Calibration of the maximum carboxylation velocity (Vcmax) using data mining techniques and ecophysiological data from the Brazilian semiarid region, for use in Dynamic Global Vegetation Models / Calibração da velocidade máxima de carboxilação (Vcmax), utilizando técnicas de mineração de dados e dados de ecofisiologia da região semiárida brasileira, para uso em Modelos de Vegetação Globais Dinâmicos

Abstract The semiarid region of northeastern Brazil, the Caatinga, is extremely important due to its biodiversity and endemism. Measurements of plant physiology are crucial to the calibration of Dynamic Global Vegetation Models (DGVMs) that are currently used to simulate the responses of vegetation in face of global changes. In a field work realized in an area of preserved Caatinga forest located in Petrolina, Pernambuco, measurements of carbon assimilation (in response to light and CO2) were performed on 11 individuals of Poincianella microphylla, a native species that is abundant in this region. These data were used to calibrate the maximum carboxylation velocity (Vcmax) used in the INLAND model. The calibration techniques used were Multiple Linear Regression (MLR), and data mining techniques as the Classification And Regression Tree (CART) and K-MEANS. The results were compared to the UNCALIBRATED model. It was found that simulated Gross Primary Productivity (GPP) reached 72% of observed GPP when using the calibrated Vcmax values, whereas the UNCALIBRATED approach accounted for 42% of observed GPP. Thus, this work shows the benefits of calibrating DGVMs using field ecophysiological measurements, especially in areas where field data is scarce or non-existent, such as in the Caatinga.

Resumo A região semiárida do nordeste do Brasil, a Caatinga, é extremamente importante devido à sua biodiversidade e endemismo. Medidas de fisiologia vegetal são cruciais para a calibração de Modelos de Vegetação Globais Dinâmicos (DGVMs) que são atualmente usados para simular as respostas da vegetação diante das mudanças globais. Em um trabalho de campo realizado em uma área de floresta preservada na Caatinga localizada em Petrolina, Pernambuco, medidas de assimilação de carbono (em resposta à luz e ao CO2) foram realizadas em 11 indivíduos de Poincianella microphylla, uma espécie nativa que é abundante nesta região. Estes dados foram utilizados para calibrar a velocidade máxima de carboxilação (Vcmax) usada no modelo INLAND. As técnicas de calibração utilizadas foram Regressão Linear Múltipla (MLR) e técnicas de mineração de dados como Classification And Regression Tree (CART) e K-MEANS. Os resultados foram comparados com o modelo INLAND não calibrado. Verificou-se que a Produtividade Primária Bruta (PPB) simulada atingiu 72% da PPB observada ao usar os valores de Vcmax calibrado, enquanto que o modelo não calibrado obteve-se 42% da PPB observada. Assim, este trabalho mostra os benefícios de calibrar DGVMs usando medidas ecofisiológicas de campo, especialmente em áreas onde os dados de campo são escassos ou inexistentes, como na Caatinga.

Genes de virulência e diversidade genética em Salmonella spp. isoladas de amostras de origem suína / Virulence genes and genetic diversity in Salmonella spp. isolated from samples of swine origin

A diversificação da produção industrial de alimentos de origem suína e o intercâmbio comercial de animais e seus derivados destinados ao consumo humano podem ser importantes disseminadores de sorovares de Salmonella spp. na cadeia alimentar. Objetivou-se avaliar em 86 cepas de Salmonella spp., isoladas em granja de terminação e no abate de suínos, a ocorrência de três genes de virulência (invA, agfA e lpfA), bem como a similaridade genética entre elas. A ocorrência do gene invA foi verificada em 100% das amostras. O gene lpfA foi detectado em 80,23% (69/86) das cepas, não foi detectado em S. Panama e estava presente em todas as cepas de S. Infantis. O gene agfA foi detectado em 63,95% (55/86) das amostras. S. Agona apresentou positividade para todos os genes de virulência estudados. A análise de homologia entre as cepas agrupou os diferentes sorovares em clusters. A similaridade foi independente do local de isolamento, o que demonstra a presença de clones ao longo da cadeia de produção e a existência de multiplicidade de fontes para a infecção dos animais, como a ração, e a contaminação cruzada das carcaças. A pesquisa de genes de virulência e a avaliação da proximidade gênica permitem a caracterização e um maior entendimento sobre cepas de Salmonella circulantes na cadeia produtiva de suínos e, assim, podem subsidiar medidas de controle durante o processo produtivo com o objetivo de garantir a saúde do consumidor...

The diversification of industrial food production of swine origin and trade of animals and their derivatives for human consumption may be important disseminators of serovars of Salmonella spp. in the food chain. This study aimed to evaluate 86 strains of Salmonella spp. isolated form in the finishing and slaughter of pigs, the occurrence of three virulence genes (invA, agfa and lpfA), as well as the genetic similarity between them. The occurrence of gene invA was observed in 100% of the samples. The gene lpfA was detected in 80.23% (69/86) strains and is not detected in S. Panama, but present in all strains of S. Infantis. The gene agfA was detected in 63.95% (55/86). S. Agona was positive for all virulence genes studied. The analysis of homology between the different serovars grouped the isolates in clusters. The similarity was regardless of the location of isolation, demonstrating the presence of clones along the production chain and that there are multiple sources for the infection of animals, such as feed, and cross-contamination of carcasses. A survey of virulence genes and evaluation of gene proximity allow characterization and better understanding of Salmonella strains circulating in the pig production chain, thus being able to support control measures during the production process in order to ensure consumer health...