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COVID-19 diagnosis by RT-qPCR in alternative specimens
Gonçalves, Cássia Cristina Alves; Barroso, Shana Priscila Coutinho; Herlinger, Alice Laschuk; Galliez, Rafael de Mello; de Almeida, Tailah Bernardo; Boullosa, Lidia Theodoro; Nascimento, Erica Ramos dos Santos; de Almeida, Jessica M; da Costa, Raissa Mirella dos Santos Cunha; da Paixão, Tatiana Monteiro; Couceiro, José Nelson dos Santos Silva; Frauches, Thiago Silva; de Souza Jr, Wilson Rodrigues; Costa, Andréa Ribeiro; Faffe, Débora Souza; Leitão, Isabela de Carvalho; da Silva, Bianca Ortiz; de Lira, Guilherme SantAnna; de Almeida, Isabela Labarba Carvalho; Ferreira Jr, Orlando da Costa; Castiñeiras, Terezinha Marta Pereira Pinto; Mariani, Diana; Tanuri, Amilcar.
  • Gonçalves, Cássia Cristina Alves; Universidade Federal do Rio de Janeiro. Instituto de Biologia. Departamento de Genética, Laboratório de Virologia Molecular. Rio de Janeiro. BR
  • Barroso, Shana Priscila Coutinho; Hospital Naval Marcílio Dias. Instituto de Pesquisas Biomédicas. Laboratório de Biologia Molecular. Rio de Janeiro. BR
  • Herlinger, Alice Laschuk; Universidade Federal do Rio de Janeiro. Instituto de Biologia. Departamento de Genética, Laboratório de Virologia Molecular. Rio de Janeiro. BR
  • Galliez, Rafael de Mello; Universidade Federal do Rio de Janeiro. Faculdade de Medicina. Departamento de Doenças Infecciosas e Parasitárias. Rio de Janeiro. BR
  • de Almeida, Tailah Bernardo; Instituto de Estudos do Mar Almirante Paulo Moreira. Departamento de Biotecnologia Marinha. Arraial do Cabo. BR
  • Boullosa, Lidia Theodoro; Universidade Federal do Rio de Janeiro. Instituto de Biologia. Departamento de Genética, Laboratório de Virologia Molecular. Rio de Janeiro. BR
  • Nascimento, Erica Ramos dos Santos; Universidade Federal do Rio de Janeiro. Instituto de Biologia. Departamento de Genética, Laboratório de Virologia Molecular. Rio de Janeiro. BR
  • de Almeida, Jessica M; Universidade Federal do Rio de Janeiro. Instituto de Biologia. Departamento de Genética, Laboratório de Virologia Molecular. Rio de Janeiro. BR
  • da Costa, Raissa Mirella dos Santos Cunha; Universidade Federal do Rio de Janeiro. Instituto de Biologia. Departamento de Genética, Laboratório de Virologia Molecular. Rio de Janeiro. BR
  • da Paixão, Tatiana Monteiro; Hospital Naval Marcílio Dias. Divisão de Doenças Infecto-Parasitárias. Rio de Janeiro. BR
  • Couceiro, José Nelson dos Santos Silva; Universidade Federal do Rio de Janeiro. Instituto de Microbiologia Paulo de Góes. Rio de Janeiro. BR
  • Frauches, Thiago Silva; LACEN - Laboratório Central Dr Francisco Rimolo Neto. Maricá. BR
  • de Souza Jr, Wilson Rodrigues; LACEN - Laboratório Central Dr Francisco Rimolo Neto. Maricá. BR
  • Costa, Andréa Ribeiro; LACEN - Laboratório Central Dr Francisco Rimolo Neto. Maricá. BR
  • Faffe, Débora Souza; Universidade Federal do Rio de Janeiro. Instituto de Biofísica. Rio de Janeiro. BR
  • Leitão, Isabela de Carvalho; Universidade Federal do Rio de Janeiro. Instituto de Biofísica. Rio de Janeiro. BR
  • da Silva, Bianca Ortiz; Universidade Federal do Rio de Janeiro. Centro de Ciências da Saúde. Decania. Rio de Janeiro. BR
  • de Lira, Guilherme SantAnna; Universidade Federal do Rio de Janeiro. Faculdade de Medicina. Departamento de Doenças Infecciosas e Parasitárias. Rio de Janeiro. BR
  • de Almeida, Isabela Labarba Carvalho; Universidade Federal do Rio de Janeiro. Faculdade de Medicina. Departamento de Doenças Infecciosas e Parasitárias. Rio de Janeiro. BR
  • Ferreira Jr, Orlando da Costa; Universidade Federal do Rio de Janeiro. Instituto de Biologia. Departamento de Genética, Laboratório de Virologia Molecular. Rio de Janeiro. BR
  • Castiñeiras, Terezinha Marta Pereira Pinto; Universidade Federal do Rio de Janeiro. Faculdade de Medicina. Departamento de Doenças Infecciosas e Parasitárias. Rio de Janeiro. BR
  • Mariani, Diana; Universidade Federal do Rio de Janeiro. Instituto de Biologia. Departamento de Genética, Laboratório de Virologia Molecular. Rio de Janeiro. BR
  • Tanuri, Amilcar; Universidade Federal do Rio de Janeiro. Instituto de Biologia. Departamento de Genética, Laboratório de Virologia Molecular. Rio de Janeiro. BR
Mem. Inst. Oswaldo Cruz ; 116: e210085, 2021. graf
Article in English | LILACS | ID: biblio-1287339
ABSTRACT
BACKGROUND The high demand for adequate material for the gold standard reverse transcription real-time polymerase chain reaction (RT-qPCR)-based diagnosis imposed by the Coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic, combined with the inherent contamination risks for healthcare workers during nasopharyngeal swab (NP) sample collection and the discomfort it causes patients, brought the need to identify alternative specimens suitable for the diagnosis of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2). OBJECTIVES The aim of this work was to compare saliva and gingival fluid swabs to NP swabs as specimens for RT-qPCR-based SARS-CoV-2 diagnosis. METHODS We compared gingival fluid swabs (n = 158) and saliva (n = 207) to the rayon-tipped NP swabs obtained from mild-symptomatic and asymptomatic subjects as specimens for RT-qPCR for SARS-CoV-2 detection. FINDINGS When compared to NP swabs, gingival fluid swabs had a concordance rate of 15.4% among positive samples, zero among inconclusive, and 100% among negative ones. For saliva samples, the concordance rate was 67.6% among positive samples, 42.9% among inconclusive, and 96.8% among negative ones. However, the concordance rate between saliva and NP swabs was higher (96.9%) within samples with lower cycle threshold (Ct) values (Ct > 10 ≤ 25). MAIN CONCLUSIONS Our data suggests that whereas gingival fluid swabs are not substitutes for NP swabs, saliva might be considered whenever NP swabs are not available or recommended.
Subject(s)


Full text: Available Index: LILACS (Americas) Main subject: COVID-19 Testing / COVID-19 Type of study: Diagnostic study / Prognostic study Limits: Humans Language: English Journal: Mem. Inst. Oswaldo Cruz Journal subject: Tropical Medicine / Parasitology Year: 2021 Type: Article Affiliation country: Brazil Institution/Affiliation country: Hospital Naval Marcílio Dias/BR / Instituto de Estudos do Mar Almirante Paulo Moreira/BR / LACEN - Laboratório Central Dr Francisco Rimolo Neto/BR / Universidade Federal do Rio de Janeiro/BR

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Full text: Available Index: LILACS (Americas) Main subject: COVID-19 Testing / COVID-19 Type of study: Diagnostic study / Prognostic study Limits: Humans Language: English Journal: Mem. Inst. Oswaldo Cruz Journal subject: Tropical Medicine / Parasitology Year: 2021 Type: Article Affiliation country: Brazil Institution/Affiliation country: Hospital Naval Marcílio Dias/BR / Instituto de Estudos do Mar Almirante Paulo Moreira/BR / LACEN - Laboratório Central Dr Francisco Rimolo Neto/BR / Universidade Federal do Rio de Janeiro/BR