Detalles de la búsqueda
1.
Overview and applications of map and model validation tools in the CCP-EM software suite.
Faraday Discuss
; 240(0): 196-209, 2022 11 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35916020
2.
TopoStats - A program for automated tracing of biomolecules from AFM images.
Methods
; 193: 68-79, 2021 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33548405
3.
Comparing Cryo-EM Reconstructions and Validating Atomic Model Fit Using Difference Maps.
J Chem Inf Model
; 60(5): 2552-2560, 2020 05 26.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32043355
4.
Structural basis of human kinesin-8 function and inhibition.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 114(45): E9539-E9548, 2017 11 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29078367
5.
Cryo-electron microscopy targets in CASP13: Overview and evaluation of results.
Proteins
; 87(12): 1128-1140, 2019 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31576602
6.
Improved metrics for comparing structures of macromolecular assemblies determined by 3D electron-microscopy.
J Struct Biol
; 199(1): 12-26, 2017 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28552721
7.
Map/model validation and machine learning in EM: general discussion.
Faraday Discuss
; 240(0): 229-242, 2022 11 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36254744
8.
Refinement of atomic models in high resolution EM reconstructions using Flex-EM and local assessment.
Methods
; 100: 42-9, 2016 05 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26988127
9.
The beta hairpin structure within ribosomal protein S5 mediates interplay between domains II and IV and regulates HCV IRES function.
Nucleic Acids Res
; 43(5): 2888-901, 2015 Mar 11.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25712089
10.
Structural and mechanistic insights into human splicing factor SF3b complex derived using an integrated approach guided by the cryo-EM density maps.
RNA Biol
; 13(10): 1025-1040, 2016 10 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27618338
11.
Re-analysis of cryoEM data on HCV IRES bound to 40S subunit of human ribosome integrated with recent structural information suggests new contact regions between ribosomal proteins and HCV RNA.
RNA Biol
; 11(7): 891-905, 2014.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25268799
12.
Identification of specific DNA binding residues in the TCP family of transcription factors in Arabidopsis.
Plant Cell
; 22(4): 1174-89, 2010 Apr.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-20363772
13.
Cis-trans isomerization of omega dihedrals in proteins.
Amino Acids
; 45(2): 279-89, 2013 Aug.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23728840
14.
iPBA: a tool for protein structure comparison using sequence alignment strategies.
Nucleic Acids Res
; 39(Web Server issue): W18-23, 2011 Jul.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-21586582
15.
Cis-trans peptide variations in structurally similar proteins.
Amino Acids
; 43(3): 1369-81, 2012 Sep.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-22227866
16.
Atomic model validation using the CCP-EM software suite.
Acta Crystallogr D Struct Biol
; 78(Pt 2): 152-161, 2022 Feb 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35102881
17.
Species specific amino acid sequence-protein local structure relationships: An analysis in the light of a structural alphabet.
J Theor Biol
; 276(1): 209-17, 2011 May 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-21333657
18.
Cryo-EM Map-Based Model Validation Using the False Discovery Rate Approach.
Front Mol Biosci
; 8: 652530, 2021.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34084774
19.
Assessment of protein-protein interfaces in cryo-EM derived assemblies.
Nat Commun
; 12(1): 3399, 2021 06 07.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-34099703
20.
TEMPy2: a Python library with improved 3D electron microscopy density-fitting and validation workflows.
Acta Crystallogr D Struct Biol
; 77(Pt 1): 41-47, 2021 Jan 01.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-33404524