Detalles de la búsqueda
1.
HIPPO: HIstogram-based Pseudo-POtential for scoring protein-ssRNA fragment-based docking poses.
BMC Bioinformatics
; 25(1): 129, 2024 Mar 26.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-38532339
2.
Exploration of DNA processing features unravels novel properties of ICE conjugation in Gram-positive bacteria.
Nucleic Acids Res
; 50(14): 8127-8142, 2022 08 12.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-35849337
3.
ProtNAff: protein-bound Nucleic Acid filters and fragment libraries.
Bioinformatics
; 38(16): 3911-3917, 2022 08 10.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-35775902
4.
Conformational variability in proteins bound to single-stranded DNA: A new benchmark for new docking perspectives.
Proteins
; 90(3): 625-631, 2022 03.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-34617336
5.
Singular Interface Dynamics of the SARS-CoV-2 Delta Variant Explained with Contact Perturbation Analysis.
J Chem Inf Model
; 62(12): 3107-3122, 2022 06 27.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-35754360
6.
Using restraints in EROS-DOCK improves model quality in pairwise and multicomponent protein docking.
Proteins
; 88(8): 1121-1128, 2020 08.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-32506478
7.
EROS-DOCK: protein-protein docking using exhaustive branch-and-bound rotational search.
Bioinformatics
; 35(23): 5003-5010, 2019 12 01.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-31125060
8.
Modeling large protein-glycosaminoglycan complexes using a fragment-based approach.
J Comput Chem
; 40(14): 1429-1439, 2019 05 30.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30768805
9.
Germline CDKN2A/P16INK4A mutations contribute to genetic determinism of sarcoma.
J Med Genet
; 54(9): 607-612, 2017 09.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-28592523
10.
Protein-protein and peptide-protein docking and refinement using ATTRACT in CAPRI.
Proteins
; 85(3): 391-398, 2017 03.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-27785830
11.
Binding Site Identification and Flexible Docking of Single Stranded RNA to Proteins Using a Fragment-Based Approach.
PLoS Comput Biol
; 12(1): e1004697, 2016 Jan.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-26815409
12.
Cryo-EM Data Are Superior to Contact and Interface Information in Integrative Modeling.
Biophys J
; 110(4): 785-97, 2016 Feb 23.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-26846888
13.
Structure and target interaction of a G-quadruplex RNA-aptamer.
RNA Biol
; 13(10): 973-987, 2016 Oct 02.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-27471797
14.
A web interface for easy flexible protein-protein docking with ATTRACT.
Biophys J
; 108(3): 462-5, 2015 Feb 03.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-25650913
15.
Hotspot mutations in KIT receptor differentially modulate its allosterically coupled conformational dynamics: impact on activation and drug sensitivity.
PLoS Comput Biol
; 10(7): e1003749, 2014 Jul.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-25079768
16.
CroMaSt: a workflow for assessing protein domain classification by cross-mapping of structural instances between domain databases and structural alignment.
Bioinform Adv
; 3(1): vbad081, 2023.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-37431435
17.
Experiences with a training DSW knowledge model for early-stage researchers.
Open Res Eur
; 3: 97, 2023.
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| MEDLINE | ID: mdl-37645489
18.
Mutation D816V alters the internal structure and dynamics of c-KIT receptor cytoplasmic region: implications for dimerization and activation mechanisms.
PLoS Comput Biol
; 7(6): e1002068, 2011 Jun.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-21698178
19.
The First 3D Model of the Full-Length KIT Cytoplasmic Domain Reveals a New Look for an Old Receptor.
Sci Rep
; 10(1): 5401, 2020 03 25.
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| MEDLINE | ID: mdl-32214210
20.
Docking software performance in protein-glycosaminoglycan systems.
J Mol Graph Model
; 90: 42-50, 2019 07.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-30959268