Longitudinal Trends in HIV-1 Subtypes and Drug Resistance in Children from Argentina over a 15-Year Period (2006-2021)

ABSTRACT Background: Human immunodeficiency virus (HIV) drug resistance is a major cause of treatment failure in children and adolescents infected with the virus. Objectives: The objectives of the study are to investigate HIV drug resistance (HIVDR) in patients who attended a referral care center in Argentina over a 15-year period and to compare mutational patterns between HIV-1 pol sequences characterized as B or BF recombinants. Methods: Individual resistance-associated mutations (RAMs) (to protease and reverse transcriptase inhibitors) were identified according to IAS-USA guidelines in 374 HIV-1-infected children and adolescents. HIV-1 subtype was characterized by phylogenetic and recombination analysis using MEGA5.1 and Simplot. Poisson linear regression was used to model the dynamics of the RAMs over time. Results: The prevalence of RAMs to protease inhibitors (R2 = 0.52, p = 0.0012) and nucleoside reverse transcriptase inhibitors (R2 = 0.30, p = 0.0225) decreased over time. HIVDR to non-nucleoside reverse transcriptase inhibitors remained moderate to high, ranging between 33% and 76%. BF recombinants showed a higher frequency of thymidine analog mutation 1 RAMs profile and I54V mutation. Conclusion: In Argentina, HIVDR observed in children and adolescents has decreased over the past 15 years, regardless of the viral subtype.

Infección congénita por citomegalovirus: evaluación de diagnóstico y desafíos en la detección temprana / Congenital cytomegalovirus infection: diagnosis assessment and challenges in early detection / Infecção congênita por citomegalovírus: avaliação do diagnóstico e desafios na detecção precoce

Resumen La detección temprana de la infección congénita por citomegalovirus (cCMV) en pacientes pediátricos permite la implementación de un tratamiento apropiado con el fin de reducir la gravedad de las secuelas asociadas a esta infección, lo cual impacta directamente en la calidad de vida del paciente. El objetivo de este estudio fue determinar la tasa de positividad de infección por CMV en niños con sospecha clínica de infección congénita y analizar las estrategias utilizadas en la confirmación diagnóstica de laboratorio. Para ello se realizó un análisis retrospectivo de muestras de niños con sospecha clínica de cCMV, las cuales fueron evaluadas en el laboratorio de Virología de la institución mediante una reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (qPCR) específica para citomegalovirus (CMV). Fue incluido un total de 698 pacientes y se analizaron 125 muestras de sangre de tarjetas de screening neonatal (TSN) y 659 muestras de orina en el período comprendido entre el 1 de enero de 2016 y el 31 de diciembre de 2022. El diagnóstico de cCMV fue confirmado en 24 pacientes mediante la presencia del virus en muestras de orina o TSN según la edad del paciente, lo que correspondió al 3,4% (24/698) del total de los pacientes estudiados.

Abstract Early detection of congenital cytomegalovirus (cCMV) infection in pediatric patients enables the implementation of appropriate treatment to reduce the severity of associated sequelae, directly impacting the child's quality of life. The aim of this study was to determine the CMV positivity rate in children clinical suspected of congenital infection and to analyse the strategies used in laboratory diagnostic confirmation. A retrospective analysis of samples from children with clinical suspected cCMV was evaluated by the Virology Laboratory of this institution using real-time polymerase chain reaction (qPCR) specific for cytomegalovirus (CMV). A total of 698 patients were included, analysing 125 samples from neonatal screening cards (NSC) and 659 urine samples in the period between January 1, 2016 and December 31, 2022. The diagnosis of congenital CMV (cCMV) was confirmed in 24 patients through the presence of the virus in urine or NSC samples, corresponding to 3.4% (24/698) of the total patients studied.

Resumo A detecção precoce da infecção congênita pelo citomegalovírus (cCMV) em pacientes pediátricos permite a implementação de um tratamento adequado com o objetivo de reduzir a gravidade das sequelas associadas a esta infecção, o que impacta diretamente na qualidade de vida da criança. O objetivo deste estudo foi determinar a taxa de positividade de infecção por CMV em crianças com suspeita de infecção congênita e analisar as estratégias utilizadas na confirmação diagnóstica laboratorial. Para isso, foi realizado uma análise retrospectiva de amostras de crianças com suspeita de cCMV, as quais foram estudiadas pelo laboratório de Virologia da instituição por meio de reação em cadeia da polimerase em tempo real (qPCR) específica para citomegalovírus (CMV). Um total de 698 pacientes foram incluídos, sendo analisadas 125 amostras de sangue de cartões de triagem neonatal (TSN) e 659 amostras de urina no período entre 1º de janeiro de 2016 e 31 de dezembro de 2022. O diagnóstico de cCMV foi confirmado em 24 pacientes pela presença do vírus em amostras de urina ou TSN, de acordo com a idade do paciente, correspondendo a 3,4% (24/698) do total de pacientes estudados.

Comparison of SARS-CoV-2 viral load in asymptomatic and symptomatic children attended in a referral public pediatric hospital in Argentina / Comparación de la carga viral de SARS-CoV-2 en niños asintomáticos y sintomáticos atendidos en un hospital pediátrico público de referencia en Argentina

Abstract At present, different reports have shown that children reach similar SARS-CoV-2 viral load (VL) levels compared to adults; however, the impact of VL on children remains ambiguous when asymptomatic versus symptomatic cases are compared. Thus, the aim of this study was to assess VL at the time of diagnosis in asymptomatic and symptomatic SARS-CoV-2 infected children. VL analysis was retrospectively carried out from nasopharyngeal swabs on 82 SARS-CoV-2 infected children, from March to October 2020. Of the 82 children, 31 were asymptomatic. Symptomatic patients had significantly higher VL values compared to asymptomatic ones (median = 7.41 vs4.35 log10 copies/ml, respectively). Notwithstanding, 8 out of 31 asymptomatic children had high VL levels, overlapping levels observed above the first quartile in the symptomatic group. Analysis of different age groups revealed that median VL values were higher in the symptomatic groups, although there was only a significant difference in children younger than 5 years of age. On the other hand, there was no significant difference between the VL values from the 82 SARS-CoV-2 infected children according to age, sex, underlying disease, symptoms or severity of COVID-19 related disease. This study emphasizes the importance of VL analysis in SARS-CoV-2 infected children, who could contribute to viral spread in the community. This concern could be extended to healthcare workers, who are in contact with children.

Resumen Diferentes informes han demostrado que los ninos alcanzan niveles de carga viral (CV) de SARS-CoV-2 similares a los de los adultos, pero el impacto de la CV en los niños continua siendo incierto cuando se compara entre aquellos que son asintomáticos y sintomáticos. El objetivo de este estudio fue evaluar la CV al momento del diagnóstico en ninos asintomáticos y sintomáticos infectados por SARS-CoV-2. El análisis de CV se realizó retrospectivamente a partir de muestras de hisopados nasofaríngeos de 82 niños infectados por SARS-CoV-2 entre marzo y octubre de 2020. De ellos, 31 eran asintomáticos. Encontramos que el grupo sintomático tenía valores de CV significativamente más altos en comparación con el grupo asintomático (mediana = 7,41 vs. 4,35 log10 copias/ml, respectivamente). No obstante, 8 de los 31 ninos asintomáticos presentaron valores de CV elevados, equivalentes a los observados por encima del primer cuartil del grupo sintomático. El análisis por grupos de edad reveló que la mediana de CV fue más alta en los niños sintomáticos, aunque esta diferencia fue significativa solamente en los menores de 5 anos. A su vez, los valores de CV obtenidos a partir de los 82 niños infectados por SARS-CoV-2 no mostraron diferencias significativas según el grupo etario, el sexo, la enfermedad de base, los síntomas y la gravedad de la COVID-19. Este estudio enfatiza la necesidad del análisis de la CV en ninos infectados por SARS-CoV-2, quienes podrían contribuir a la propagación del virus en la comunidad. Esta preocupación podría extenderse a los trabajadores de la salud que están en contacto con los ninños.

Dengue más allá del trópico: estudio de series temporales 2015-2016 versus 2019-2020 en un hospital pediátrico de la Ciudad de Buenos Aires / Dengue beyond the tropics: a time-series study comprising 2015-2016 versus 2019-2020 at a children's hospital in the City of Buenos Aires

Introducción. El dengue es un problema de salud pública a nivel mundial. Confinado en sus orígenes a las zonas tropicales y subtropicales, en la actualidad se presenta en otras regiones como Argentina. Desde el año 2008 se presenta con brotes epidémicos en la Ciudad Autónoma de Buenos Aires, con escasos reportes en niños. Objetivo. Analizar y comparar las características clínicas, epidemiológicas, de laboratorio y evolutivas de los dos últimos brotes de dengue fuera del área endémica. Población y métodos. Estudio de series temporales. Se incluyeron pacientes menores de 18 años con dengue probable o confirmado, evaluados en un hospital pediátrico de la Ciudad de Buenos Aires durante los períodos 2015-2016 y 2019-2020. Resultados. Se incluyeron 239 pacientes, 29 (12 %) con antecedente de viaje. La mediana de edad fue de 132 meses (rango intercuartílico: 102-156). Todos tuvieron fiebre. Otros síntomas fueron: cefalea en 170 (71 %), mialgias en 129 (54 %) y exantema en 122 (51 %). Cuarenta pacientes (17 %) tenían comorbilidades. Presentaron signos de alarma 79 pacientes (33 %) y 14 (6 %) tenían dengue grave. Requirieron internación 115 pacientes (45 %) y ninguno falleció. El serotipo DENV-1 fue el más frecuente. El antecedente de viaje y la necesidad de internación predominaron en el primer período; el dengue grave y la infección previa, en el segundo. Conclusiones. Ningún paciente falleció de dengue en los períodos estudiados. Se observaron diferencias estadísticamente significativas en la frecuencia de internación; el antecedente de viaje fue más frecuente en el período 2015-2016 y el dengue grave, en el 2019-2020.

Introduction. Dengue is a public health problem worldwide. It was originally confined to tropical and subtropical areas, but it is now present in other regions, such as Argentina. Epidemic outbreaks have been observed in the City of Buenos Aires since 2008, with few reports in children. Objective. To analyze and compare the clinical, epidemiological, laboratory, and evolutionary characteristics of the latest 2 dengue outbreaks outside the endemic area. Population and methods. Time-series study. Patients under 18 years of age with probable or confirmed dengue and evaluated in a children's hospital of the City of Buenos Aires during the periods 2015-2016 and 2019-2020 were included. Results. A total of 239 patients were included; 29 (12%) had a history of travel. Their median age was 132 months (interquartile range: 102156). All had a fever. Other symptoms included headache in 170 (71%), myalgia in 129 (54%), and rash in 122 (51%). Forty patients (17%) had comorbidities. Warning signs were observed in 79 patients (33%); 14 (6%) developed severe dengue; 115 (45%) were hospitalized; none died. DENV-1 was the most common serotype. A history of travel and hospitalization prevailed in the first period; severe dengue and prior infection, in the second period. Conclusions. No patient died due to dengue in either study period. Statistically significant differences were observed in the frequency of hospitalization; a history of travel was more common in the 2015-2016 period and severe dengue, in the 2019-2020 period.

Implementación del estudio farmacogenético de hipersensibilidad al abacavir HLA-B*5701 en Argentina / Implementation of pharmacogenetic study HLA-B*5701 to predict abacavir hipersensitivity in Argentina

El abacavir (ABC) es un antirretroviral inhibidor de la transcriptasa reversa del virus HIV-1 que está fuertemente asociado al desarrollo de reacciones de hipersensibilidad en individuos portadores del alelo HLA-B*5701. Objetivos: determinar la prevalencia del alelo HLA-B*5701 en pacientes HIV-1 positivos y en una población control de Argentina. Materiales y métodos: desde enero de 2012 hasta octubre de 2013 se estudiaron 869 pacientes HIV-1 positivos y 63 individuos no infectados con HIV-1. La detección del alelo HLA-B*5701 se realizó mediante un ensayo in house basado en la técnica de PCR en tiempo real, diseñado en nuestro laboratorio y validado según guías internacionales. Resultados: el primero de enero se implementó el estudio farmacogenético para la detección de hipersensibilidad al ABC en los pacientes incluidos en el Programa VIH/sida de la Dirección de SIDA y ETS, y en los niños infectados con HIV-1 del Hospital Garrahan. Para ello se adoptó un protocolo de envío, recepción y procesado de las muestras, con un informe detallado de los resultados. El alelo HLA-B*5701 se detectó en 42 individuos infectados con HIV-1 y en 3 individuos no infectados. Conclusiones: la prevalencia del alejo HLA-B*5701 en la población de pacientes infectados con HIV-1 y la población control fue la misma (4,8%), lo cual sugiere que la presencia de este alelo no influye en la infección por HIV-1. Esta prevalencia fue similar a la reportada para otras poblaciones de origen caucásico...

Relevancia del CCR5 co-receptor del HIV-1 y su ligando CCL3L1 en el tropismo viral en pediatría / Relevance of the CCR5 co-receptor of HIV-1 and its ligand CCL3L1 in viral tropism in pediatrics

El objetivo del trabajo fue determinar la participación del coreceptor CCR5 y su ligando CCL3L1 en relación a una de las características del fenotipo del HIV-1, el tropismo viral. Los resultados que obtuvimos así como otras investigaciones que estamos desarrollando tienen implicancias clínicas y terapéuticas en los niños HIV-1 infectados. Para lograr el objetivo hemos evaluado en forma conjunta y combinada los datos que habíamos obtenido a lo largo de casi 15 años en relación a las variantes genéticas del CCR5, en particular la mutación Δ32 y su ligando CCL3L1 en función del número de copias del gen en los niños HIV-1 infectados por transmisión vertical que son asistidos en el Hospital Garrahan, investigando la probable asociación de ellas con el tropismo viral. Hallamos que los niños en primoinfección tienen una proporción considerable de variantes HIV-1 SI que emplean como co-receptor al CXCR4 en lugar del CCR5. Otro hecho relevante fue que la presencia de las variantes SI predominaron en los niños heterocigotas para la variante genética CCR5Δ32. En este último grupo encontramos además que estaba significativamente asociado con un número de copias del CCL3L1 alto (≥2). Probablemente ambos factores participan favoreciendo la reducción en el número de moléculas del co-receptor CCR5 expresadas en la superficie celular facilitado la infección por las variantes X4. Aunque las variantes SI en la etapa crónica alcanzan a un 40% no parecieran asociadas con el genotipo CCR5Δ32 ni con el número de copias del CCL3L1. En resumen, hemos demostrado que las variantes SI X4 T-trópicas del HIV-1 pueden estar presentes en los estadios muy tempranos de la infección viral sugiriendo que puede ser transmisible verticalmente. Además, el genotipo CCR5Δ32 en el contexto de copias altas del CCL3L1 en el niño HIV-1 infectado, contribuyen a un mayor riesgo a ser infectado por variantes SI en primoinfección. Este hecho no pareciera suceder en la etapa crónica de la infección viral.

The aim of the study was to assess the role of co-receptor CCR5 and its ligand CCL3L1 in viral tropism, one of the char-acteristics of the HIV-1 phenotype. The results of this study as well as those found in our other ongoing research have clini-cal and therapeutic consequences for HIV-1 Infected children. For the aim of the study we collected and evaluated the data obtained over a period of almost 15 years on genetic variants of CCR5, specially the 32 mutation and its ligand CCL3L1 (MIP-1 P), in relation to the number of copies of the gene in HIV-1-mother-to-child infected children seen at the pediatric hospital J.P. Garrahan, to investigate a probable association with viral tropism. We found that children with a primary in-fection have a considerable number of HIV-1 SI (syncytium-inducing, i.e. cytopathic) variants that use CXCR4 instead of CCR5 as a co-receptor. Another relevant finding was that SI variants were predominant in children that were homozygous for the genetic CCR5 32 variant. In this latter group we additionally found that this was significantly associated with a high number of CCL3L1 copies ( 2). Both factors may play a favorable role in the decrease of the number of molecules of the CCR5 co-receptor expressed on the cell surface that facilitate infection through X4 variants. Although in the chronic stage SI variants reach 40%, they do not seem to be associated with either the CCR5 32 genotype or the number of CCL3L1 copies. In sum-mary, we have shown that SI X4 T-tropic variants of HIV-1 may be present in very early stages of viral infection suggesting that they may be transmitted from mother to child. In addition, the CCR5 32 genotype in the setting of a high number of CCL3L1 copies in an HIV-1 infected child contribute to a higher risk of being infected by SI variants in primary infection, however, this mechanism does not seem to occur in the chronic stage of viral infection.

Factores virales y celulares que afectan la transmisión vertical del HIV-1 / Viral and cellular factors affecting vertical transmission of HIV-1

Distintos factores virales y celulares pueden condicionar la susceptibilidad a la infección por el HIV-1. La inmunidad innata constituye la primera línea de defensa contra el virus jugando un papel fundamental en la etapa temprana de la transmisión del HIV-1 previo al desarrollo del sistema inmune adaptativo. Está constituida por elementos celulares como las células NK, granulocitos, macrófagos, células dendríticas, etc. y solubles como quimioquinas, defensinas y proteínas de unión a azúcares (lectinas) capaces de ejercer actividad antiviral. Se ha demostrado que variaciones genéticas de componentes de la respuesta inmune pueden modificar el riesgo de transmisión del HIV-1 y desarrollo de sida. Entre ellos se encuentran primordialmente los co-receptores del virus CCR5 y CXCR4, y las proteínas del complejo mayor de histocompatibilidad clase I y II. Además, características biológicas y evolutivas del HIV-1 pueden modificar el riesgo de la transmisión viral.

Viral and cellular factors may condition susceptibility to HIV-1 infection. Innate immunity represents the fist line of defense against the virus with mayor relevance at initial stages of HIV-1 transmission prior to the development of the adaptative immune system. Cellular components, such as, NK cells, granulocytes, macrophages, dendritic cells, etc and soluble factors like chemokines, defensins and sugar binding proteins (lectins) have antiviral activity. Genetic variations of immune response components can modify the risk of HIV-1 transmission and AIDS development. These mainly include viral co-receptors CCR5 and CXCR4 and HLA class I and II. Furthermore, biologic and evolutionary characteristics of HIV-1 can modify the risk of viral transmission.

Usefulness of a Nested-polymerase chain reaction for molecular diagnosis of human T-cell lymphotropic virus type I/II

This study aimed at implementing a Nested-polymerase chain reaction (Nested-PCR) for the molecular diagnosis of human T-cell lymphotropic virus type I/II (HTLV-I and HTLV-II) infections in peripheral blood mononuclear cells of infected subjects in Argentina. The sensitivity and specificity of the assay for the detection of regional strains were assessed by comparing them with the molecular assay of reference PCR-hybridization. The Nested-PCR detected 1 MT-2 cell ( 8 proviral copies)/1x106 non-infected cells showing high sensitivity for provirus detection. While both molecular assays showed high specificity (100 percent) for HTLV-I and HTLV-II detection, the sensitivity values differed: 100 percent for Nested-PCR and 67 percent for PCR-hybridization assay. Moreover, this technique showed less sensitivity for the detection of DNA sequences of HTLV-II (33 percent) than for the detection of DNA sequences of HTLV-I (75 percent). The high sensitivity and specificity of the Nested-PCR for regional strains and its low costs indicate that this assay could replace the PCR-hybridization assay for the molecular diagnosis of HTLV-I/II infections. It will be interesting to assess the usefulness of this assay as a tool for the molecular diagnosis of HTLV-I/II infections in other developing countries. Other studies that include a greater number of samples should be conducted.