Geração e análise comparativa de seqüências genômicas de Trypanosoma rangeli / Generation and comparative analysis of genomic sequences of Trypanosoma rangeli

RESUMO

O protozoário hemoflagelado Trypanosoma(Herpetosoma) rangeli Tejera,1920,(KinetoplastidaTrypanosomatidae) compartilha diversas espécies de hospedeiros invertebrados e vertebrados com T.cruzi,agente etiológico da doença de Chagas.Recentemente,foram publicados os genomas de 3 espécies de tripanosomatídeos de alta relevância em saúde humana(Tri-Tryps).Porém,espécies não-patogênicas não possuem o mesmo status,e como T.rangeli não determina nenhuma patogenia ao homem,poucos trabalhos no âmbito genômico tem sido desenvolvidos.Duas abordagens metodológicas têm sido utilizadas na busca de genes em diversas espécies,GSS(Genome Sequence Survey)que visa a geração de seqüências de clones de DNA genômico gerados aleatoriamente e EST(Expressed Sequence Tags)que visa a geração de seqüências a partir de bibliotecas de cDNA. Seqüenciamos 1.720 seqüências genômicas de T.rangeli cepa SC58 através de GSS.Foi também desenvolvido no âmbito do presente estudo um sistema de anotação de seqüências, chamado GARSA(Genomic Analysis Resources for Sequence Annotation).Neste sistema,é possível executar 21 programas de bioinformática,que vão desde a avaliação de qualidade e limpeza das seqüências até análise filogenética e domínios protéicos,numa forma simples e intuitiva.Após...seqüências não redundantes(GSS-nr).O conteúdo G+C das regiões codificantes foi de 55por cento.Análises de similaridade utilizando os programas BLAST e Interpro,identificaram similaridade em 68por cento das seqüências,sendo 53por cento proteínas hipotéticas de organismos pertencentes à mesma família,notadamente o T.cruzi.Também foram encontradas seqüências associadas ao processo de edição de mRNA(DEAD box helicase),bem como seqüências relacionadas a superfície do parasito,como trans-sialidase,metaloproteases e mucinas.Foram realizadas anotações funcionais baseadas no vocabulário proposto pelo Consórcio Gene Ontology,sendo que a maior parte das anotações dentro da categoria de função molecular está relacionada com RN