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1.
The DynaSig-ML Python package: automated learning of biomolecular dynamics-function relationships.
Bioinformatics
; 39(4)2023 04 03.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37079725
2.
Sequence-sensitive elastic network captures dynamical features necessary for miR-125a maturation.
PLoS Comput Biol
; 18(12): e1010777, 2022 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36516216
3.
RNA-Puzzles Round IV: 3D structure predictions of four ribozymes and two aptamers.
RNA
; 26(8): 982-995, 2020 08.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-32371455
4.
CAMAP: Artificial neural networks unveil the role of codon arrangement in modulating MHC-I peptides presentation.
PLoS Comput Biol
; 17(10): e1009482, 2021 10.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-34679099
5.
The sequence features that define efficient and specific hAGO2-dependent miRNA silencing guides.
Nucleic Acids Res
; 46(16): 8181-8196, 2018 09 19.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30239883
6.
RNA-Puzzles Round III: 3D RNA structure prediction of five riboswitches and one ribozyme.
RNA
; 23(5): 655-672, 2017 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28138060
7.
Autism-related deficits via dysregulated eIF4E-dependent translational control.
Nature
; 493(7432): 371-7, 2013 Jan 17.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23172145
8.
RNA-MoIP: prediction of RNA secondary structure and local 3D motifs from sequence data.
Nucleic Acids Res
; 45(W1): W440-W444, 2017 07 03.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28525607
9.
Structural dynamics control the MicroRNA maturation pathway.
Nucleic Acids Res
; 44(20): 9956-9964, 2016 Nov 16.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27651454
10.
RNA-Puzzles Round II: assessment of RNA structure prediction programs applied to three large RNA structures.
RNA
; 21(6): 1066-84, 2015 Jun.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25883046
11.
MiRBooking simulates the stoichiometric mode of action of microRNAs.
Nucleic Acids Res
; 43(14): 6730-8, 2015 Aug 18.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26089388
12.
Computational identification of RNA functional determinants by three-dimensional quantitative structure-activity relationships.
Nucleic Acids Res
; 42(17): 11261-71, 2014.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25200082
13.
Noncoding regions of C. elegans mRNA undergo selective adenosine to inosine deamination and contain a small number of editing sites per transcript.
RNA Biol
; 12(2): 162-74, 2015.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25826568
14.
RNA-Puzzles: a CASP-like evaluation of RNA three-dimensional structure prediction.
RNA
; 18(4): 610-25, 2012 Apr.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-22361291
15.
The MC-Fold and MC-Sym pipeline infers RNA structure from sequence data.
Nature
; 452(7183): 51-5, 2008 Mar 06.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-18322526
16.
Corrigendum: RNA-MoIP: prediction of RNA secondary structure and local 3D motifs from sequence data.
Nucleic Acids Res
; 45(W1): W573, 2017 07 03.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28666332
17.
NMR structure of a 4 x 4 nucleotide RNA internal loop from an R2 retrotransposon: identification of a three purine-purine sheared pair motif and comparison to MC-SYM predictions.
RNA
; 17(9): 1664-77, 2011 Sep.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-21778280
18.
Towards 3D structure prediction of large RNA molecules: an integer programming framework to insert local 3D motifs in RNA secondary structure.
Bioinformatics
; 28(12): i207-14, 2012 Jun 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-22689763
19.
Automatic recognition of complementary strands: lessons regarding machine learning abilities in RNA folding.
Front Genet
; 14: 1254226, 2023.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-37732325
20.
D-ORB: A Web Server to Extract Structural Features of Related But Unaligned RNA Sequences.
J Mol Biol
; 435(15): 168181, 2023 08 01.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-37468182