. Conclusion: The developed tool allows for the collection of principal data regarding dysregulated gene expression in endometriosis and highlights candidate genes for future studies to better understand the etiopathogenesis of this disease.

Objetivo: O presente trabalho apresenta o primeiro sistema em ambiente web capaz de armazenar, recuperar,comparar e relacionar informações sobre expressão gênica em larga escala em pacientes com endometriose. Métodos:A ferramenta foi desenvolvida em ambiente web utilizando-se a linguagem de programação Java e a linguagem demarcação XHTML. O banco de dados foi alimentado por profissionais e pesquisadores da área, utilizando dados de pesquisas relatadas em artigos científicos, nas quais foram realizadas técnicas de screening para expressão gênica diferencial em pacientes com e sem endometriose. Resultados: Entre as principais funcionalidades do sistema destacam-se o cadastro de artigos e busca de genes. Tais funções permitem que o usuário identifique coincidências entre os resultados de expressão gênica registrados nos artigos cadastrados no sistema. Conclusão: A ferramenta desenvolvida permite reunir os principais dados referentes às alterações de expressão gênica na endometriose,contribuindo para uma melhor compreensão da origem da doença.

Objetivo: En este trabajo se presenta el primer sistema capaz de almacenar, recuperar, comparar y relacionar en web, informaciones sobre expresión génica en gran escala en pacientes con endometriosis. Métodos: La herramienta se ha desarrollado en web utilizando el lenguaje de programación Java y el lenguaje XHTML. La base de datos fue generada por profesionales e investigadores, con datos de investigaciones publicadas en artículos científicos, en donde se efectuaron las técnicas para la detección de expresión diferencial de genes en pacientes con presencia y ausencia de endometriosis. Resultados: Entre las principales características del sistema se incluyen registros de artículos y búsqueda de genes. Estas funciones permiten que el usuario identifique similitudes entre los resultados de expresión de genes grabados en los artículos registrados en el sistema. Conclusión: Esta herramienta ha permitido reunir datos de variaciones de expresión génica en la endometriosis, lo que contribuye a una mejor comprensión del origen de esta enfermedad.

Plant-antivenom: database of anti-venom medicinal plants

Plant-antivenom is a computational Websystem about medicinal plants with anti-venom properties. The system consists of a database of these plants, including scientific publications on this subject and amino acid sequences of active principles from venomous animals. The system relates these data allowing their integration through different search applications. For the development of the system, the first surveys were conducted in scientific literature, allowing the creation of a publication database in a library for reading and user interaction. Then, classes of categories were created, allowing the use of tags and the organization of content. This database on medicinal plants has information such as family, species, isolated compounds, activity, inhibited animal venoms, among others. Provision is made for submission of new information by registered users, by the use of wiki tools. Content submitted is released in accordance to permission rules defined by the system. The database on biological venom protein amino acid sequences was structured from the essential information from National Center for Biotechnology Information (NCBI). Plant-antivenom's interface is simple, contributing to a fast and functional access to the system and the integration of different data registered on it. Plant-antivenom system is available on the Internet at http://gbi.fmrp.usp.br/plantantivenom.