Sentinel surveillance for bacterial pneumonia and meningitis in children under the age of 5 in a tertiary pediatric hospital in Colombia - 2016 / Vigilancia centinela de neumonías y meningitis bacterianas en menores de 5 años en un hospital pediátrico de tercer nivel en Colombia - 2016

Abstract | Introduction: Bacterial pneumonia and meningitis are vaccine-preventable diseases. Sentinel surveillance provides relevant information about their behavior. Objective: To present the data from sentinel surveillance carried out at the Fundación HOMI, Fundación Hospital Pediátrico La Misericordia in 2016. Materials and methods: We conducted a descriptive study from January 1 to December 31, 2016, on the daily surveillance of patients under 5 years of age diagnosed with pneumonia or bacterial meningitis according to PAHO's definitions. We identified the microorganisms using the automated VITEKTM 2 system. Bacterial isolates were sent to the Microbiology Group at the Colombian Instituto Nacional de Salud for confirmation, serotyping, phenotypic, and genotypic characterization. Antimicrobial susceptibility profiles were established. Results: From 1,343 suspected cases of bacterial pneumonia, 654 (48.7%) were probable, 84% had complete Hib vaccination schedules, and 87% had complete pneumococcal vaccination schedules for age. Blood culture was taken in 619 (94.6%) and 41 (6.6%) were positive while S. pneumoniae was isolated in 17 (41%) of them. The most frequent serotype was 19A in five cases (29.4%), and four 19A serotypes were associated with the reference isolate ST320. The incidence rate of probable bacterial pneumonia was 7.3 cases/100 hospitalized patients, and lethality was 2.1%. As for bacterial meningitis, 22 suspected cases were reported, 12 (54%) were probable, four (33%) were confirmed: two by Escherichia coli and two by group C N. meningitidis. The incidence of probable bacterial meningitis was 0.14 cases/100 hospitalized patients. Conclusion: Streptococcus pneumoniae serotypes 19A and 3 were the most frequent cause of pneumonia. Spn19A is related to the multi-resistant clone ST320. Strengthening and continuing this strategy will allow understanding the impact of vaccination.

Resumen | Introducción. La neumonía y la meningitis bacterianas son enfermedades inmunoprevenibles; la vigilancia centinela aporta información relevante acerca de su comportamiento. Objetivo. Presentar los resultados de la vigilancia centinela de neumonía y meningitis llevada a cabo en la HOMI, Fundación Hospital Pediátrico La Misericordia. Materiales y métodos. Se hizo un estudio descriptivo entre el 1 de enero y el 31 diciembre del 2016, de la vigilancia diaria de pacientes menores de 5 años con diagnóstico de neumonía o meningitis bacteriana, según las definiciones de la Organización Panamericana de la Salud (OPS). Los microorganismos fueron identificados usando el sistema automatizado VITEK TM2. Los aislamientos se enviaron al grupo de microbiología del Instituto Nacional de Salud para confirmación, serotipificación, y caracterización genotípica y fenotípica. Asimismo, se establecieron los perfiles de sensibilidad antimicrobiana. Resultados. De 1.343 casos sospechosos de neumonía bacteriana, 654 (48,7 %) fueron probables, el 84 % tenía el esquema de vacunación completo para la edad contra Haemophilus influenzae de tipo b, y el 87 %, contra neumococo. En 619 (94,6 %) pacientes se hizo hemocultivo y 41 (6,6 %) fueron positivos. S. pneumoniae se aisló en 17 (41 %) casos. El serotipo más frecuente fue el 19A, en cinco pacientes (29,4 %), en tanto que cuatro aislamientos de spn19A fueron relacionados con el clon ST320. La tasa de incidencia de neumonía bacteriana probable fue de 7,3 casos/100 pacientes hospitalizados. La letalidad fue de 2,1 %. Hubo 22 casos sospechosos de meningitis bacteriana, 12 (54 %) probables, y cuatro (33 %) confirmados: dos por Escherichia coli y dos por Neisseria meningitidis del grupo C. La incidencia de meningitis bacteriana probable fue de 0,14/100 pacientes hospitalizados. Conclusión. Los serotipos 19A y 3 de S. pneumoniae fueron la causa más frecuente de neumonía. El Spn19A se relacionó con el clon ST320 mulitirresistente. El fortalecimiento continuo de la vigilancia centinela permitirá entender el impacto de la vacunación.

Streptococcus pneumoniae serotype 3 genotypes in invasive isolates from Colombia / Genotipos del serotipo 3 de Streptococcus pneumoniae en aislamientos invasivos en Colombia

Abstract | Introduction: Streptococcus pneumoniae serotype 3 is an important cause of pneumonia, bacteremia, and meningitis. Objective: To establish the circulating genotypes of S. pneumoniae serotype 3 isolates recovered from the invasive disease between 1994 to 2015 in Colombia. Materials and methods: Of the 365 S. pneumoniae serotype 3 isolates recovered through the laboratory national surveillance program, 117 isolates were analyzed. Pulsed-field gel electrophoresis was used for genotyping, and multilocus sequence typing was determined in representative isolates. Results: The frequency of this serotype increased from 2.7% between 1994 and 1998 to 9.1% between 2011 and 2015 (p=0.000); 91.7% of the isolates showed a genetic similarity greater than 77% and were related to the Netherlands3-31(PMEN31) clone CC180. Several subtypes were identified, two of which showed antimicrobial resistance. Conclusion: In Colombia, the pneumococcal population of the capsular type 3 shows a continuous and homogeneous circulation relating to the clonal group ST-180.

Resumen | Introducción. El serotipo 3 de Streptococcus pneumoniae es una causa importante de neumonía, bacteriemia y meningitis. Objetivo. Establecer los genotipos circulantes de aislamientos del serotipo 3 de S. pneumoniae recuperados de muestras de enfermedad invasiva de 1994 a 2015 en Colombia. Materiales y métodos. Se analizaron 117 de los 365 aislamientos del serotipo 3 de S. pneumoniae recuperados del programa nacional de vigilancia por el laboratorio. El genotipo se estableció con electroforesis en gel de campo pulsado y la tipificación se llevó a cabo mediante secuenciación multilocus en aislamientos representativos. Resultados. La frecuencia de este serotipo aumentó de 2,7 % entre 1994 y 1998 a 9,1 % entre 2011 y 2015 (p=0,000). El 91,7 % de los aislamientos evidenció una similitud genética superior al 77 % y se relacionó con el clon CC180 de Netherlands3-31 (PMEN31). Se identificaron varios subtipos, dos de los cuales mostraron resistencia a los antimicrobianos. Conclusión. En Colombia, la población neumocócica del tipo capsular 3 tiene una circulación continua y homogénea relacionada con el grupo clonal ST-180.

Molecular characterization of non-vaccine Streptococcus pneumoniae serotypes 11A, 15 B/C and 23A recovered from invasive isolates in Colombia / Caracterización molecular de los serotipos no vacunales 11A, 15 B/C y 23A de Streptococcus pneumoniae recuperados de aislamientos invasivos en Colombia

Resumen Introduction: A total of 192 invasive Streptococcus pneumoniae isolates, from serotypes 11A, 15B/C and 23A (not included in the conjugated vaccines), were collected in Colombia between 1994 and 2014 as part of the activities of the Network surveillance system for the causative agents of pneumonia and meningitis (SIREVA II). Objective: To determine the molecular characteristics ofinvasive S. pneumoniaeisolates from serotypes 11A, 15B/C and 23A in Colombia from 1994 to 2014. Materials and methods: The molecular characterization of the isolates was carried out through Pulse-Field Gel Electrophoresis (PFGE) and Multilocus Sequence Typing (MLST). Results: Serotype 11A showed one clonal group represented by ST62. Serotype 15B/C was composed of three groups associated with Netherlands15B-37 ST199 (28.75%), ST8495 (18.75%), and SLV (Single-Locus Variant) of ST193 (21.25%). Isolates from serotype 23A were gathered in three clonal groups, with70.21% closely related toST42, 17.02% to Colombia23F-ST338, and6.38% to Netherlands15B-37 ST199. Conclusion: Clones Colombia23F-ST338 andNetherlands15B-ST199 covered more serotypes than those previously found by other authors, including serotype 23A. These analyses reveal the importance of capsular switching in the spreading of successful clones among non-vaccine serotypes causing invasive pneumococcal disease.

Abstract Introducción. En Colombia se recolectaron 192 aislamientos invasivos de Streptococcus pneumoniae de los serotipos 11A, 15B/C y 23A (no incluidos en las vacunas conjugadas) entre 1994 y 2014, como parte de las actividades del Sistema de Redes de Vigilancia de los Agentes Responsables de Neumonías y MeningitisBacterianas (SIREVA II). Objetivo. Determinar las características moleculares de aislamientosinvasivos de los serotipos11A, 15B/C y 23A de S. pneumoniae recolectados en Colombia entre 1994 y 2014. Materiales y métodos. La caracterización molecular de los aislamientos se hizo medianteelectroforesis en gel de campo pulsado (Pulse-Field Gel Electrophoresis, PFGE) y por tipificación de secuencias multilocus (Multilocus Sequence Typing, MLST). Resultados. El serotipo 11A mostró un grupo clonal representadopor el ST62, en tanto que el serotipo15B/C se distribuyó en tres grupos asociados conlos clones Netherlands15B-37 ST199 (28,75 %), ST8495 (18,75 %) y SLV (variante en un solo locus) de ST193 (21,25 %). Los aislamientos con serotipo 23A se agruparon en tres gruposclonales; 70,21 % de ellos estaban estrechamente relacionadoscon elST42, 17,02 % con elColombia23F-ST338, y 6,38 % con el Netherlands15B-37 ST199. Conclusión. Los clones Colombia23F-ST338 y Netherlands15B-ST199 encontrados en este estudio abarcaronmás serotipos de los reportados previamente por otros autores, incluido el serotipo23A. Estos análisis revelan laimportancia de la conmutación(switching) capsular en la expansión de clones exitosos entre los serotipos no vacunales como causa de enfermedad invasiva neumocócica.

Molecular characterization of Streptococcus pneumoniae serotype 1 invasive isolates in Colombia / Caracterización molecular de cepas invasoras de Streptococcus pneumoniae serotipo 1 aisladas en Colombia

OBJECTIVE: To determine the genetic relationship between Streptococcus pneumoniae serotype 1 Colombian isolates recovered from invasive disease between 1994 and 2011 and recognized serotype 1 international clones. METHODS: A total of 135 S. pneumoniae serotype 1 isolates with epidemiological and antimicrobial susceptibility data (Clinical and Laboratory Standards Institute, 2012) were studied. The genetic relationship with recognized international clones was established by pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) with SmaI restriction enzyme. Multilocus sequence typing (MLST) was standardized to determine the sequence type (ST) in seven isolates representing different clonal groups. Control and reference strain R6, and clones Sweden¹ ST217, Sweden¹ ST304, Sweden¹ ST306, and USA¹ ST615, were used. RESULTS: PFGE revealed that 89.7% of the isolates were associated with Sweden¹ ST306, 3.7% were associated with Sweden¹ ST304, and 6.6% were not clonally related. Using MLST, ST306 was confirmed in six isolates and ST304 in one. CONCLUSIONS: In contrast to Brazil and the United States, where clones Sweden¹ ST304 and ST227 prevail, invasive disease caused by S. pneumoniae serotype 1 in Colombia is principally associated with the dispersion of isolates related to clone Sweden¹ ST306.

OBJETIVO: Determinar la relación genética entre las cepas de Streptococcus pneumoniae serotipo 1 aisladas en Colombia en casos de enfermedad invasora entre 1994 y 2011 y los clones internacionales reconocidos del serotipo 1. MÉTODOS: Se estudiaron un total de 135 cepas de S. pneumoniae serotipo 1 de las que se tenían datos epidemiológicos y de sensibilidad a los antimicrobianos (Clinical and Laboratory Standards Institute, 2012). Se estableció su relación genética con los clones internacionales reconocidos mediante electroforesis en gel de campo pulsátil (PFGE) utilizando la enzima de restricción SmaI. Se estandarizó la tipificación de secuencias mulitlocus (MLST) para determinar el tipo de secuencia (ST) en siete cepas que representaban diferentes grupos clonales. Se utilizaron la cepa de control y referencia R6 y los clones Sweden¹ ST217, Sweden¹ ST304, Sweden¹ ST306, y USA¹ ST615. RESULTADOS: La PFGE reveló que 89,7% de las cepas se asociaban con Sweden¹ ST306, 3,7% con Sweden¹ ST304, y 6,6% no mostraron relación clonal. Mediante MLST, se confirmó la relación con ST306 en seis cepas y con ST304 en una. CONCLUSIONES: A diferencia de Brasil y Estados Unidos, donde prevalecen los clones Sweden¹ ST304 y ST227, la enfermedad invasora causada por S. pneumoniae serotipo 1 en Colombia se asocia principalmente con la dispersión de cepas relacionadas con el clon Sweden¹ ST306.

Resistencia a antibióticos no betalactámicos de aislamientos invasores de Streptococcus pneumoniae en niños latinoamericanos: SIREVA II, 2000-2005 / Resistance to non-beta-lactam antibiotics in the clinical isolates of Streptococcus pneumoniae of children in Latin America: SIREVA II, 2000-2005

OBJETIVO. Determinar la evolución de la resistencia a la eritromicina, el cloranfenicol, el trimetoprim-sulfametozaxol (SXT) y la vancomicina de aislamientos invasores de Streptococcus pneumoniae obtenidos de niños de 10 países de América Latina y del Caribe en seis años de vigilancia. MÉTODOS. Se analizaron 8 993 aislamientos de S. pneumoniae recuperados entre 2000 y 2005 de niños menores de 6 años con infecciones invasoras, procedentes de Argentina, Brasil, Chile, Colombia, Cuba, México, Paraguay, República Dominicana, Uruguay y Venezuela. La sensibilidad a los antibióticos se determinó mediante los métodos establecidos y estandarizados en el proyecto SIREVA. La resistencia a múltiples antibióticos se definió como la resistencia a tres o más familias de antibióticos, de los no betalactámicos analizados en este estudio o de los betalactámicos evaluados en un estudio previo en el que 37,8% de estos aislamientos presentaron sensibilidad disminuida a la penicilina. RESULTADOS. Se encontró algún grado de resistencia al SXT y la eritromicina (56,4% y 15,4% de los aislamientos estudiados, respectivamente) y 4,6% presentó alta resistencia al cloranfenicol. Todos los aislamientos fueron sensibles a la vancomicina. Se observó la mayor frecuencia de resistencia al SXT en los aislamientos de neumonía y a la eritromicina en los casos de sepsis (61,6% y 25,5%, respectivamente; P < 0,01). La mayor frecuencia de resistencia al SXT se observó en Brasil (71,9%) y a la eritromicina en México (38,2%) y Venezuela (32,9%). Los serotipos 14, 6B, 19F y 23F fueron los que más frecuentemente se asociaron con la resistencia a los antibióticos estudiados. CONCLUSIONES. Se observó una elevada y creciente frecuencia de aislamientos resistentes al SXT y la eritromicina, y una disminución en la proporción de aislamientos resistentes al cloranfenicol. Estas tendencias mostraron diferencias entre los países estudiados.

OBJECTIVE. To examine the development of resistance to erythromycin, chloramphenicol, trimethoprim-sulfamethoxazole (TMP-SMZ), and vancomycin of the invasive isolates of Streptococcus pneumoniae obtained from children in 10 Latin American/Caribbean countries during six years of surveillance. METHODS. Analysis of 8 993 isolates of S. pneumoniae recovered in 2000­2005 from children with invasive infections, who were less than 6 years of age, and from Argentina, Brazil, Chile, Colombia, Cuba, Dominican Republic, Mexico, Paraguay, Uruguay, or Venezuela. Antibiotic susceptibility was determined through the methods established and standardized by the SIREVA project. Multidrug resistance was defined as: resistance to three or more antibiotics of the same class; to the non-beta-lactams analyzed by this study; or, to the beta-lactams evaluated by a previous study, in which 37.8% of these isolates showed decreased susceptibility to penicillin. RESULTS. Some degree of resistance was found to TMP-SMZ and erythromycin (56.4% and 15.4% of the isolates studied, respectively), with 4.6% highly resistant to chloramphenicol. All isolates were susceptible to vancomycin. The highest prevalence of TMP-SMZ resistance was observed in the pneumonia isolates; and that of erythromycin, in cases of sepsis (61.6% and 25.5%, respectively; P < 0.01). The highest prevalence of TMP-SMZ resistance was found in Brazil (71.9%), and that of erythromycin, in Mexico (38.2%) and Venezuela (32.9%). The 14, 6B, 19F, and 23F serotypes were most often associated with resistance to the antibiotics in the study. CONCLUSIONS. High and increasing rates of isolates resistant to TMP-SMZ and erythromycin were observed, as well as a decreasing percentage of isolates resistant to chloramphenicol. These trends highlight differences among the countries studied

Streptococcus pneumoniae: evolución de los serotipos y los patrones de susceptibilidad antimicrobiana en aislamientos invasores en 11 años de vigilancia en Colombia (1994 –2004) / Streptococcus pneumoniae: evolución de los serotipos y los patrones de susceptibilidad antimicrobiana en aislamientos invasores en 11 años de vigilancia en Colombia (1994 –2004)

Introducción. Streptococcus pneumoniae es una las principales causas de morbilidad y mortalidad en niños y adultos en el mundo. Objetivo. Realizar un análisis de los datos de la vigilancia por el laboratorio de los aislamientos invasores de S. pneumoniae recuperados entre 1994 y 2004. Materiales y métodos. Se empleó la información de los aislamientos invasores de S. pneumoniae recibidos en el Grupo de Microbiología del Instituto Nacional de Salud durante la vigilancia de meningitis bacteriana aguda e infección respiratoria aguda entre 1994 y 2004. Los aislamientos contaban con datos epidemiológicos, serotipo, patrones de susceptibilidad antimicrobiana y algunos con tipificación molecular. Resultados. Se analizaron los datos de 2.022 aislamientos procedentes de 120 hospitales de diferentes regiones del país, recuperados principalmente de hemocultivos (50,7 por ciento) y líquido cefalorraquídeo (42 por ciento). Los serotipos más importantes fueron el 14, 6B, 23F, 1, 5, 6A, 19F, 18C y 9V, los cuales corresponden al 83,6 por ciento en niños menores de 6 años, al 74,0 por ciento en el grupo de 6 a 14 años y al 61,4 por ciento en mayores de 14 años. El 29,8 por ciento de los aislamientos presentó susceptibilidad disminuida a la penicilina (SDP), 44,3 por ciento a trimetoprim-sulfametoxazol, 32,4 por ciento a tetraciclina, 8,2 por ciento a cloranfenicol, 3,8 por ciento a eritromicina; todos fueron sensibles a vancomicina y el 13 por ciento fue multirresistente. Se tipificaron 602 aislamientos con SDP, de los cuales 27 (4,5 por ciento)se relacionaron con el clon 1-España23F, 38 (6,3 por ciento) con el clon 2-España6B, 301 (50 por ciento) con el 3- España9V y 75 (12,5 por ciento) con el clon 26-Colombia23F, además, los 138 aislamientos con tipo capsular 5 se relacionaron con el clon 19-Colombia5. Conclusiones. Los resultados proporcionan información básica necesaria para el diseño e implementación de estrategias para la prevención de la enfermedad neumocócica en nuestro país.

Susceptibilidad de aislamientos de Neisseria gonorrhoeae a la penicilina y a la tetraciclina / Neisseria gonorrhoae isolat susceptibility to penicillin and tetracycline

La vigilancia de la susceptibilidad antimicrobiana de los aislamientos de Neisseria gonorrhoeae es necesaria, debido a la capacidad de este patógeno para desarrollar resistencia por varios mecanismos, con las consecuentes fallas en el tratamiento. En un trabajo anterior, realizado en el Laboratorio de Microbiología del Instituto Nacional de Salud, en el que se empleó la prueba de difusión de disco (Kirby-Bauer), se determinó en 43 aislamientos de N. gonorrheae no productores de beta-lactamasa, susceptibilidad intermedia a la penicilina en 42 y resistencia a la tetraciclina en 26. Por tal razón, se decidió establecer en todos los aislamientos de N. gonorrhoeae, remitidos al INS como parte del programa de red de ETS bacterianas, los niveles de resistencia a la penicilina y a la tetraciclina, expresados como la concentración inhibitoria mínima (CIM). De 100 aislamientos estudiados, 49 fueron no productores de beta-lactamasa (NPBL) y 51 productores (PBL). La CIM de la penicilina de los aislamientos NPBL fue menor o igual a 0,06 µg/mL (sensible) en 3; de 0,12-1 µg/mL (intermedia) en 41; y mayor o igual a 2 µg/mL en 5. La CIM de los aislamientos PBL señaló que 4 eran intermedios y 47 resistentes. La CIM de tetraciclina fue menor o igual a 0,25 µg/mL (sensible) en 4, de 0,5 a µg/mL (intermedia) en 18 y mayor o igual a 2 µg/mL (resistente) en 78. Los datos destacan la importancia de mantener la vigilancia de la resistencia de N. gonorrhoeae a estos antimicrobianos para que, con base en ellos, se replanteen los esquemas de tratamiento