Management and analysis of high-throughput sequence data for infectious animal diseases.

Les avancées technologiques dans le domaine du séquençage à haut débit (SHD) et la diminution des coûts liés à cette technique en ont accéléré l'utilisation à des fins de diagnostic et de caractérisation des maladies animales infectieuses. Le séquençage à haut débit offre plusieurs avantages par rapport aux techniques antérieures, en particulier la rapidité de son exécution et une résolution de l'ordre d'un seul changement de nucléotide parmi plusieurs échantillons, ce qui présente un grand intérêt lors des enquêtes épidémiologiques sur les foyers. Néanmoins, la pléthore de données génétiques générées en routine par le SHD devient un véritable problème en termes de stockage et d'analyse de ces données. Les auteurs apportent un éclairage sur les aspects de la gestion et de l'analyse des données qu'il convient de prendre en compte avant d'adopter le SHD pour le diagnostic de routine en santé animale. Ces éléments relèvent de trois catégories étroitement reliées : le stockage de données, l'analyse de données et l'assurance qualité. Chacun de ces aspects présente de nombreuses complexités et nécessitera sans doute d'être adapté à mesure que le SHD évolue. Lorsqu'elles sont prises dès la phase initiale d'un projet, des décisions stratégiques appropriées en matière d'analyse bio-informatique de séquences peuvent contribuer à éviter des problèmes majeurs sur le long terme.

RESUMEN

Los avances tecnológicos y la reducción de los costos han acelerado el uso de la secuenciación de alto rendimiento (SAR) con fines de diagnóstico y caracterización de enfermedades animales infecciosas. La secuenciación de alto rendimiento presenta varias ventajas en comparación con otras técnicas anteriores, en particular ciclos más rápidos y una resolución que permite detectar diferencias de un solo nucleótido entre las muestras, aspectos ambos de gran importancia para el estudio epidemiológico de brotes infecciosos. Sin embargo, debido al sinnúmero de datos genéticos que constantemente se generan, no es de extrañar que esté resultando problemático almacenar y analizar los datos obtenidos. Los autores arrojan luz sobre los aspectos de la gestión y el análisis de datos que conviene tener en cuenta antes de aplicar la SAR a las labores sistemáticas de diagnóstico en sanidad animal. Estos elementos corresponden a grandes líneas a tres categorías relacionadas entre sí: el almacenamiento de datos; el análisis de datos; y la garantía de calidad. Cada una de ellas presenta multitud de complicaciones y exige un proceso permanente de adaptación a medida que la técnica de secuenciación va evolucionando. El hecho de adoptar las buenas decisiones estratégicas sobre el análisis bioinformático de secuencias en los primeros momentos de la concepción de un proyecto ayudará a evitar importantes problemas a largo plazo.