RESUMEN
Abstract speciesLink is a large-scale biodiversity information portal that exists thanks to a broad collaborative network of people and institutions. CRIA's involvement with the scientific community of Brazil and other countries is responsible for the significant results achieved, currently reaching more than 15 million primary biodiversity data records, 95% of which are associated with preserved specimens and about 25% with high-quality digital images. The network provides data on over 200,000 species, of which over 110,000 occur in Brazil. This article describes thematic networks within speciesLink, as well as some of the most useful tools developed. The importance and contributions of speciesLink are outlined, as are concerns about securing stable budgetary support for such biodiversity data e-infrastructures. Here we review the value of speciesLink as a major source of biodiversity information for research, education, informed decision-making, policy development, and bioeconomy.
Resumo speciesLink é um portal de informações em larga escala sobre biodiversidade, que existe graças a uma ampla rede colaborativa de pessoas e instituições. O envolvimento do CRIA com a comunidade científica do Brasil e de outros países é responsável pelos resultados expressivos alcançados, atingindo atualmente mais de 15 milhões de registros de dados primários de biodiversidade, sendo 95% associados a espécimes preservados e cerca de 25% a imagens digitais de alta qualidade. A rede fornece dados sobre mais de 200.000 espécies, das quais mais de 110.000 ocorrem no Brasil. Este artigo descreve as redes temáticas do speciesLink, bem como algumas das ferramentas mais úteis desenvolvidas. A importância e as contribuições do speciesLink são destacadas, assim como as preocupações em garantir um apoio financeiro estável para e-infraestruturas de dados sobre biodiversidade. Aqui revisamos o valor do speciesLink como uma das principais fontes de informação sobre biodiversidade para pesquisa, educação, tomada de decisão, desenvolvimento de políticas e bioeconomia.
RESUMEN
Bignoniaceae is a Pantropical plant family that is especially abundant in the Neotropics. Members of the Bignoniaceae are diverse in many ecosystems and represent key components of the Tropical flora. Despite the ecological importance of the Bignoniaceae and all the efforts to reconstruct the phylogeny of this group, whole chloroplast genome information has not yet been reported for any members of the family. Here, we report the complete chloroplast genome sequence of Tanaecium tetragonolobum (Jacq.) L.G. Lohmann, which was reconstructed using de novo and referenced-based assembly of single-end reads generated by shotgun sequencing of total genomic DNA in an Illumina platform. The gene order and organization of the chloroplast genome of T. tetragonolobum exhibits the general structure of flowering plants, and is similar to other Lamiales chloroplast genomes. The chloroplast genome of T. tetragonolobum is a circular molecule of 153,776 base pairs (bp) with a quadripartite structure containing two single copy regions, a large single copy region (LSC, 84,612 bp) and a small single copy region (SSC, 17,586 bp) separated by inverted repeat regions (IRs, 25,789 bp). In addition, the chloroplast genome of T. tetragonolobum has 38.3% GC content and includes 121 genes, of which 86 are protein-coding, 31 are transfer RNA, and four are ribosomal RNA. The chloroplast genome of T. tetragonolobum presents a total of 47 tandem repeats and 347 simple sequence repeats (SSRs) with mononucleotides being the most common and di-, tri-, tetra-, and hexanucleotides occurring with less frequency. The results obtained here were compared to other chloroplast genomes of Lamiales available to date, providing new insight into the evolution of chloroplast genomes within Lamiales. Overall, the evolutionary rates of genes in Lamiales are lineage-, locus-, and region-specific, indicating that the evolutionary pattern of nucleotide substitution in chloroplast genomes of flowering plants is complex. The discovery of tandem repeats within T. tetragonolobum and the presence of divergent regions between chloroplast genomes of Lamiales provides the basis for the development of markers at various taxonomic levels. The newly developed markers have the potential to greatly improve the resolution of molecular phylogenies.
Asunto(s)
Bignoniaceae/genética , Cloroplastos/genética , Genoma de Planta , Orgánulos/metabolismoRESUMEN
O projeto Flora Fanerogâmica do Estado de São Paulo tem se dedicado a inventariar a flora paulistana há quase 20 anos. Conta com a atuação de mais de 200 colaboradores, a maioria do próprio estado, além de pesquisadores de outros estados e do exterior. Desde 2001, foram publicados sete volumes com as monografias de 151 famílias, contendo 3.237 espécies em 722 gêneros. Este projeto foi o ponto de partida para o conhecimento da diversidade das espécies de espermatófitas do estado de São Paulo. A apresentação do checklist neste momento é oportuna por constituir a produção de uma listagem das espécies com identificações certificadas pelos especialistas, além de conter a referência de uma coleção de herbário para a maior parte dos táxons (material-testemunho) ou referência à bibliografia em que a espécie é citada como ocorrente, de forma nativa ou subespontânea, no estado. Dessa forma, é aqui apresentada a listagem das espermatófitas do estado de São Paulo, com 7.305 espécies, distribuídas em 1.776 gêneros e em 197 famílias (segundo Cronquist 1981) ou então 195 (segundo o APG III). Em relação à flora do Brasil, com 31.728 espécies de espermatófitas, o estado São Paulo compartilha de 23% dessas espécies. As famílias mais representativas são Orchidaceae (797 espécies), Asteraceae (676 espécies), Fabaceae (513 espécies), Poaceae (500 espécies), Myrtaceae (304), Rubiaceae (265 espécies) e Melastomataceae (253 espécies) que, juntas, somam 3.308 espécies e constituem mais de 45% do total de espécies de espermatófitas do estado. Considerando a grande diversidade vegetal brasileira, parcialmente expressa em um estado, depreende-se a grande importância da continuidade dos estudos florísticos no Brasil, país provavelmente detentor da maior diversidade vegetal do planeta.
The Phanerogamic Flora of São Paulo State project has been dedicated to create an inventory of the flora for 20 years. More than 200 collaborators are involved, mostly from the State of São Paulo, with the contributions of researchers from other states and from abroad. Since 2001, seven books with monographs of 151 families were published, dealing with 3,237 species within 722 genera. This project was the starting-point of the gathering of information about the diversity of spermatophytes of the State of São Paulo. The current checklist, at this point, presents an updated and virtually complete list of species, all certified by specialists. It also contains references to scientific collections for most of the taxa (vouchers) or to bibliography referring to the natural or subspontaneous occurrence of the species in the State. The list now contains 7,305 species distributed in 1,776 genera and in 197 spermatophyte families (according to Cronquist 1981) or 195 (according to APG III). 23% of the 31,728 species of spermatophytes listed in the Flora of Brazil occur in São Paulo State. The most representative families are Orchidaceae (797 species), Asteraceae (676 species), Fabaceae (513 species), Poaceae (500 species), Myrtaceae (304), Rubiaceae (265 species) and Melastomataceae (253 species), which, altogether, accumulate 3,308 species and constitute 45% of total species of spermatophytes in the state. The wealth of the Brazilian plant diversity, partially expressed in São Paulo, shows how important is the continuity of floristic studies in a country that is very likely to hold the largest plant diversity in the planet.