COMPARACIÓN ENTRE EL POTENCIAL DE LAS REGIONES VARIABLES DEL 16s RDNA PARA LA IDENTIFICACIÓN DE Lactobacillus spp. (LACTOBACILLIACEAE) / COMPARING THE POTENTIAL FOR IDENTIFICATION OF Lactobacillus spp. OF 16s RDNA VARIABLE REGIONS

El 16s rDNA es utilizado para la identificación bacteriana dada su tasa de variación entre especies. Algunas de las regiones variables de la subunidad ribosomal son más informativas que otras por lo cual en este estudio se evalúa el potencial de identificación aportado por cada región y combinaciones entre ellas. Se extrajeron las regiones variables V1 a la V8 del 16s rDNA de diferentes cepas y especies de Lactobacillus y se analizaron mediante los paquetes de STAP (ss-RNA Taxonomy Assigning Pipeline) y RDP (Ribosomal Database Project) multiclassifier. Adicionalmente se evaluaron árboles filogenéticos de máxima verosimilitud. Nuestros resultados muestran que la mayoría de regiones variables logran dar una correcta clasificación hasta género, sin embargo no son suficientes para clasificar hasta especie usando STAP. La región que presenta el mayor número de amplímeros es V5V6, sin embargo es la que presenta la mayor cantidad de falsos negativos. La que presenta el mayor número de verdaderos positivos es V1V3 (especie) para STAP y V5V8(género) para RDP. Las filogenias evaluadas mostraron que la topología de referencia se puede obtener con diferentes combinaciones de regiones variables e.g., V1V3 y V1V8. El estudio experimental de las cepas contenidas en un tampón comercial mostró que el amplicón V1V8 y el V1V3 dan una misma clasificación correcta. Proponemos la región V1V3 como la región mínima para clasificación correcta de Lactobacillus spp.. En conclusión, la región mínima para clasificar especies del género Lactobacillus es la V1V3, la cual es útil para estudios metagenómicos de muestras de probióticos.

16s rDNA is used for bacterial identification because its variation rate between species allows differentiation. The gene for this ribosomal subunit has 9 variable regions and some of them give more information than others. We were interested in evaluating the potential for species identification of each region and their combinations. We extracted the V1 to V8 regions of 16s rDNA from different strains and species of Lactobacillus and analyzed them using STAP (ss-RNA Taxonomy Assigning Pipeline) and RDP (Ribosomal Database Project) multiclassifier packages. Phylogenetic trees obtained by maximum likelihood analyses were compared. Classification results show that many regions give the correct genus classification using RDP and STAP, however they are not enough to classify up to the level of species. V5V6 region presents the highest quantity of informative fragments but also present the highest rate of false negatives. V1V3 region presents the highest rate of true positives (species) using STAP and the region V5V8 in RDP (genus).The phylogenetic result shows that the reference topology could be obtained using different combination of regions as V1V3 and V1V8.The experimental validation was done using commercial strains from a probiotic tampon. Sequencing analysis show that the V1V3 region gives the same information and result as the complete 16s rDNA; the three isolated strains correspond to the strains indicated in the product. We conclude that the V1V3 region is the minimum required region to classify Lactobacillus spp. in the correct way and this region is useful in metagenomics to analyze probiotics samples.

Muestreo por conglomerados en encuestas poblacionales / Cluster sampling in health surveys

Objetivo Describir la técnica estadística del muestreo por conglomerados en encuestas de salud poblacionales. Métodos Se describen los aspectos más importantes de cada uno de los pasos metodológicos haciendo énfasis en los fundamentos del Muestreo por Conglomerados. Éste se aplicó sobre una población de aproximadamente 100 000 habitantes de la comuna 18 de Cali. La muestra abarcó 30 manzanas y se encuestaron 3 026 personas. La información se recolectó usando el Sistema de Información de base Comunitaria para Atención Primaria en Salud. Resultados La técnica de muestreo aplicada generó información precisa y confiable para la estimación de prevalencias poblacionales de eventos de salud en un estudio de corte transversal. En población general, el error de muestreo fue de 2,5 por ciento; en menores de 5 años fue del 10 por ciento; en niños de 5 a 14 años fue de 5,7 por ciento; en población de 10 a 59 años estuvo alrededor del 3,0 por ciento y en población de 60 y más años fue de 7,2 por ciento. Conclusión El método descrito permitió garantizar un error de muestreo de 2,5 por ciento en la estimación de parámetros de prevalencia en la población general y errores de muestreo inferiores al 10 por ciento para los grupos poblacionales establecidos.

Objective Describing how the cluster sampling statistical technique can be applied to health surveys. Methods The article describes the most important aspects for each methodological step, emphasising cluster sampling's foundations. It was applied to a population of around 100,000 inhabitants from commune 18 in Cali. The sample covered 30 city blocks and 3,026 people were interviewed. The information was gathered using the Community-based Information System for Primary Health Attention. Results The sampling technique produced precise and reliable information for estimating population health event prevalence in a cross-sectional study. Sampling error was 2.5 percent in the general population, 10 percent in children aged less than 5 years, 5.7 percent in children aged 5 to 14, around 3.0 percent in those aged 10 to 59 and 7.2 percent in the population aged more than 60. Conclusion The method guaranteed a 2.5 percent sampling error in estimating general population prevalence and less than 10 percent sampling errors for established population groups.

Immunohistochemical studies on the small intestine of immunodeficient rats

Se estudió la histoarquitectura de la mucosa intestinal en un modelo experimental de inmunodeficiencia utilizando ratas Wistar que al destete recibieron una dieta libre de protéinas (13-17 días) a las que posteriormente se les adminsitró, por vía oral, caseína al 20% durante 39 días (grupo A) y en controles que recibieron desde el destete dieta comercial (grupo B). En el estudio del intestino delgado no se observaron diferencias significativas en los siguientes parámetros: altura de la mucosa, altura de las vellosidades, relación cripta/vellosidad, número de células epiteliales y número decélulas caliciformes. Se observó diferencia en el número de células del corion: (p < 0.05). A partir de estos dados resultó de interés investigar el número de células plasmáticas IgA, IgM y IgE presentes en la lámina propia del intestino delgado. Los resultados indican disminución estadísticamente significativa en el número de células plasmáticas IgA (p < 0.002), IgM (p < 0.002) e IgE (p < 0.02) en las ratas que después de la deficiencia proteica recibieron caseína al 20% durante 40 días. El daño provocado en la diferenciación terminal de los precursores de células plasmáticas IgA, Por la deficiencia proteica, no se revieste con la administración de caseína al 20% durante 39 días. La deficiencia de IgA provocada por la carencia de proteínas no es compensada con un aumento del número de células plamáticas IgM o IgE