Muestra de saliva para diagnóstico de SARS-CoV-2 por RT-qPCR en población ambulatoria / Saliva sample for the diagnosis of SARS-CoV-2 by RT-qPCR in an outpatient population

RESUMEN

En El Salvador a la fecha, la técnica utilizada por el sistema nacional de salud para la obtención de la muestra para realizar PCR para SARS-CoV-2 es hisopado nasofaríngeo, diferentes investigadores han descrito la muestra de saliva como una muestra biológica útil para la detección de SARS-Cov-2, por esta razón se observa la oportunidad de aplicarla como una alternativa disponible para el diagnóstico de esta enfermedad. Evaluar la autotoma de muestra de saliva y secreción nasofaríngea por pacientes no hospitalizados como una alternativa de menor riesgo biológico y de menor costo que los hisopados nasofaríngeos convencionales. Se procesaron las muestras de una mezcla de saliva y secreción faríngea obtenida por carraspeo autotomada por el paciente; la amplificación se realizó por RT-qPCR de los genes E y RdRp. Las muestras positivas se reevaluaron desde su extracción para confirmar la estabilidad de material genético de SARS-CoV-2 en la saliva y secreción nasofaríngea. Resultados. El promedio de resultados positivos fue de 7,05 por cada 100 pruebas COVID-19 realizadas con hisopado, este resultado es similar al 8 % de positividad durante el mismo período de estudio utilizando como muestra saliva y secreción faríngea autotomada por el paciente. Las ocho muestras positivas mantuvieron su reactividad para los genes E y RdRp al primer, tercer y quinto mes posdiagnóstico inicial para los dos protocolos utilizados. De igual forma, los eluidos de ARN positivos iniciales se mantuvieron positivos al primer, tercer y quinto mes. Conclusión. La muestra de saliva y secreción faríngea y su utilización para el diagnóstico de infección por SARSCoV-2 podría ser una alternativa de bajo costo, no invasiva, al menos de igual utilidad que el hisopado nasofaríngeo para el estudio de población sintomática ambulatoria o con exposición a nivel comunitario

ABSTRACT

In El Salvador to date, the technique used by the national health system to obtain the sample to perform PCR for SARS-CoV-2 is nasopharyngeal swab, different researchers have described the saliva sample as a useful biological sample for the detection of SARS-Cov-2, for this reason the opportunity to apply it as an available alternative for the diagnosis of this disease is observed. To evaluate self-sampling of saliva and nasopharyngeal secretion by non-hospitalized patients as an alternative with lower biological risk and lower cost than conventional nasopharyngeal swabs. Samples of a mixture of saliva and pharyngeal secretion obtained by clearing the patient's throat were processed; amplification was carried out by RT-qPCR of the E and RdRp genes. Positive samples were re-evaluated from extraction to confirm the stability of SARS-CoV-2 genetic material in saliva and nasopharyngeal secretion. Results. The average of positive results was 7.05 per 100 COVID-19 tests performed with swabs, this result is similar to the 8% positivity during the same study period using saliva and pharyngeal secretion self-collected by the patient as a sample. The eight positive samples maintained their reactivity for the E and RdRp genes at the first, third and fifth month after initial diagnosis for the two protocols used. Similarly, the initial positive RNA eluates remained positive at the first, third, and fifth months. Conclution. The sample of saliva and pharyngeal secretion and its use for the diagnosis of infection by SARSCoV-2 could be a low-cost, non-invasive alternative, at least as useful as the nasopharyngeal swab for the study of the outpatient symptomatic population or those with exposure to community level