Spondias mombin (Anarcadiaceae): molecular characterization and conservation / Spondias mombin (Anarcadiaceae): caracterización molecular y conservación

Abstract Introduction: The fruit of the yellow mombin (Spondias mombin L.) is notable due to its sensory and functional qualities. However, there is little knowledge regarding the genetic diversity of this species, and this would aid the implantation of the cultivation of the fruit as a crop, since current production is based on extractivism. Objective: Evaluate the diversity and genetic structure of natural populations of S. mombin in the state of Mato Grosso, Brazil, through microsatellite molecular markers in order to assist in the implementation of conservation strategies and the collection of genetic resources. Methods: A total of 139 S. mombin individuals were sampled in ten natural populations. PCR amplifications were performed with seven fluorescence-marked microsatellite primers. Genetic diversity was evaluated by the number of alleles, expected (He) and observed heterozygosity (Ho), polymorphic information content (PIC), fixation index (ƒ), rare and exclusive alleles. The genetic structure was evaluated using AMOVA, UPGMA dendrogram and Bayesian statistical analysis. Results: 46 alleles were amplified, which had an average of 6.6 alleles per locus. He was higher than Ho and f was positive, indicating the presence of inbreeding. The PIC ranged from 0.048 to 0.700, and only two loci were poorly informative. We found 27 rare alleles and 16 unique alleles. The largest component of variation was intrapopulational (90.64 %). The estimated gene flow was 1.99, which indicates that there is no genetic isolation between populations, and justifies the FST value (0.0963). The ten populations were grouped into two groups, and two populations constituted an isolated group. The Mantel test demonstrated that the genetic structure is not related to the geographic distance between populations. Conclusion: There is genetic diversity in the populations of S. mombin, which must be conserved in situ or ex situ, due to the diversity they present and because they are promising sources for collection of germplasm.

Resumen Introducción: El fruto amarillo del jobo o yuplón (Spondias mombin L.) destaca por sus cualidades sensoriales y funcionales. Sin embargo, existe poco conocimiento sobre la diversidad genética de esta especie, lo que ayudaría a la implantación del cultivo del fruto como cultivo, ya que la producción actual se basa en el extractivismo. Objetivo: Evaluar la diversidad y estructura genética de poblaciones naturales de S. mombin en el estado de Mato Grosso, Brasil, a través de marcadores moleculares microsatélites para ayudar en la implementación de estrategias de conservación y recolección de recursos genéticos. Métodos: Se muestrearon un total de 139 individuos de S. mombin en diez poblaciones naturales. Las amplificaciones por PCR se realizaron con siete cebadores de microsatélites marcados con fluorescencia. La diversidad genética se evaluó por el número de alelos, heterocigosidad esperada (He) y observada (Ho), contenido de información polimórfica (PIC), índice de fijación (ƒ), alelos raros y exclusivos. La estructura genética se evaluó mediante AMOVA, dendrograma UPGMA y análisis estadístico bayesiano. Resultados: Se amplificaron 46 alelos, los cuales tenían un promedio de 6.6 alelos por locus. Fue más alto que Ho y f positivo, lo que indica la presencia de endogamia. El PIC osciló entre 0.048 y 0.700, y solo dos loci fueron poco informativos. Encontramos 27 alelos raros y 16 alelos únicos. El mayor componente de variación fue intrapoblacional (90.64 %). El flujo de genes estimado fue de 1.99, lo que indica que no hay aislamiento genético entre poblaciones y justifica el valor de FST (0.0963). Las diez poblaciones se agruparon en dos grupos y dos poblaciones constituyeron un grupo aislado. La prueba de Mantel demostró que la estructura genética no está relacionada con la distancia geográfica entre poblaciones. Conclusión: Existe diversidad genética en las poblaciones de S. mombin, la cual debe ser conservada in situ o ex situ, por la diversidad que presentan y porque son fuentes promisorias para la recolección de germoplasma.

Nesting trends of olive ridley sea turtles Lepidochelys olivacea (Testudinata: Cheloniidae) on two beaches in Northwestern Mexico after 30 and 40 years of conservation / Tendencias de anidación de la tortuga golfina Lepidochelys olivacea (Testudinata: Cheloniidae) en dos playas del noroeste de México después de 30 y 40 años de conservación

Abstract Introduction: Although olive ridley sea turtle (Lepidochelys olivacea) are the most abundant sea turtles in the world, quantitative information is scarce and unevenly distributed among regions. There are many management and conservation programs for this species, and assessments are necessary to identify nesting trends and effectively manage current conservation programs. PROTORMAR-UAS is a Research and Conservation program for the olive ridley turtle created by the Autonomous University of Sinaloa, Mexico. The program utilizes two biological stations: Santuario Playa Ceuta (SPC) and Playa Caimanero (PC). Objective: To evaluate the nesting trend of olive ridley turtles on two beaches in Northwestern Mexico and to predict prospective nesting trends for the next 30 years. Methods: Using annual nesting data collected over 40 years at SPC (1976-2016) and 30 years at PC (1986-2016), we evaluated nesting trends, hatching success, predation and poaching of olive ridley turtles on the two beaches in Northwestern Mexico. Then, prospective nesting estimates for the next 30 years were calculated predictive time series model. Results: A positive and significant correlation was identified between the number of annual nests and time for both beaches (rho = 0.850, P ≤ 0.01 for SPC; rho = 0.677, P ≤ 0.01 for PC); the average hatching success rates were 65.09 at SPC and 60.72 % at PC. The predictive time-series model indicated that the numbers of nests will continue to increase through 2045, increasing three-fold at SPC and six-fold at PC with respect to the last year of monitoring. Conclusions: There was a clear positive trend in the number of olive ridley sea turtle nests at both sites, which is consistent with trends found in other recent studies from the region. Therefore, we suggest that PC be designated a legally protected nesting area since it is located within the latitudinal limits of olive ridley nesting and given the need for resources for camp operation considering increased nesting and current problems with predation and poaching. Because in Mexico operating a nesting beach without any protection status implies not having a budget for its management.

Resumen Introducción: A pesar de que las tortugas golfinas (Lepidochelys olivacea) son las tortugas marinas más abundantes del mundo, su información cuantitativa disponible es escasa y se encuentra distribuida de manera desigual entre regiones. Existen muchos programas de manejo y conservación para esta especie, y sus evaluaciones son necesarias para identificar tendencias de anidación y poder manejar de manera efectiva los programas de conservación actuales. PROTORMAR-UAS es un programa de Investigación y Conservación de la tortuga golfina creado por la Universidad Autónoma de Sinaloa, México. El Programa cuenta con dos estaciones biológicas: Santuario de Playa Ceuta (SPC) y Playa Caimanero (PC). Objetivo: Evaluar la tendencia de anidación de la tortuga golfina en dos playas del noroeste de México y predecir las tendencias prospectivas de anidación para los próximos 30 años. Métodos: A partir de los datos de registros anuales de anidación de 40 años para SPC (1976-2016) y 30 años para PC (1986-2016), evaluamos las tendencias de anidación, el éxito de la eclosión y los problemas de depredación y saqueo de nidos de la tortuga golfina en las dos playas del noroeste de México. Posteriormente, se calcularon las estimaciones prospectivas de anidación para los próximos 30 años usando un modelo predictivo de series de tiempo. Resultados: Se identificó una correlación positiva y significativa entre el registro anual de nidos y el tiempo de estudio para ambas playas (rho = 0.850, P ≤ 0.01 para SPC; rho = 0.677 y P ≤ 0.01 para PC); así como el éxito de eclosión promedio de 65.09 para SPC y de 60.72 % para PC. El modelo predictivo de series de tiempo indicó que las anidaciones continuarán aumentando para el 2045, tres veces para SPC y seis para PC, con respecto al último año de monitoreo. Conclusiones: Hay una clara tendencia positiva de anidación de la tortuga golfina en ambos sitios, lo cual es consistente con la tendencia observada en otros estudios recientes de la región. Por lo tanto, sugerimos incluir a PC como un área de anidación legalmente protegida, la cual se ubica en los límites latitudinales de anidación de la tortuga golfina, dada la necesidad de contar con recursos disponibles para la operación del campamento ante el aumento de anidaciones y de problemas de depredación y saqueo. Porque en México operar una playa de anidación sin ningún estatus de protección implica no tener presupuesto para su manejo.

Population genetics of the fish Brycon henni (Characiformes: Bryconidae) using species-specific polymorphic microsatellite loci / Genética de poblaciones del pez Brycon henni (Characiformes: Bryconidae) utilizando loci microsatélites polimórficos especie-específicos

Introduction: The freshwater fish Brycon henni (Characiformes: Bryconidae) is endemic to Colombia and currently considered as a "least concern" species according to the International Union for Conservation of Nature (IUCN). Objective: To develop microsatellite markers to examine population genetics in B. henni. Methods: Using a low-coverage sequencing genomic library, this study developed the first set of microsatellite loci to study the population genetics of this Neotropical species. These loci were used to evaluate the genetic diversity and structure of B. henni from three sites of the Magdalena-Cauca Basin (Colombia). Results: A set of 21 polymorphic microsatellite loci was highly informative and revealed that B. henni exhibits genetic diversity (5.143-5.619 alleles/locus, observed and expected heterozygosity = 0.461-0.645 and 0.604-0.662, respectively) and is evenly genetically structured between two tributaries of the Cauca River separated by only 30 km (F'ST = 0.093, Jost's DEST = 0.311, P < 0.001) a finding that indicates these may be reproductively isolated groups. Conclusions: We reported a set of 21 polymorphic microsatellite loci that allowed the detection of genetic structure at local and regional scales. This population genetic structure, concordant with that found in eight congeners, is relevant when determining the risk categorization of B. henni, as well as management, conservation, and restocking programs for this species.

Introducción: El pez de agua dulce Brycon henni (Characiformes: Bryconidae) es una especie endémica de Colombia que actualmente está catalogada como de "menor preocupación" por la Unión Internacional para la Conservación de la Naturaleza (UICN). Objetivo: Desarrollar marcadores microsatélites para estudiar la genética poblacional de Brycon henni. Métodos: Usando una biblioteca genómica de secuenciación de baja cobertura, este estudio desarrolló el primer grupo de loci microsatélites para el estudio de la genética poblacional de esta especie neotropical. Estos loci fueron usados para evaluar la diversidad genética y estructura de B. henni en tres sitios de la cuenca Magdalena-Cauca (Colombia). Resultados: Un grupo de 21 loci polimórficos tipo microsatélite fueron altamente informativos y revelaron que B. henni exhibe diversidad genética (5.143-5.619 alelos/locus, heterocigosidad observada y esperada = 0.461-0.645 y 0.604-0.662, respectivamente) y se encuentra genéticamente estructurado entre dos tributarios del río Cauca separados únicamente por 30 km (F'ST = 0.093, Jost's DEST = 0.311, P < 0.001), un resultado que indica que puede existir aislamiento reproductivo entre dichos grupos. Conclusiones: Reportamos un grupo de 21 loci polimórficos tipo microsatélite que permitieron la detección de la estructura genética a escala local y regional. Esta estructura genética poblacional, concordante con lo que se reporta para otros ocho congéneres, es relevante al determinar la categorización de riesgo de B. henni, así como los programas de manejo, conservación y repoblamiento para esta especie.

Plants and butterflies of a small urban preserve in the Central Valley of Costa Rica / Plantas y mariposas de una pequeña reserva urbana en el Valle Central de Costa Rica

Costa Rica’s most populated area, the Central valley, has lost much of its natural habitat, and the little that remains has been altered to varying degrees. Yet few studies have been conducted to assess the need for conservation in this area. We present preliminary inventories of plants, butterflies, and day-flying moths of the Reserva Ecológica Leonelo Oviedo (RELO), a small Premontane Moist Forest preserve within the University of Costa Rica campus, located in the urbanized part of the valley. Butterflies are one of the best bio-indicators of a habitat’s health, because they are highly sensitive to environmental changes and are tightly linked to the local flora. A description of the RELO’s physical features and its history is also presented with illustrations. Approximately 432 species of ca. 334 genera in 113 families of plants were identified. However, only 57 % of them represent species native to the Premontane Moist Forest of the region; the rest are either exotic or species introduced mostly from lowland. More than 200 species of butterflies in six families, including Hesperiidae, have been recorded. Rev. Biol. Trop. 57 (Suppl. 1): 31-67. Epub 2009 November 30.

Por ser el área más poblada del país, el valle Central de Costa Rica perdió su hábitat natural; lo poco que queda ha sido alterado en grados variados. Sin embargo, se han realizado algunos estudios para evaluar la necesidad de conservación en esta área. Se presentan inventarios preliminares de plantas, mariposas y polillas diurnas de la Reserva Ecológica Leonelo Oviedo (RELO); una pequeña reserva de bosque húmedo premontano en del campus de la Universidad de Costa Rica, ubicado en la parte urbanizada del valle. Las mariposas diurnas son uno de los mejores bio-indicadores de la salud del hábitat, porque son muy sensibles a los cambios del ambiente y están estrechamente ligadas a la flora local. Se presenta también una descripción de los caracteres físicos y la historia de la RELO, con ilustraciones. Se identificaron aproximadamente 432 especies de ca. 334 géneros en 113 familias de plantas. Sin embargo, solamente 57% de ellas son especies nativas del bosque húmedo premontano de la región; el resto son especies exóticas o introducidas en su mayoría desde tierras bajas. Se han registrado más de 200 especies de mariposas diurnas en seis familias, incluyendo Hesperiidae.