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Comunidades de hongos actinomicetos en tres tipos de vegetación de la Amazonia colombiana: abundancia, morfotipos y el gen 16s ADNr
Cardona, Gladys Inés; Peña-Venegas, Clara Patricia; Ruiz-García, Manuel.
  • Cardona, Gladys Inés; Instituto Amazonico de Investigaciones Científicas- SINCHI. Bogota DC. CO
  • Peña-Venegas, Clara Patricia; Pontificia Universidad Javeriana. Facultad de Ciencias. Departamento de Biología. Laboratotio de Genética de Poblaciones Molecular y Biología Evolutiva. Bogota DC. CO
  • Ruiz-García, Manuel; Pontificia Universidad Javeriana. Facultad de Ciencias. Departamento de Biología. Laboratotio de Genética de Poblaciones Molecular y Biología Evolutiva. Bogota DC. CO
Rev. biol. trop ; 57(4): 1119-1139, dic. 2009. ilus, graf, mapas, tab
Article in Spanish | LILACS | ID: lil-637749
ABSTRACT
Communities of Actynomicetes fungy in three vegetation types of the Colombian Amazon abundance, morphotypes and the 16s rDNA gene. Among soil microorganisms, Actinomycetes play an important role in the sustainability of natural and agricultural systems decomposition of organic matter; degradation of recalcitrant compounds like lignin; nitrogen fixation; degradation of agricultural chemicals and biological control in plants and animals. We evaluated their diversity in soils under three different vegetation covers (pasture, tropical primary forest and stubble) at two depths in the Southern Colombian Amazon border. We collected five replicates per vegetation type (in each, three samples at 0-20cm and three at 20-30cm; for a total of 30 samples). Abundance and phenotypic diversity were determined by plate counting. Genomic DNA was extracted from the isolates the 16s rDNA gene was amplified with specific primers, and its genetic diversity was estimated by means of an amplified restriction analysis (ARDRA). Actynomicetes abundance varied with vegetation and depth, possibly reflecting presence of earthworms, macro-fauna and physico-chemical characteristics associated to fertility, as well as organic matter, total bases, and optimal capacity to cationic interchange. Primary forests had the highest diversity. Sixteen morpho-types (six genera) were identified; Streptomyces was the most abundant everywhere. The heterogeneity of ARDRA patterns prevented species identification because of the intra-species variability in sequences of 16s rDNA operons. This community is a biological indicator of landscape alteration and could include new bio-active compounds of pharmaceutical interest. Rev. Biol. Trop. 57 (4) 1119-1139. Epub 2009 December 01.
RESUMEN
Los actinomicetos son importantes en la sostenibilidad de sistemas naturales. Su diversidad fue evaluada en suelos de bosque, pastizal y rastrojo, y dos profundidades en el Sur del Trapecio Amazónico Colombiano. Se analizaron suelos de cinco repeticiones por cobertura para un total de 15 unidades. Se tomaron seis muestras en cada unidad y dos profundidades, para un total de 30. Los actinomicetos cultivables se determinaron por recuento en placa, se extrajo ADN, se amplificó el gen ADNr 16s y su diversidad genética se estimó por ARDRA. Hubo diferencias de abundancia entre coberturas y profundidades, relacionadas con la vegetación, presencia de lombrices, macrofauna, altos niveles de materia orgánica, y bases totales. Se obtuvieron valores de diversidad fenotípica similares para las tres coberturas, pero los bosques son más diversos. Se identificaron 16 morfotipos, agrupados en séis géneros, siendo Streptomyces el más abundante. La heterogeneidad de los patrones ARDRA no permitió la asignación de especies, reflejándose variaciones en las secuencias de diferentes operones ADNr 16s en un mismo organismo. Las perturbaciones en la cobertura influyen sobre los actinomicetos, generando cambios en su abundancia y diversidad. Su importancia ecológica permite proponerlos como indicadores biológicos de alteración del paisaje.
Subject(s)

Full text: Available Index: LILACS (Americas) Main subject: Soil Microbiology / Trees / DNA, Ribosomal / Actinobacteria / Poaceae Type of study: Prognostic study Country/Region as subject: South America / Colombia Language: Spanish Journal: Rev. biol. trop Journal subject: Biology / Tropical Medicine Year: 2009 Type: Article Affiliation country: Colombia Institution/Affiliation country: Instituto Amazonico de Investigaciones Científicas- SINCHI/CO / Pontificia Universidad Javeriana/CO

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