Development of a Real-time PCR test for porcine group A rotavirus diagnosis / Desenvolvimento de um teste de PCR em Tempo Real para o diagnóstico de rotavírus suínos do Grupo A
Pesqui. vet. bras
; 35(1): 39-43, 01/2015. tab
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| LILACS
| ID: lil-746562
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BR68.1
ABSTRACT
Group A Rotavirus (RVA) is one of the most common causes of diarrhea in humans and several animal species. A SYBR-Green Real-Time polymerase chain reaction (PCR) was developed to diagnose RVA from porcine fecal samples, targeting amplification of a 137-bp fragment of nonstructural protein 5 (NSP5) gene using mRNA of bovine NADH-desidrogenase-5 as exogenous internal control. Sixty-five samples were tested (25 tested positive for conventional PCR and genetic sequencing). The overall agreement (kappa) was 0.843, indicating 'very good' concordance between tests, presenting 100% of relative sensitivity (25+ Real Time PCR/25+ Conventional PCR) and 87.5% of relative sensitivity (35- Real Time PCR/40- Conventional PCR). The results also demonstrated high intra- and inter-assay reproducibility (coefficient of variation ≤1.42%); thus, this method proved to be a fast and sensitive approach for the diagnosis of RVA in pigs...
RESUMO
Rotavírus do grupo A (RVA) é uma das causas mais frequentes de diarreias em humanos e várias espécies animais. Um teste de PCR em Tempo Real com SYBR-Green foi desenvolvido visando o diagnóstico de RVA a partir de fezes suínas, através da amplificação de um fragmento de 137 pares de bases do gene da proteína não estrutural 5 (NSP5) viral e de mRNA de NADH-desidrogenase-5 bovina como controle interno exógeno. Foram testadas 65 amostras (25 delas positivas por PCR convencional e sequenciamento nucleotídico). A concordância entre os testes foi de 0,843, considerada "muito boa", apresentando 100% de sensibilidade relativa (25+ PCR Tempo Real/25+ PCR convencional) e 87,5% de sensibilidade relativa (35- PCR Tempo Real/40- PCR convencional). Os resultados também demonstraram elevada reprodutibilidade inter e intra-ensaio (coeficiente de variação ≤ 1,42%); portanto, este método demonstrou ser uma rápida e sensível alternativa para o diagnóstico de RVA em suínos...
Key words
Полный текст:
1
База данных:
LILACS
Основная тема:
Rotavirus Infections
/
Swine
/
Rotavirus
/
Real-Time Polymerase Chain Reaction
Тип исследования:
Diagnostic_studies
Пределы темы:
Animals
/
Humans
Язык:
En
Журнал:
Pesqui. vet. bras
Тематика журнала:
MEDICINA VETERINARIA
Год:
2015
Тип:
Article
/
Project document