Detalles de la búsqueda
1.
Divergent genomic trajectories predate the origin of animals and fungi.
Nature
; 609(7928): 747-753, 2022 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36002568
2.
AleRax: a tool for gene and species tree co-estimation and reconciliation under a probabilistic model of gene duplication, transfer, and loss.
Bioinformatics
; 40(4)2024 Mar 29.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38514421
3.
Compositionally Constrained Sites Drive Long-Branch Attraction.
Syst Biol
; 72(4): 767-780, 2023 08 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36946562
4.
Recoding Amino Acids to a Reduced Alphabet may Increase or Decrease Phylogenetic Accuracy.
Syst Biol
; 72(3): 723-737, 2023 Jun 17.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35713492
5.
SpeciesRax: A Tool for Maximum Likelihood Species Tree Inference from Gene Family Trees under Duplication, Transfer, and Loss.
Mol Biol Evol
; 39(2)2022 02 03.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35021210
6.
Relative Time Constraints Improve Molecular Dating.
Syst Biol
; 71(4): 797-809, 2022 06 16.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34668564
7.
Distinguishing excess mutations and increased cell death based on variant allele frequencies.
PLoS Comput Biol
; 18(4): e1010048, 2022 04.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35468135
8.
A compartment size-dependent selective threshold limits mutation accumulation in hierarchical tissues.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 117(3): 1606-1611, 2020 01 21.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31907322
9.
Resurrection of Ancestral Malate Dehydrogenases Reveals the Evolutionary History of Halobacterial Proteins: Deciphering Gene Trajectories and Changes in Biochemical Properties.
Mol Biol Evol
; 38(9): 3754-3774, 2021 08 23.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33974066
10.
Scalable Empirical Mixture Models That Account for Across-Site Compositional Heterogeneity.
Mol Biol Evol
; 37(12): 3616-3631, 2020 12 16.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32877529
11.
GeneRax: A Tool for Species-Tree-Aware Maximum Likelihood-Based Gene Family Tree Inference under Gene Duplication, Transfer, and Loss.
Mol Biol Evol
; 37(9): 2763-2774, 2020 09 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32502238
12.
Zombi: a phylogenetic simulator of trees, genomes and sequences that accounts for dead linages.
Bioinformatics
; 36(4): 1286-1288, 2020 02 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31566657
13.
Integrative modeling of gene and genome evolution roots the archaeal tree of life.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 114(23): E4602-E4611, 2017 06 06.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28533395
14.
RecPhyloXML: a format for reconciled gene trees.
Bioinformatics
; 34(21): 3646-3652, 2018 11 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29762653
15.
How Long Does Wolbachia Remain on Board?
Mol Biol Evol
; 34(5): 1183-1193, 2017 05 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28201740
16.
Gene Acquisitions from Bacteria at the Origins of Major Archaeal Clades Are Vastly Overestimated.
Mol Biol Evol
; 33(2): 305-10, 2016 Feb.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26541173
17.
ecceTERA: comprehensive gene tree-species tree reconciliation using parsimony.
Bioinformatics
; 32(13): 2056-8, 2016 07 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27153713
18.
Toward more accurate ancestral protein genotype-phenotype reconstructions with the use of species tree-aware gene trees.
Mol Biol Evol
; 32(1): 13-22, 2015 Jan.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25371435
19.
Genome-scale coestimation of species and gene trees.
Genome Res
; 23(2): 323-30, 2013 Feb.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23132911
20.
Joint amalgamation of most parsimonious reconciled gene trees.
Bioinformatics
; 31(6): 841-8, 2015 Mar 15.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-25380957